国家自然科学基金(61001149)
- 作品数：7 被引量：6H指数：1
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- 大熊猫bHLH基因家族的识别与分析
- 2011年
- 碱性/螺旋-环-螺旋(basic/Helix-Loop-Helix,bHLH)蛋白质家族是数量最多、最复杂的转录因子家族之一,几乎存在于所有真核生物体内,其功能包括参与神经发育、肌肉形成、造血等重要生物学过程的基因表达调控。目前对一些动物的bHLH蛋白的研究已较为广泛和深入,但作为保护动物的旗舰物种大熊猫的bHLH蛋白的研究却很有限,大熊猫全基因组最近已经公布,这方便了大熊猫bHLH的深入研究。本研究发现大熊猫基因组中共有118个bHLH基因,根据结构域差异和系统发育分析结果,大熊猫的bHLH基因归属于42个亚家族,其中属于A、B、C、D、E、F6个组的数目分别为:56、26、17、5、6、0,此外还有8个大熊猫的bHLH成员暂时无法将其分为任何一组,列为"orphans"组。有些种类,如COE和MITF亚家族在大熊猫进化过程中可能出现了丢失。
- 徐俊丽李玉芝张修月岳碧松李校
- 关键词：大熊猫BHLH基因家族进化分析
- 欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析被引量：3
- 2021年
- 为了研究欧洲山杨中bHLH转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHLH的功能,这些功能表明bHLH转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.
- 沈方圆王岚春李校
- 关键词：欧洲山杨BHLH转录因子全基因组分析
- 基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测被引量：1
- 2013年
- 本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功能.本研究预测得到78个线粒体相关KEGG pathway新的组件.
- 赵培虎李校桂俊鸿刘震张义正
- 关键词：线粒体朴素贝叶斯模型蛋白质功能预测
- 酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析被引量：1
- 2011年
- 进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharomyces cerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块,没有发现转运系统在膜间隙和内膜模块的同源蛋白.对大肠杆菌(Escherichiacoli K-12 MG1655)的分析也有类似的结果.因此线粒体蛋白转运系统应该不是直接起源于内共生的原核生物.
- 刘震李校赵培虎桂俊鸿张义正
- 关键词：酿酒酵母蛋白转运立克次体同源分析进化
- 簸箕柳R2R3-MYB转录因子家族全基因组分析被引量：1
- 2022年
- 为研究簸箕柳中R2R3-MYB转录因子家族成员的分类和进化,以及在抗重力刺激中可能具有的功能,本研究使用全基因组鉴定策略和其它生物信息学手段对簸箕柳相关家族成员进行详细的分析.结果表明,在簸箕柳中共鉴定出158个R2R3-MYB蛋白,这些成员进一步被分为23个亚组.基因结构和基序组成分析表明,在同一亚组中的基因通常具有相似的内含子-外显子结构和相似的基序组成,进一步支持了系统发育分析的结果.通过共线性分析了Ss MYB家族的进化,85对Ss MYB基因被预测来自串联或者片段复制事件,这在Ss MYB家族的扩展中起着重要作用.此外,本研究利用RNA-seq数据分析重力刺激下Ss MYB基因的表达情况,筛选出20个潜在的MYB抗重力刺激蛋白.
- 王岚春沈方圆欧阳丹李校
- 关键词：转录因子全基因组分析
- 一种预测判断蛋白质DNA相互作用位点的新方法被引量：1
- 2020年
- 蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测"相互作用位点"的方法:PdDNA,其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类,序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵(PSSM)对氨基酸序列进行相关性评估,对二者结果进行归一化整合,得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA62,我们的PdDNA预测准确率为86.87%.为进一步验证PdDNA可靠性,我们还自建了PDNA224数据集,其预测准确率为83.07%,处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的"蛋白质-DNA相互作用位点"预测方法.
- 王皆恒李校
- 关键词：支持向量机
- 簸箕柳AP2/ERF家族基因的全基因组分析
- 2019年
- 为了研究簸箕柳AP2/ERF转录因子家族的成员和分类,及后续深入探究其在簸箕柳生长发育过程中的功能,本文基于簸箕柳基因组数据,利用生物信息学技术和方法,对簸箕柳的AP2/ERF家族基因进行鉴定、分类及染色体定位,并对其理化性质、基因结构、保守结构域、表达模式等进行分析.结果表明,簸箕柳含有178个AP2/ERF家族基因,并根据AP2/ERF保守域的数量与拟南芥AP2/ERF家族基因的进化关系将其划分成AP2、ERF、RAV和Soloist亚家族4类.此外组织表达模式分析结果显示,簸箕柳AP2/ERF家族基因的表达具有明显的组织特异性,且在leaf、root、shoot、flower中表达较强,在其他组织中表达较弱.
- 田应明王皆恒沈方圆李校
- 关键词：生物信息学
