国家高技术研究发展计划(2007AA021403)
- 作品数：15 被引量：84H指数：6
- 相关作者：戴思兰管雨张智俊黄河邓馨更多>>
- 相关机构：北京林业大学浙江农林大学中国科学院植物研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划浙江省自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 芦笋EST资源的SSR信息分析被引量：2
- 2012年
- 为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。
- 吴建霞李亚玲张智俊管雨
- 关键词：芦笋引物
- 铁皮石斛微卫星SSR设计与应用被引量：8
- 2012年
- 通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobium officinaleKimuraetMigo)的SSR引物进行筛选,选出21对有较清晰且稳定的目标扩增产物的引物,对8个种源的铁皮石斛进行多态性分析和聚类分析,得到8个种源的铁皮石斛进行遗传多样性和亲缘关系。
- 肖冬长张智俊管雨
- 关键词：铁皮石斛微卫星SSR多态性
- 甘菊BADH基因cDNA的克隆及在盐胁迫下的表达被引量：17
- 2009年
- 利用PCR、RT-PCR和PCR-RACE技术,从菊科植物甘菊(Dendranthema lavandulifolium)中克隆到2个甜菜碱醛脱氢酶(betaine aldehyde dehydrogenase,BADH)基因的同源基因,分别命名为D lBADH1和D lBADH2,GenBank登录号分别为DQ011151和DQ011152。D lBADH1的cDNA全长1821 bp,其开放阅读框编码503个氨基酸的蛋白质;D lBADH2全长1918 bp,编码506个氨基酸的蛋白质。两个基因核苷酸序列的同源性为97%,推导的氨基酸序列的同源性为98%。与已发表的其它植物BADH基因氨基酸序列的同源性在64%以上。在推导的氨基酸序列中,均含有醛脱氢酶所具有的高度保守的十肽(VTLELGGKSP)以及与酶功能有关的半胱氨酸残基(C)。在推导的氨基酸序列的系统关系中,甘菊位于其它双子叶植物和单子叶植物之间,与其植物分类的系统关系相吻合。RT-PCR-Southern半定量表达分析表明,甘菊BADH基因家族中存在表达受盐诱导的成员。
- 刘振林曹华雯夏新莉尹伟伦戴思兰
- 关键词：甜菜碱醛脱氢酶基因甘菊CDNA克隆
- 毛竹抗逆锌指蛋白基因cDNA克隆与序列分析被引量：8
- 2010年
- 根据水稻抗逆相关锌指蛋白基因的保守区序列设计引物,以毛竹基因组DNA和cDNA为模板,采用PCR方法,成功扩增出1个含有完整阅读框架的cDNA序列,长度为495bp,序列无内含子,共编码164个氨基酸,将其命名为PeZFP基因(GenBank登录号:FJ472953)。氨基酸序列(GenBank登录号:ACL01101)的分析结果表明,PeZFP与其他锌指结构蛋白有较高的同源性,同水稻锌指结构抗逆蛋白OSIAP1序列相似性高达87.7%,且其序列C端具有典型的AN1类型的锌指结构Cx2-4Cx9-12Cx2Cx4Cx2Hx5HxC,在N端具有典型的A20类型锌指蛋白结构,推测此PeZFP为植物抗逆OsIAP1类似基因,在功能上与毛竹抗逆性相关。
- 刘志伟张智俊杨丽
- 关键词：毛竹锌指蛋白克隆
- 盐胁迫下甘菊叶片中BADH基因表达及甜菜碱含量的变化被引量：4
- 2010年
- 利用实时荧光定量PCR(real-time PCR)和雷氏盐紫外分光光度计法分别测定了400mmol/L NaCl胁迫处理0,0.5h,2h,12h,1d,2d,4d,6d,8d,10d和12d,甘菊叶片中BADH基因表达和甜菜碱含量的变化,并讨论了二者间的相互作用关系。试验结果表明,在高盐胁迫下甘菊叶片中BADH基因和甜菜碱含量均呈现先上升后下降的趋势。在处理初期(0.5h和2h)BADH基因的表达量与对照相比略有下降,此后随处理时间的增加BADH基因表达持续增大,在胁迫处理6d时BADH基因表达量最大为对照的4.6倍,6d之后BADH基因表达量逐渐降低。甜菜碱含量在NaCl处理0.5h突然增大以应对胁迫反应,此后其含量出现了小幅的震荡上升,在胁迫处理4d时达到了最大值,此后随胁迫处理时间的增加甜菜碱含量逐渐降低。二者之间的变化并不是同步的,而是存在滞后性,分析认为甘菊叶片中BADH基因表达与甜菜碱积累间存在相互抑制的作用。
- 曹华雯牛雅静黄河戴思兰
- 关键词：甘菊盐胁迫BADH基因REAL-TIME甜菜碱
- 毛竹EST资源SSR标记分析与筛选被引量：13
- 2011年
- 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现:在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是:(AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。
- 张智俊管雨杨丽余利罗淑萍
- 关键词：毛竹EST-SSR分子标记
- 东乡野生稻和常规稻“莲香早”苗在干旱胁迫下外观及生理性状变化的比较被引量：2
- 2011年
- 比较强耐旱的东乡野生稻与常规水稻品种"莲香早"苗干旱处理前后及未经干旱处理的对照组苗的11个形态和生理特性,发现:(1)该两品种干旱前后根含水量的比值变化明显不同,东乡野生稻苗干旱处理后根含水量没有下降,而"莲香早"苗根含水量在干旱处理后比处理前下降近50%,这种变化与它们的抗旱性差异明显相关;(2)干旱后东乡野生稻苗叶片绿色加深,未出现黄叶;"莲香早"苗在干旱后基部叶片变黄,中部叶片也从叶尖开始变黄;(3)干旱处理后东乡野生稻苗叶片展开角度变大,而"莲香早"苗叶片在干旱处理后未见展开角度的变化。上述的东乡野生稻和"莲香早"苗在干旱胁迫下生理和形态特性改变的差异反映了它们耐旱性的不同。
- 唐犁杨正威邱兵余吴斯骏陈大洲
- 关键词：东乡野生稻干旱胁迫耐旱性
- 毛竹笋全长cDNA文库构建被引量：6
- 2010年
- Gateway技术构建cDNA文库,利用了λ噬菌体的位点特异性重组,避免使用限制性内酶切割cDNA,能够解决常规方法构建cDNA文库的技术缺陷。应用Gateway技术构建毛竹笋cDNA文库,经检测cDNA入门文库的滴度达到1.7×106cfu/mL,文库总容量为8.5×106cfu,平均插入片段在1.0 kb以上。毛竹笋文库的构建为进一步克隆毛竹纤维化分子机理打下了基础。
- 刘志伟张智俊韩国民何沙娥杨丽
- 关键词：GATEWAY技术毛竹笋
- 野生植物资源甘菊的研究进展被引量：4
- 2010年
- 甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)为菊属植物中的二倍体物种,是菊花(C.×morifolium)的重要野生近缘物种,其在菊属植物的研究中具有重要作用。目前的研究表明其为多型种,至少存在3个种内变种。在综述目前关于甘菊的生物学特性、栽培繁育途径、细胞及组织培养的方法和分子遗传学研究进展的基础上,提出了对其进一步开发利用的思路,这些资料对于以甘菊为模式材料,通过研究甘菊的基础生物学问题,解析菊花主要观赏性状的形成机制具有重要参考价值。
- 彭玉华黄河戴思兰
- 关键词：甘菊菊花野生近缘种模式植物
- 梭梭小G蛋白基因HaRAN1克隆与表达分析被引量：6
- 2009年
- 采用cDNA-AFLP技术从梭梭中获得了一个干旱诱导的TDF序列,编码RAN基因的cDNA片段,利用5′-RACE和3′-RACE技术克隆到一个1083bp的全长基因,含有一个编码221个氨基酸的开放阅读框,具有结合GTP/GDP的4个保守结构域,属于RAN1亚家族,命名为HaRAN1。Blast分析表明,HaRAN1与单、双子叶植物(毛果杨、拟南芥、小麦、水稻)的一致性高达95%～96%以上;与哺乳动物(人类)和真菌(烟曲霉)的一致性高达88%以上;半定量RT-PCR分析显示,干旱、PEG和NaCl胁迫明显诱导HaRAN1基因的表达。结果表明,Ha-RAN1基因编码蛋白在物种间具有高度保守性,可能在梭梭适应极端干旱的沙漠生境中起重要作用。
- 史胜青张守攻肖文发齐力旺江泽平
- 关键词：梭梭小G蛋白基因克隆
