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国家自然科学基金(31200626)
国家自然科学基金(31200626)
- 作品数:4 被引量:1H指数:1
- 相关作者:申铁金杰军文汉芮斌乙引更多>>
- 相关机构:贵州师范大学安徽农业大学贵州大学更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域:生物学文化科学自动化与计算机技术更多>>
- 大肠杆菌基因缺失菌株中碳中心代谢系统的通量平衡分析和通量变异分析被引量:1
- 2013年
- 大肠杆菌(E. coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究等的模式微生物。本文首先通过COBRA工具包构建了大肠杆菌碳中心代谢系统的小规模网络,然后分别模拟敲除了其中的25种酶,并利用代谢通量平衡分析和代谢通量变异分析研究了基因敲除后的代谢网络。通过这些结果的综合分析,我们可以推断大肠杆菌碳中心代谢系统的不同的酶对整个体系的作用。
- 申铁金杰军金杰军乙引芮斌
- 关键词:大肠杆菌代谢通量
- 运用消息网络特征谱构造的Hash算法
- 2016年
- 为减小Hash函数构造中由初值选取简单以及明文分块之间关联性不大造成的消息加密风险,提出一种改进的Hash加密方案。将明文消息转化为消息网络,利用网络特征值和特征谱作为混沌映射初值和扰动参数,获得加密的Hash值。仿真结果表明,该方案在不损失其它性能的同时,安全性与效率性更高,针对明文消息分散性的伪造攻击和针对初值选取简单的穷举攻击具有更的优防御能力。
- 吴继康于徐红邢辉刘江涛
- 关键词:复杂网络HASH函数混沌映射CHEBYSHEV映射
- 大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析
- 2014年
- 大肠杆菌(E.coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究的模式微生物.为了认识重要模式生物大肠杆菌的代谢系统中各种酶的作用,以软件分析的模式,对已经构建好的小型大肠杆菌代谢系统在cobra中进行代谢通量平衡分析FBA(Flux-Balance Analysis)和代谢通量变化性分析FVA(Flux Variability Analysis),分别单独敲除代谢系统中的25个酶基因,分析敲除各个酶基因后的FBA和FVA的计算结果,通过作图显示出在大肠杆菌代谢系统中不同酶基因被敲除后每个反应的两项结果变化和不同酶基因被敲除后全部反应的两项结果的变化,以此来推测大肠杆菌代谢系统中各种酶所起的作用.
- 芮斌金杰军范亚东文汉
- 关键词:代谢通量酶基因
- 基于EST序列的茶代谢网络的构建
- 2017年
- 茶树体内的生化反应所生成的各种功能性化合物是茶叶具有营养和健康功能的物质基础,也是茶叶品质的决定因素。这些生化反应由茶树基因编码的酶催化并组成复杂的代谢网络。首先通过开源工具包jsoup开发异步数据采集程序,从布伦瑞克酶数据库(braunschweig enzyme database,简称BRENDA)和美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上获取酶序列及其催化反应、GI号、EC编码对应关系等相关信息,建立本地酶数据库;其次从NCBI上下载FASTA格式的茶树表达序列标签(expressed sequence tag,简称EST)序列数据,通过GI号查询本地酶数据库,得到酶催化反应信息,继而基于超图思想利用Cytoscape Web API重构茶代谢网络;最后对EST序列信息进行统计分析,并从多个维度对构造的代谢网络进行拓扑特性、KEGG路径、生物意义的深入分析,对茶树内生化反应的理解、新功能基因的挖掘、茶叶品质的提升、新茶产品的开发具有重要意义。
- 张正东申铁周文卫谢晓尧
- 关键词:WEBEST超图代谢网络茶叶