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江苏省自然科学基金(BK20131210)

作品数：9 被引量：13H指数：2
相关作者：孟学平申欣程汉良赵娜娜董志国更多>>
相关机构：淮海工学院南京农业大学集宁师范学院更多>>
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文献类型

  • 9篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学
  • 4篇农业科学

主题

  • 5篇西施舌
  • 3篇基因
  • 2篇盘鲍
  • 2篇皱纹盘鲍
  • 2篇物种
  • 2篇系统发育
  • 2篇九孔鲍
  • 2篇A基因
  • 1篇序列标签
  • 1篇遗传分化
  • 1篇中国蛤蜊
  • 1篇双壳
  • 1篇双壳类
  • 1篇四角蛤蜊
  • 1篇片段
  • 1篇片段序列
  • 1篇转录
  • 1篇转录组
  • 1篇贻贝
  • 1篇贻贝科

机构

  • 8篇淮海工学院
  • 3篇南京农业大学
  • 1篇集宁师范学院
  • 1篇江苏省海洋资...
  • 1篇江苏海洋大学
  • 1篇连云港龙源生...

作者

  • 8篇孟学平
  • 6篇申欣
  • 3篇赵娜娜
  • 3篇程汉良
  • 2篇田美
  • 2篇陈丽
  • 2篇阎斌伦
  • 2篇朱明
  • 2篇董志国
  • 1篇陈建安
  • 1篇王兴强
  • 1篇曾云
  • 1篇郭永明
  • 1篇郑立波
  • 1篇秦银银
  • 1篇杨玉钗
  • 1篇杨婕

传媒

  • 3篇水产科学
  • 2篇生态学报
  • 1篇海洋科学
  • 1篇江苏农业科学
  • 1篇内蒙古民族大...
  • 1篇广东海洋大学...

年份

  • 1篇2022
  • 1篇2018
  • 4篇2015
  • 1篇2014
  • 2篇2013
共 9 条 记 录，以下是 1-9
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排序方式：
基于转录组西施舌微卫星标记开发及隐种鉴定被引量：1
2022年
近10年的遗传研究表明,我国沿海西施舌可分为2个隐种,即北方西施舌和南方西施舌。为辅助鉴别这2种西施舌以及准确评估其种质资源,以转录组数据为基础,分别挖掘并分析这2种西施舌转录组上的微卫星序列以及直系同源基因上的微卫星序列,并随机选取4组直系同源基因上的微卫星进行试验验证。结果表明,北方西施舌每16.6个unigene含有1个微卫星,出现频率为6.0%,含63种重复基元。南方西施舌每10.5个unigene含有1个微卫星,出现频率为8.2%,含89种重复基元。在2个隐种的转录组中,除单碱基重复外,优势重复类型均为三碱基重复。在北方西施舌和南方西施舌的转录组中,三碱基重复的优势基元分别为AAC/GTT和ATC/ATG,最常见的微卫星长度均为15 bp。在2个隐种的转录组中,微卫星的重复次数主要为5~10次。有409组直系同源基因在2个隐种中所含微卫星序列长度不同,可以作为潜在的物种特异性分子标记。验证结果表明,4对荧光标记微卫星引物的PCR扩增产物清晰、明确,无杂峰,组合使用2对引物可以初步区分北方西施舌和南方西施舌。
王雨吉孟学平易乐飞
关键词：西施舌微卫星标记转录组物种鉴定
基于cox1基因的贻贝科遗传差异及系统发育关系被引量：1
2015年
基于线粒体DNA的细胞色素C氧化酶亚基1基因(cox1),分析贻贝科8个属中13个物种的种间、种内遗传差异及系统发育关系,结果表明,属间遗传距离为0.245~0.630,平均为0.487;同物种的母系和父系cox1遗传距离为0.21~0.24;新西兰绿唇贻贝与资料中的绿唇贻贝和Perna perna聚为1支,支持率为100%,后与翡翠贻贝聚为1支;13个物种中,除Trichomya hirsuta与贻贝属种类聚为1支外,其余各属均聚为单系支,贻贻属Mytilus、股贻贝属Perna、肌蛤属Musculista 3个属遗传关系近。
朱明孟学平赵军杨官品
关键词：贻贝科系统发育
基于nad5的西施舌漳州群体遗传分化水平分析——以蛤蜊属2个物种差异水平为参照被引量：1
2015年
扩增了西施舌日照、连云港、北海、漳州4个野生群体、四角蛤蜊和中国蛤蜊各1个群体共73个样本的NAD5基因片段,测序获得了480bp核苷酸序列,分析核苷酸的多态性,旨在评估福建漳州西施舌与日照、连云港、北海西施舌之间的分化水平。结果:从73个序列中共检测到44种单倍型(Hap),其中西施舌4个群体有29种Haps,四角蛤蜊和中国蛤蜊分别有10种和5种Haps,漳州群体与北海、日照、连云港群体单倍型有明显差异;将西施舌分为北海、日照、连云港组(GP1)和漳州组(GP2)2个组,分析核苷酸差异,GP1与GP2间的T、A、G含量差异极显著(P<0.01)。GP1与GP2间的遗传距离与组内(GP1、GP2)遗传距离之比为25.1—41.8,四角蛤蜊与中国蛤蜊之间的遗传距离与种内个体间遗传距离之比为24.4—36.7,GP1、GP2间的差异达到了四角蛤蜊和中国蛤蜊种间差异水平,而日照、北海群体间的遗传距离只有0.009,北海与日照群体地理位置虽远,但遗传差异则很小;AMOVA分析显示漳州西施舌发生了极显著遗传分化(FST=0.966—0.978,P<0.01)。
孟学平申欣屠海淼朱笑琳赵娜娜程汉良阎斌论
关键词：西施舌四角蛤蜊中国蛤蜊
西施舌3个群体H2A基因和nad6-nad1片段序列比较研究被引量：1
2015年
西施舌（Coelomactra antiquata）浮游幼虫EST序列拼接获得组蛋白H2A ORF及其两翼的非编码区,在ORF两翼设计引物Can-H2AF和Can-H2AR,扩增H2A基因片段;从nad6 3′端和nad1 5′端设计引物,扩增两基因区域DNA序列,测序并进行核苷酸序列差异分析,研究漳州西施舌分化水平。结果：共获得西施舌3个群体H2A基因606bp或616bp基因区DNA片段23条,检测到9种基因型（Gen）。西施舌漳州群体H2A基因AT含量（51.51%）高于日照、北海群体AT含量（50.58%）;序列比对分析显示,简约信息位点占4.05%。基于H2A基因的漳州群体与日照/北海混合群体间遗传距离平均为0.044,漳州群体,混合群体内遗传距离分别为0.003和0.004,群体间与群体内遗传距离之比为11-14.7;AMOVA分析结果显示,漳州群体和混合群体间发生了极显著遗传分化（FST=0.937,P〈0.01）。从nad6-nad1片段中共检出7种单倍型（Hap）,漳州群体与日照群体无共享单倍型,基于nad6-nad1的漳州群体与日照群体间遗传距离为0.199-0.202,群体间与群体内遗传距离之比50-66,两个群体间nad1多肽链一级结构存在极大差异,有9个位点的氨基酸不同,日照西施舌缺失6个氨基酸。线粒体DNA显示西施舌漳州与日照群体发生了明显的遗传分化。
朱明申欣朱笑琳屠海淼杨婕孟学平
关键词：遗传分化
西施舌浮游幼虫cDNA文库构建及EST序列初步分析被引量：3
2018年
为了研究西施舌浮游幼虫阶段的基因表达规律,构建了7日龄浮游幼虫的cDNA文库,对文库质量的分析结果表明,cDNA文库的库容量为2.3×10~5,重组率达95%,平均插入片段长度1.0 kb左右.挑取cDNA克隆进行5′端测序,总共进行了304个成功反应,其中294条ESTs长度为100~699 bp,平均长度为492 bp.初步拼接得到158个单基因簇(Unigene),其中包括19个重叠群(Contigs),139个单拷贝ESTs(Singletons).与GenBank非冗余蛋白库进行Blastx比对,发现71.4%ESTs在GenBank中有同源序列(blast score≥50 bits),无明显相似性EST序列占28.6%,提示此文库有许多未知的基因.丰度最高的是组蛋白cDNA(包括组蛋白H1和组蛋白H2A),占总EST序列的39.5%.在116个ESTs中获得组蛋白H1和H2A基因的2个开放阅读框,分别为561和375个碱基,编码186,124个氨基酸残基的肽段.
郭永明孟学平
关键词：西施舌浮游幼虫CDNA文库
基于ITS2和16S rRNA的西施舌群体遗传差异分析被引量：2
2013年
目前,我国西施舌群体分子遗传差异研究结果存在争议。分析我国南北沿海(9个群体)、与广西北海毗邻的越南(1个群体)西施舌核DNA的内转录间隔区2(ITS2)和线粒体DNA的16S rRNA基因(16S)片段核苷酸序列及其二级结构,为解决争议问题提供分子生物学资料。扩增获得西施舌ITS2片段和16S序列,其长度分别为389—402 bp和306 bp,加之下载序列共147条;序列分析显示,74个ITS2序列共有17种基因型,73个16S序列有15种单倍型,其中,长乐(CL)群体独享9种ITS2基因型和5种16S单倍型,非长乐群体(nCL)多数为群体间交叉共享1种或几种基因(单倍)型;基因(单倍)型核苷酸变异位点占5.7%(ITS2)和11.8%(16S);基于ITS2和16S的CL群体和nCL群体间的遗传距离与群体内遗传距离之比分别为2.42和11.08,nCL群体间的平均遗传距离均为0.007;二级结构显示CL群体ITS2的9种基因型和16S的5种单倍型均区别于nCL群体,nCL的ITS2和16S二级结构分别相似;ITS2和16S基因的系统发育分析显示,CL西施舌形成支持率很高(98,96)的单系支,而nCL群体则交叉聚为另一支(98,96)。研究结果揭示,福建西施舌是腔蛤蜊属(Coelomactra)的一个新种。
孟学平申欣赵娜娜田美曾云陈建安董志国程汉良阎斌伦
关键词：西施舌ITS1RRNA
皱纹盘鲍和九孔鲍遗传差异nad2-cox1分析及鲍属系统发育被引量：1
2015年
基于nad2-cox1核苷酸序列分析了皱纹盘鲍和九孔鲍3个养殖群体的遗传差异,基于cox1分析了鲍属19种鲍的系统发育关系。共获得625 bp的DNA片段,33个片段共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍2个群体26个个体15种单倍型,九孔鲍7个个体2种单倍型。皱纹盘鲍大连群体与厦门群体有6种交叉共享单倍型,皱纹盘鲍与九孔鲍之间无共享单倍型。皱纹盘鲍群体内个体间的遗传距离（D）为0.002~0.015,九孔鲍个体间D值为0.003,两种鲍间的遗传距离为0.300~0.320。鲍属系统发育分析显示,皱纹盘鲍与日本鲍、盘鲍聚为一支（D值为0.000~0.004）,而后与大鲍聚在一起（支持率为100﹪）（D值为0.018）,九孔鲍、细纹九孔鲍、杂色鲍聚为一支（D值为0）。九孔鲍与马蹄螺科的Diloma bicanaliculata聚为一支,白鲍、黑鲍、红鲍、北国鲍、堪察加鲍聚为一支（支持率87﹪）。
陈丽申欣孟学平王兴强杨玉钗
关键词：皱纹盘鲍九孔鲍
皱纹盘鲍4个群体与九孔鲍16S rRN A基因遗传差异分析被引量：1
2014年
采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍（4个群体）和九孔鲍（1个群体）共5个群体（53个样本）16S rRNA基因片段（16S），测序获得了1000 bp核苷酸序列，其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析，旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型，其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型，九孔鲍1个群体（9个样本）有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示，变异位点占比对位点的20．5％，基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0．002～0．011，平均为0．005；九孔鲍群体内的平均遗传距离为0．004，两种鲍间的平均遗传距离为0．218；两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0．982，皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0．0051～0．0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系，显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支，九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支，4个种类未聚成单系支。
陈丽申欣向治楚秦银银林权享孟学平
关键词：皱纹盘鲍九孔鲍RRNA基因
双壳类线粒体基因组结构分析被引量：5
2013年
自GenBank检索到双壳类线粒体基因组，对其进行基因结构比较分析，以揭示线粒体基因组的演化规律，为线粒体基因组在物种演化和鉴定上的应用研究提供资料。结果共获得45个物种线粒体基因组序列，分布于双壳类5个目中。多数种类线粒体基因组大小为15～32 kb。平均 A＋ T ＝62．9％。多数种类基因分布在重链上，而蚌目的基因分布在2条链上；少数种类（蚌目13个、帘蛤目的2个、贻贝目的1个、海螂目的1个，巨蛎属的贝类）的线粒体基因组含有13种蛋白质基因，其余种类为12种，缺少atp8；文蛤属4个种类、巨蛎属中4个种类、蚌目的11个种类、贻贝属中的紫贻贝和地中海贻贝的PCGs、rRNA基因排序在同属内或科内相同；珍珠贝目牡蛎科的10个种类线粒体基因组可分为7种类型；扇贝科海湾扇贝2个线粒体基因组基因结构相似外，其余种类无共享基因块；贻贝科的紫贻贝和海湾贻贝基因结构极相似。绿贻贝的结构独特，co x 2为双拷贝；海螂目的北方钻岩蛤基因结构与其它目的相似性极低。多数双壳类线粒体基因组非编码区占7．64％～40．26％，主非编码区大小为374～4341 nt。基于12种PCGs核苷酸/氨基酸的属内种间最小分歧度分别为0．2～1．0/0～1．0（文蛤属）、0．4～2．0/0～3．2（贻贝属）和1．9～13．9/0～6．4（巨蛎属）。
孟学平申欣赵娜娜田美郑立波程汉良阎斌伦董志国
关键词：双壳类线粒体基因组基因组结构
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