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新型抗流感病毒药物——三羟基甲氧基黄酮分子对接的研究被引量：2: 2008年; 运用柔性分子对接程序Affinity,深入研究了5,7,4′-三羟基-8-甲氧基黄酮(MF)与N1、N9亚型神经氨酸酶之间的结合方式并阐明其作用机制。结果表明MF与N1亚型神经氨酸酶之间有一种作用模式。其结合能为-70.26 kcal·mol^(-1).而与N9亚型之间存在两种竞争性的结合模式,最大结合能为-83.51 kcal·mol^(-1)。进一步分析发现MF与这两种亚型神经氨酸酶相互作用的作用力类型、氢键作用及关键作用的氨基酸残基等有着明显的区别。现行药物奥斯米韦作用模式单一,MF则可以与各种亚型甚至变异的神经氨酸酶发生很好地相互作用。因此,MF是一种极具应用前景的新型抗流感病毒药物。结合前人的研究成果,本研究提出了以MF为底物的流感药物修饰方向。; 杨刚杨志伟吴晓敏祖元刚; 关键词：流感病毒神经氨酸酶分子对接

温控分子动力学研究微管蛋白活性肽链的折叠机制被引量：1: 2009年; 运用温控和常温分子动力学方法,研究了微管蛋白活性部位Pep1-28肽链的折叠机制,总模拟时间为380.0ns.对于温控分子动力学,逐渐降温可以清晰显示Pep1-28肽链的折叠途径,发生明显折叠的温度约为550K,其折叠和去折叠可逆机制为U(>1200K)圮I1(1200-1000K)圮I2(800K)圮I3(600K)圮I4(450K)圮F1(400K)圮F2(300K),其中U为去折叠态构象,I1、I2、I3和I4是折叠过程中的四个重要的中间态构象,F1和F2是两个结构相近的折叠态构象.对于常温(300K)分子动力学,其构象转变和折叠过程相当迅速,很难观察到有效、稳定的中间态构象.尤其引人注意的是,其折叠态结构陷入了能量局域极小点,与温控(300K)的有较大差异,两者能量差高达297.53kJ·mol-1.可见,温控分子动力学方法不仅清晰地显示多肽和蛋白质折叠过程的重要中间态构象,为折叠和去折叠机制提供直接、可靠的依据,而且还有助于跨越较高的构象能垒,促使多肽和蛋白质折叠以形成全局能量最低的稳定结构.; 吴晓敏祖元刚杨志伟付玉杰周丽君杨刚; 关键词：微管蛋白构象分析中间态

3-（3-戊氧基）安息香酸与各亚型神经氨酸酶间的作用机制研究: 为了克服抗流感病毒药物一扎那米韦（Zanamivir）和奥斯米韦（Oseltamivir）体内代谢较快的缺点[1],研究人员设计并合成了一系列苯甲酸衍生物。其中,4-（氮-乙酰氨基）-5-胍基-3-（3-戊氧基）安息香酸...; 杨志伟祖元刚吴晓敏杨刚; 关键词：流感病毒神经氨酸酶苯甲酸衍生物分子对接药物设计

温控分子动力学研究迷你蛋白色氨酸笼的折叠机制: 迷你蛋白"色氨酸笼"(Trp-cage)由20个氨基酸组成,具有紧凑、明确的三级结构。由于其分子量较小,结构典型且可快速折叠,"色氨酸笼"是研究蛋白质去折叠和折叠机制的理想模型(PDB ID:1L2Y)。本工作运用温控分...; 吴晓敏祖元刚杨志伟杨刚; 文献传递

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中国博士后科学基金(20060400802)