浙江省自然科学基金(Y307469)
- 作品数：18 被引量：119H指数：8
- 相关作者：张智俊杨丽管雨罗淑萍黄业伟更多>>
- 相关机构：浙江农林大学新疆农业大学浙江林学院更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计被引量：4
- 2011年
- [目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Jug-lans regia Linn.)ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用Primer 3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12 kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的 31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。
- 冯怡张智俊张舍龙罗淑萍
- 关键词：胡桃EST-SSR微卫星引物
- 毛竹抗逆锌指蛋白基因cDNA克隆与序列分析被引量：8
- 2010年
- 根据水稻抗逆相关锌指蛋白基因的保守区序列设计引物,以毛竹基因组DNA和cDNA为模板,采用PCR方法,成功扩增出1个含有完整阅读框架的cDNA序列,长度为495bp,序列无内含子,共编码164个氨基酸,将其命名为PeZFP基因(GenBank登录号:FJ472953)。氨基酸序列(GenBank登录号:ACL01101)的分析结果表明,PeZFP与其他锌指结构蛋白有较高的同源性,同水稻锌指结构抗逆蛋白OSIAP1序列相似性高达87.7%,且其序列C端具有典型的AN1类型的锌指结构Cx2-4Cx9-12Cx2Cx4Cx2Hx5HxC,在N端具有典型的A20类型锌指蛋白结构,推测此PeZFP为植物抗逆OsIAP1类似基因,在功能上与毛竹抗逆性相关。
- 刘志伟张智俊杨丽
- 关键词：毛竹锌指蛋白克隆
- 均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系被引量：5
- 2010年
- 本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。
- 管雨杨丽张智俊
- 关键词：毛竹均匀设计
- 毛竹大片段双元细菌人工染色体基因组文库的构建被引量：2
- 2011年
- 从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
- 管雨杨洋张智俊罗淑萍汤定钦
- 关键词：分子生物学毛竹基因组文库
- 铁皮石斛微卫星SSR设计与应用被引量：8
- 2012年
- 通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobium officinaleKimuraetMigo)的SSR引物进行筛选,选出21对有较清晰且稳定的目标扩增产物的引物,对8个种源的铁皮石斛进行多态性分析和聚类分析,得到8个种源的铁皮石斛进行遗传多样性和亲缘关系。
- 肖冬长张智俊管雨
- 关键词：铁皮石斛微卫星SSR多态性
- 芦笋EST资源的SSR信息分析被引量：2
- 2012年
- 为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。
- 吴建霞李亚玲张智俊管雨
- 关键词：芦笋引物
- 13种观赏竹EST-SSR标记遗传多样性分析被引量：5
- 2012年
- 为给竹子分类、竹种新品种登记及种质资源保护提供一定的科学依据,从已开发的25对毛竹EST-SSR引物中筛选出13对引物,对13份常用观赏竹种进行遗传多样性分析。共检测到123个位点,获得121个多态性位点。采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.18水平下可将13个竹种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ5类。利用Popgen32软件对其进行遗传多样性分析,结果表明,各类群等位基因观察数(Na)平均为1.342 2,有效等位基因数(Ne)平均为1.234 5,基因多样性指数(H)平均为0.152 8,Shannon信息指数(I)平均为0.180 4。5个类群间遗传多样性趋势为:Ⅱ>Ⅴ>Ⅰ>Ⅲ>Ⅳ。
- 余利黄少勇张智俊管雨
- 关键词：竹种EST-SSR
- 毛竹EST资源SSR标记分析与筛选被引量：13
- 2011年
- 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现:在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是:(AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。
- 张智俊管雨杨丽余利罗淑萍
- 关键词：毛竹EST-SSR分子标记
- 木瓜花粉生活力测定及储藏特性被引量：13
- 2012年
- 以木瓜Chaenomeles sinensis新鲜花粉为试材,通过培养基萌发试验法、氯化三苯基四氮唑(TTC)染色法、碘-碘化钾(I-KI)染色法对花粉生活力进行测定,并研究了不同储藏条件及时间对木瓜花粉萌发的影响。结果表明:木瓜花粉萌发的最佳培养基为100 mg·L-1蔗糖+30 mg·L-1硼酸+8 g·L-1琼脂,萌发率达75.09%;TTC染色法的染色率为60.64%,适宜作为木瓜花粉生活力的测定;I-KI染色法的染色率仅为17.94%,不宜于其生活力的测定;适宜木瓜花粉储藏的条件依次为-80℃,4℃,-23℃和常温;花粉在-80℃储藏16 d后,花粉萌发率仍达到22.9%。
- 管雨贾文庆刘会超张智俊
- 关键词：植物学木瓜生活力储藏条件
- 毛竹笋全长cDNA文库构建被引量：6
- 2010年
- Gateway技术构建cDNA文库,利用了λ噬菌体的位点特异性重组,避免使用限制性内酶切割cDNA,能够解决常规方法构建cDNA文库的技术缺陷。应用Gateway技术构建毛竹笋cDNA文库,经检测cDNA入门文库的滴度达到1.7×106cfu/mL,文库总容量为8.5×106cfu,平均插入片段在1.0 kb以上。毛竹笋文库的构建为进一步克隆毛竹纤维化分子机理打下了基础。
- 刘志伟张智俊韩国民何沙娥杨丽
- 关键词：GATEWAY技术毛竹笋
