河南省高校科技创新团队支持计划(2010HASTTT002)
- 作品数：5 被引量：33H指数：3
- 相关作者：郭大龙侯小改张曦刘改秀黄燕梅更多>>
- 相关机构：河南科技大学中国洛阳国家牡丹基因库中国农业科学院郑州果树研究所更多>>
- 发文基金：河南省高校科技创新团队支持计划国家自然科学基金河南省高等学校青年骨干教师资助计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 牡丹EST资源的SSR信息分析被引量：7
- 2011年
- 首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
- 侯小改王娟郭大龙刘改秀马慧丽王小燕
- 关键词：表达序列标签简单重复序列
- 牡丹反转录转座子RT基因的分离与序列分析被引量：3
- 2012年
- 以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
- 贾甜甜郭大龙侯小改刘改秀王丽娜张修铭李双双
- 关键词：反转录转座子克隆
- 一种新的DNA分子标记技术——起始密码子-微卫星扩增多态性被引量：2
- 2012年
- 综合SCoT和ISSR分子标记技术开发了一种既能将标记位点与表达序列紧密联系,又具有相对较高的多态性的新的分子标记技术——起始密码子-微卫星扩增多态性(startcodon-simple sequencerepeat,SC-SSR)。SC-SSR标记是基于PCR的目的基因标记系统,上游引物用SCoT标记引物,瞄准基因区域,下游引物用ISSR标记引物,上下游引物间可自由组配。引物设计原则同SCoT标记和ISSR标记。使用50℃的退火温度,保证了扩增结果的稳定性。PCR结果采用琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SC-SSR分子标记结合了ISSR标记和SCoT标记的优点,具有操作简单、成本低廉、多态性丰富、重复性好、引物设计简单且通用性良好、同时与表达序列紧密连锁等诸多优点,可用于种质资源的鉴定评价、遗传图谱的构建、重要性状基因标记、gDNA与cDNA指纹分析乃至图位克隆等方面。
- 郭大龙侯小改刘崇怀郭明晓
- 关键词：分子标记ISSR
- 植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法被引量：11
- 2012年
- LTR类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件,具有分布广泛、异质性高等特点,在真核生物基因组进化中起着重要作用,现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传多样性研究等方面。LTR类反转录转座子的序列识别是其应用的前提条件,因此对LTR类反转录转座子的序列鉴定和分析方法的研究具有重要的理论意义和实际应用价值。LTR类反转录转座子序列的生物信息学分析软件按原理可大致分为序列比对分析和相关序列保守区域识别鉴定两类。比对软件如BLAST、DNAstar等,是一种序列相似性搜索程序,通过与已知的反转录转座子序列比对后的序列相似性来判断未知序列是否是反转录转座子序列,但这类软件不能直接获得具体的LTR等特征序列的相关信息,不能对反转录转座子序列的全长进行识别。识别鉴定软件按原理可分为从头算起法、比较基因组法、同源搜索法和结构基础法4种,如LTR-Finder等基于从头算起法的识别鉴定软件,可对LTR类反转录转座子全序列进行较准确地预测和注释,RepeatMasker等基于同源搜索法的软件,通过与数据库中的序列的相似性比对后发现可能存在的LTR类反转录转座子。文章对不同的LTR类反转录转座子预测方法进行了比较和分析,在此基础上归纳总结出一套分析LTR类反转录转座子序列的操作流程,旨在为LTR类反转录转座子序列的分析提供参考。
- 侯小改张曦郭大龙
- 牡丹Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析被引量：13
- 2013年
- 根据 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的保守序列设计简并引物,从中原牡丹(Paeonia suffruticosa Andrews)品种‘洛阳红’和野生种卵叶牡丹(Paeonia qiui Y. L. Pei et D. Y. Hong)中扩增出430 bp 左右的目标片段。目的条带经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得了13 条来自牡丹的 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶序列。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为 412 ～ 446 bp,同源性范围为 71.5% ～ 94.8%。翻译成氨基酸后,有 12 条序列出现 1 ～ 9 个不同程度的终止密码子突变,3 条序列出现移框突变。其核苷酸序列经过系统聚类后可分为 6 个家族。将其氨基酸序列与已登录的不同物种 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,结果表明与其他植物具有较高的同源性,表明它们间可能存在着 Ty3-gypsy 反转录转座子的横向传递。
- 侯小改郭大龙黄燕梅张曦
- 关键词：反转录酶
