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用生物信息学方法筛选人类和大鼠共同肝癌相关基因被引量：1: 2012年; 目的应用生物信息学技术，对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析，筛选在人类和大鼠不同种属间肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因。方法首先通过文献检索，在GEO数据库中下载符合纳入标准的3套样本基因芯片数据。运用bioconductor和Rversion的2．10．1版本对已下载数据进行标准化处理，运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换；然后用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性，用DAVID进行探针基因名称转换，建立基因名称与样本对应的表达数据表；最后再进行Meta分析计算人类及大鼠的共同差显基因，并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路。结果共检出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同表达基因26个，其中5个为上调基因，21个为下调基因；富集出1条通路，即黏附斑通路，已有文献报道其与肝癌的发生发展密切相关。结论采用生物信息学方法可快速筛选出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同关键基因以及与肝癌发生发展密切相关的通路。; 王云胡艳玲曹骥何敏; 关键词：生物信息学肝癌相关基因

ACE、ApoB、FOXO3A基因多态性与环境因素的联合交互作用和广西巴马长寿的相关性研究: 目的:研究ACE、ApoB、FOXO3A基因多态性与环境因素在巴马地区长寿现象发生中的交互作用。方法:采用病例对照设计,对广西巴马地区200例长寿老人(年龄90～110岁,长寿组)以及288例无长寿家族史的健康成年人(年...; 黎湘娟容敏华臧宁覃键农炳金韦世录陆华湘农清清肖德强吕泽平黄和明张志勇何敏; 文献传递

核素标记分析乙型肝炎相关肝癌血清蛋白组及α2巨球蛋白的表达: 2013年; 本研究利用核素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ）-基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱（ matrix-assisted laserdesorption/ ionization tandem time of flight massspectrometry, MALDI-TOF/TOF-MS）筛选血清样本中乙型肝炎相关肝细胞癌（hepatocellularcarcinomas，HCC）的差异蛋白，分析α2巨球蛋白在HCC、慢性乙型肝炎、肝硬化及健康对照者血清中表达水平的差异。一。; 何晓罗蓉李洪涛周怡李翠萍张维维黄惠妮廖明王云何敏; 关键词：Α2巨球蛋白血清样本核素标记基质辅助激光解吸电离蛋白组肝癌

利用亲和层析法检测乙酰化蛋白的研究: 2012年; 目的建立一种快速、相对定量检测乙酰化蛋白方法，并初步应用其检测药物作用后Jurkat细胞乙酰化总蛋白水平。方法用不同浓度的曲古菌素A（TSA）诱导Jurkat细胞蛋白高乙酰化后，利用抗乙酰化赖氨酸抗体亲和层析柱富集纯化乙酰化总蛋白，经酸洗脱后固定于酶标板，ELISA法检测乙酰化蛋白相对总量，并用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱仪（MALDI—TOF／TOF）分析验证其成分；同法检测不同浓度的没食子酸、大黄素、单乙酰化大黄素A三种药物作用Jurkat细胞后乙酰化总蛋白水平的变化，筛查诱导Jurkat细胞蛋白乙酰化药物。结果1μmol／LTSA作用于4×10^5Jurkat细胞24h，乙酰化总蛋白相对水平最高。MALDI—TOF／TOF分析显示，TSA诱导Jurkat细胞产生的乙酰化蛋白共有22种，其中15种为乙酰化组蛋白。没食子酸、大黄素、单乙酰化大黄素A作用Jut-kat细胞后所导致的乙酰化程度不同，以1μmol／L浓度TSA为阳性对照组，无药物为空白对照组，35．09μmol／L和17．54μmol／L大黄素处理的Jurkat细胞乙酰化蛋白相对水平分别为4．3％和14．2％；1．47μmol／L和2．94μmol／L没食子酸处理组乙酰化蛋白相对水平分别为28．7％和11．5％；152．91μmol／L和30．58μmol／L单乙酰化大黄素组分别为22．O％和3．6％；其中1．47μmol／L没食子酸所诱导的乙酰化蛋白水平最高。结论初步建立了活细胞基础上纯化富集并检测乙酰化总蛋白水平的方法，该法可快速、简便的筛选以组蛋白去乙酰化酶为靶点的抗癌药物。; 郑力钟艳平萧浩周怡罗蓉李洪涛李刚廖明何敏; 关键词：组蛋白类曲古菌素A 色谱法亲和 JURKAT

FOXO3A基因多态性与广西巴马县长寿现象的相关性研究被引量：10: 2010年; 目的了解FOXO3A基因8个SNPs位点在广西巴马地区不同人群中的频率,探讨FOXO3A基因多态性与巴马地区长寿现象的相关性。方法采用TaqMan探针实时荧光PCR技术对广西巴马长寿地区177例长寿老人(年龄90～110岁,长寿组)以及巴马非长寿地区148例健康成年人(年龄48～89岁,对照组)的FOXO3A基因进行基因分型。结果长寿组中FOXO3A基因rs2764264、rs9400239、rs13217795、rs2802288、rs2802292位点的小等位基因频率高于对照组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。通过连锁不平衡构建两组人群的FOXO3A基因8个SNPs位点的单体型,发现了GA、AG、TTTGTC、GTCGCT、TCTGTC5个主要的单体型(频率>5%)。与对照组比较,长寿组中单体型AG的频率较高,单体型TTTGTC的频率较低,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论FOXO3A基因5个SNPs及2个基于连锁不平衡构建的单体型可能与巴马长寿地区的长寿现象有一定的联系。; 黎湘娟张志勇覃健张楠容敏华农清清何敏; 关键词：巴马地区

基于质谱鉴定的肝癌标志物的血清iTRAQ分析被引量：7: 2011年; 目的:采用核素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术分析已报道的基于质谱鉴定的肝癌标志物在血清中的表达水平。方法:通过PubMed查阅2003年1月-2010年8月发表的,采用差异蛋白筛选结合基质辅助激光解析/电离-飞行时间质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-fight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定的有关肝癌生物标志物的文献;同时运用iTRAQ标记技术结合MALDI-TOF-MS串联质谱技术,对20例肝癌患者与20例健康对照的血清进行差异蛋白组学分析。将文献报道的肝癌标志物数据与肝癌血清差异蛋白组学数据进行比对。结果:通过文献检索共获得符合要求的文献22篇,涉及肝癌相关标志物262个。肝癌血清差异蛋白组筛选出表达有显著差异的蛋白51个,其中在肝癌血清中高表达差异蛋白23个,低表达差异蛋白28个;与文献报道吻合的标志物8个,其中与文献报道表达水平一致的差异蛋白为6个[α-1-抗胰蛋白酶(alpha-1-antitrypsin,AAT)、载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)、蛋白血浆铜蓝蛋白(ceruloplasmin,CP)、甲胎蛋白(alpha fetoprotein,AFP)、补体C3(complement C3,C3)和血清淀粉状蛋白P片段(serum amyloid P-component,APCS)]。结论:血清中鉴定获得的6个与文献报道一致的差异蛋白可能是潜在肝癌标志物,值得进一步深入探讨研究。; 张钦乐杨小丽李刚何晓臧宁胡艳玲张学荣何敏; 关键词：生物标志物核素标记串联质谱

广西巴马瑶族STR基因座遗传多态性分析被引量：2: 2010年; 目的分析广西壮族自治区巴马瑶族人群15个短串联重复序列基因座（STR）遗传多态性。方法采用聚合酶链反应-短串联重复序列（PCR-STR）技术及遗传分析仪,对巴马瑶族114名个体血样DNA样品进行各基因座等位基因频率及杂合度（H）、个体识别力（DP）、非父排除率（EP）、多态信息含量（PIC）等群体遗传学指标分析。结果15个基因座共检出等位基因120种,频率为0.004 4-0.530 7。除TPOX基因座外,其余14个位点的H为0.6228-0.868 4,PIC为0.592 9-0.844 1,DP为0.817 6-0.959 1,EP为0.319 1-0.731 5 累积个体识别力达0.999 999 999,累积非父排除率达0.999 953 702。巴马瑶族分别与金秀瑶族、临桂瑶族、清远瑶族比较,15个STR基因座大部分等位基因频率分布差异均有统计学意义（P〈0.05）。结论广西巴马瑶族的14个基因座属于高度多态性遗传标记,可应用于民族群体遗传学研究。; 容敏华张志勇吴华臧宁农清清覃健黎湘娟韦世录蒋作祎胡天桥李刚吕泽平何敏; 关键词：遗传多态性

热休克蛋白70血清表达水平与广西巴马地区人群长寿的相关性研究被引量：2: 2012年; 目的:了解广西巴马地区人群热休克蛋白70(HSP70)的血清表达水平,探讨其与长寿现象的相关性。方法:巴马地区人群为长寿组(126例),非巴马地区人群为对照组(160例)。流行病学调查了解一般状况,排除干扰因素,ELISA检测两组人群血清中HSP70的表达水平。结果:巴马地区人群血清中HSP70表达水平高于对照组,两组差异有统计学意义(P<0.05)。单因素分析显示,长寿组血清中HSP70与年龄、总胆固醇、低密度脂蛋白相关(P<0.05);多因素回归分析显示,长寿组血清中HSP70与年龄、血糖相关(P<0.05)。结论:HSP70血清表达水平与巴马长寿现象存在有一定的联系。; 施礼威覃健何敏梁桂云黄倩倩黄永全农清清张志勇; 关键词：HSP70热休克蛋白质类

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广西壮族自治区科学研究与技术开发计划(0842009)

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