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西北工业大学基础研究基金(JC201042)

作品数:3 被引量:6H指数:1
相关作者:王淼尚学群刘加财缪苗孟雅更多>>
相关机构:西北工业大学更多>>
发文基金:西北工业大学基础研究基金国家自然科学基金更多>>
相关领域:自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 3篇中文期刊文章

领域

  • 3篇自动化与计算...

主题

  • 2篇PPI网络
  • 1篇相关度
  • 1篇聚类
  • 1篇基因
  • 1篇基因表达
  • 1篇基因芯片
  • 1篇功能模块
  • 1篇不确定性

机构

  • 3篇西北工业大学

作者

  • 3篇尚学群
  • 3篇王淼
  • 2篇缪苗
  • 2篇刘加财
  • 2篇孟雅

传媒

  • 3篇计算机应用研...

年份

  • 3篇2011
3 条 记 录,以下是 1-3
排序方式:
从基因表达数据中挖掘最大的行常量双聚类被引量:5
2011年
双聚类方法是当前分析基因表达数据的一个重要研究方向,其挖掘目标是发现哪些基因在哪些实验条件下具有相似的表达水平或者关系密切。目前已提出了许多双聚类算法来挖掘不同类型的双聚类,然而其大部分挖掘效率不高。鉴于此,提出了一个新颖的挖掘算法———MRCluster,其主要是用来从原始的基因表达数据中挖掘最大的行常量双聚类模式。就其挖掘效率来说,它采用的是基于Apriori原则的基因扩展深度优先的挖掘策略,并且在挖掘过程中引入了一些新颖的剪枝技术来提高效率。将MRCluster和一个行常量双聚类模式挖掘方法 RAP(range support pattern)算法进行比较,从实验结果上可以看出,相比RAP算法,MRCluster算法对在原始的基因表达数据中挖掘最大的行常量双聚类模式具有更好的效率。因此,MRCluster算法能够有效地从原始的基因表达数据中挖掘最大的行常量双聚类。
缪苗尚学群刘加财王淼
关键词:基因芯片
基于不确定PPI网络的功能模块挖掘
2011年
近年来,挖掘具有生物学意义的功能模块,吸引了很多人的关注。但是,生物信息学中的蛋白质交互(PPI)网络和其他的一些生物数据常常会由于实验检测方法的局限性而呈现出不确定性。以具有不确定性的PPI数据为研究对象,挖掘蛋白质复合物。引入了一些新概念,并给出了一个深度优先算法。使用MIPS数据库评估实验结果表明,该算法在精确度和覆盖率两个方面性能优良。在基因拓扑上分析实验结果证实了所得到的大多数蛋白质复合物具有很高的相似性。最后也对算法的可扩展性进行了验证。总之,可以有效地从不确定PPI网络中挖掘出功能模块。
孟雅尚学群缪苗王淼
关键词:功能模块相关度
基于不确定性PPI网络的最大稠密子图挖掘被引量:1
2011年
研究表明使用PPI数据进行蛋白质功能预测是很有意义的。然而,从生物学实验得到的PPI数据一般是含有噪声的、不完全的和不精确的,这使得将PPI网络作为不确定图来处理变得更加合理。提出了一种基于深度优先搜索策略和点扩展的挖掘算法,它可以有效地从不确定的PPI网络中挖掘最大稠密子图。该算法使用了几种高效的剪枝技术来提高挖掘的时间效率。在酵母菌PPI数据上的实验结果表明该算法在精度和效率上都有很好的表现。
刘加财尚学群孟雅王淼
关键词:PPI网络
共1页<1>
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