国家自然科学基金(11204342)
- 作品数：4 被引量：3H指数：1
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- 内皮素-1在均匀流中构象改变的分子动力学模拟
- 2014年
- 内皮素ET-1(Endothelin-1)与其受体ETA(Endothelin-A)和ETB(Endothelin-B)的相互作用控制血管紧张度,维持血压,与心血管疾病关系密切。ET-1与血管内皮的ETB结合介导血管舒张,而与血管平滑肌的ETA和ETB结合则引起血管收缩。ET-1只有在存在正常血流的体内实验才表现出明显的舒张活性,且其结构具有柔性,故推测血流的剪切应力可能控制了它的构象,进而调控它与ETB的结合。文章利用流动分子动力学计算机模拟方法,研究了均匀流中质心受约束的内皮素ET-1的构象。实验结果观察到该分子的羧基端往氨基端靠近,整个分子变得紧凑。这个发现对研究ET-1与ETB的相互作用和设计基于ET-1的心血管药物将会有一定的指导意义。
- 黄庆生肖天霞张键魏彦杰
- 关键词：内皮素-1内皮素B受体均匀流分子动力学模拟
- 蛋白质折叠计算机模拟研究进展被引量：1
- 2014年
- 蛋白质折叠过程中的结构变异可能导致"折叠病",比如老年痴呆症和多聚谷氨酰胺疾病等。因此蛋白质折叠研究对于揭示"折叠病"致病机理、指导药物设计等具有重大意义。文章阐述了蛋白质折叠计算机模拟研究的研究近况,分别介绍了蛋白质侧链研究、蛋白质折叠算法、蛋白质折叠病研究、蛋白质的分子动力学模拟和蛋白质结构预测等几个方面。
- 魏彦杰张慧玲黄庆生
- 关键词：蛋白质折叠蛋白质结构预测分子动力学模拟
- 基因与疾病关联分析中的宏基因组组装工具SWAP-Meta被引量：1
- 2014年
- 基因与疾病的关联分析对人类健康和医疗的意义重大。准确的基因与疾病关联分析是个性化医疗发展必不可少的条件。宏基因组组装和分析对于了解各种环境中的微生物群落以及细菌分布至关重要,比如人类肠道宏基因组组装和分析可以帮助了解肥胖、肠炎等疾病机理。在基因与疾病关联分析以及宏基因组组装方面,本文深入讨论了相关技术难点,并介绍了我们的宏基因组组装工具SWAP-Meta。
- 孟金涛魏彦杰
- 关键词：宏基因组
- 基于De Bruijn图的De Novo序列组装软件性能分析被引量：1
- 2013年
- 随着新一代测序技术的发展,一些新的全基因组组装算法应运而生,特别是针对第三代高通量测序仪产生的海量短序列的组装软件被不断开发出来,这些组装软件渐渐走向市场。但是,由于这些组装软件的适用性和其性能的差别,选择一款性能优良的组装工具或者开发并行高吞吐的组装工具成为了当前面临的一大难题。本文选取基于De Bruijn图算法开发的4款De Novo组装的软件(Velvet、SOAPdenovo、IDBA、ABySS)对4种物种的基因组的模拟数据进行测试,并从软件的算法、组装性能和组装质量3个方面分析这4个软件的性能,同时根据其算法特点推断影响这些软件性能的关键因素,并给出软件的使用建议以及开发并行序列组装工具来组装超大规模的基因数据应该注意的问题。
- 孟金涛苑建蕊魏彦杰冯圣中
- 关键词：DNA测序技术性能分析质量评测
