国家社会公益研究专项计划(2004DIB2J065)
- 作品数：3 被引量：19H指数：2
- 相关作者：张建中尤元海过玮曾浔张茂俊更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家社会公益研究专项计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 重要肠道病原菌多重PCR-基因芯片检测方法研究被引量：5
- 2009年
- 目的:建立并初步评价一种针对重要肠道病原菌的多重PCR-基因芯片检测方法。方法:对筛选出的特异引物进行多重PCR优化,将引物分别按种属内混合和种属间混合的方案排查引物间的竞争性抑制现象,再将不同菌属的模板混合,用相对应的混合引物扩增,探寻高效特异的引物组合。分别掺入和不掺入荧光素,验证其对混合PCR反应的影响,并与芯片杂交,探寻多重PCR扩增效率对芯片杂交的影响。分析不同数量引物组合产生的杂交结果,筛选出无交叉反应的最优引物组合。结果:种属内引物混合均得到特异性扩增结果。种属间混合霍乱弧菌和空肠弯曲菌得到部分预期条带,随着混合引物数量的增加,交叉抑制现象也增多。杂交信号强度随多重PCR扩增效率的增加而增强。反应中掺入荧光素的扩增条带产量低于无荧光素的产物。可将35对混合引物拆成3个体系分别标记样品,以避免假阴性结果。结论:PCR反应中掺入荧光素降低扩增效率和杂交效率,但并不影响对杂交结果的判读和数据分析。基因芯片杂交信号强度取决于多重PCR的扩增效率。肠道病原菌多重PCR-基因芯片检测方法具有较高的特异性,混合PCR可以分别按照种属内和种属间的引物组合方案用于多病原的筛检。该基因芯片检测可以采用3个引物体系完成样品标记。
- 尤元海曾浔过玮尹焱张茂俊张建中
- 关键词：肠道病原菌多重PCR基因芯片
- 基因表达谱芯片的数据挖掘被引量：13
- 2009年
- 随着基因芯片技术的迅速发展,表达谱芯片分析及aCGH等方法已被广泛应用于生命科学各个研究领域,由此产生的数据也呈指数级增长。如何从海量数据中获取有生物学意义的结果成为摆在生物学工作者面前的难题。对表达谱芯片数据挖掘方法进行了综述。介绍了基本分析思路,当前重点分析方向,如GO分析、pathway与调控网络分析、聚类分析等计算法则和相关几款易用的分析软件。并介绍了几种科学自由计算软件在表达谱生物信息学分析中的应用。藉此为从事芯片分析的研究人员提供参考。
- 尤元海张建中
- 关键词：基因芯片表达谱分析数据挖掘
- El Tor型霍乱弧菌分泌性蛋白初步分析被引量：1
- 2009年
- 【目的】利用高通量蛋白质组分析技术,初步探讨ElTor型霍乱弧菌的分泌性蛋白组成,为进一步的功能研究打下基础。【方法】选取ElTor型霍乱弧菌流行株N16961和非流行株92-3,用双相电泳和激光辅助解析-飞行时间串联质谱(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight,MALDI-TOF)技术对培养上清的全部蛋白质组份进行鉴定和分析。【结果】从N16961株培养上清中可检测到206个蛋白点,并鉴定出49种蛋白;从92-3株培养上清中可检测到236个蛋白点,并鉴定出42种蛋白,两株菌共鉴定蛋白68种,其中经预测含有信号肽的蛋白占总数的55.88%(38/68)。按功能不同将所鉴定出的蛋白分为10类,其中代谢酶、蛋白折叠/伴侣蛋白、蛋白合成以及信号传导相关蛋白占全部培养上清蛋白数的36.76%,转运蛋白占14.71%,鞭毛蛋白占11.76%,降解酶占10.29%,外膜蛋白占5.88%,毒素占1.47%,在所鉴定出的蛋白中有11种具有信号肽的假想蛋白和2种功能未知的蛋白为首次被实验证实可出现在霍乱弧菌培养上清中,占19.12%。【结论】初步获得了ElTor型霍乱弧菌流行株和非流行株的分泌性蛋白谱及其组成特征,并提示与霍乱弧菌致病关系密切的鞭毛蛋白在胞外释放机制、红血球凝集素/蛋白酶在非流行株中的高表达特征等值得高度关注。
- 闫笑梅肖迪赵飞顾一心孟凡亮张建中
- 关键词：霍乱弧菌蛋白质组质谱
