国家高技术研究发展计划(2012AA022-003)
- 作品数：5 被引量：14H指数：2
- 相关作者：米志强安小平童贻刚孙强裴广倩更多>>
- 相关机构：军事医学科学院河北师范大学青岛农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 利用蛋白质组技术快速鉴定噬菌体结构蛋白
- 2017年
- 为快速鉴定噬菌体的结构蛋白,并且发现具有新功能的蛋白,为噬菌体功能的研究提供基础。本研究用临床分离到的屎肠球菌为指示菌,从医院污水中分离到1株裂解性噬菌体,命名为v B_Efa P_IME199。对噬菌体大量培养、浓缩和纯化,然后进行蛋白质组学分析、全基因组测序,进化分析,确定该噬菌体为短尾噬菌体科,全基因组序列长为18839bp,GC含量为34.6%。在线注释预测该噬菌体基因组功能基因,注释出22个ORFs,其中11个ORFs为假想蛋白序列,其余11个ORFs的功能已知。采用质谱技术对浓缩纯化的噬菌体进行蛋白质组分析,共鉴定出11个蛋白质,其中有6个蛋白为功能已知的结构蛋白,其余为假想蛋白。本实验利用蛋白质组技术快速有效的鉴定出噬菌体的结构蛋白,建立了一种噬菌体蛋白的分析方法,为该噬菌体的基因功能研究提供了基础。
- 赵飞扬邢少贞孙强裴广倩米志强安小平童贻刚任慧英
- 关键词：噬菌体基因组学蛋白质组学
- 粪肠球菌噬菌体vB_E.faecalis_IME196的生物学特性及其全基因组分析被引量：9
- 2016年
- 【目的】从医院污水中分离一株能裂解多耐药粪肠球菌的噬菌体,分析该噬菌体的生物学特性,并进行全基因组测序和分析,为治疗和控制多耐药粪肠球菌感染提供基础。【方法】以耐药粪肠球菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(MOI)和一步生长曲线,纯化后负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析,使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】分离到一株粪肠球菌噬菌体,命名为v B_E.faecalis_IME196(IME196);其最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME196的潜伏期为30 min,暴发量为50 PFU,电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,结合BLASTp分析确定其属于尾病毒目长尾噬菌体科,基因测序表明,噬菌体IME196核酸类型为DNA,基因组全长为38 895 bp,G+C含量为33.9%。【结论】分离鉴定一株粪肠球菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为以后预防和控制粪肠球菌的感染提供了一个新的途径,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。
- 邢少贞张湘莉兰舒鹏孙强裴广倩米志强安小平王景林赵宝华童贻刚
- 关键词：噬菌体粪肠球菌生物学特性基因组分析
- 利用比较基因组学快速鉴定大肠埃希菌噬菌体耐受基因
- 2017年
- 噬菌体是解决致病菌多重耐药性问题的最佳选择之一,然而噬菌体的宿主特异性使得噬菌体的裂解谱有限,因此研究噬菌体宿主特异性对于噬菌体治疗应用具有重要意义。本研究通过筛选大肠埃希菌宿主菌BL21噬菌体IME253的耐受菌,结合对敏感菌和耐受菌的高通量测序,分析基因组差异,预测噬菌体耐受相关基因,发现耐受与外膜受体蛋白FepA有关。然后利用向导CRISPR/Cas9切开敏感菌fepA基因,同时利用Red同源重组系统无痕敲除fepA基因,证明fepA基因敲除可以导致细菌BL21对噬菌体IME253耐受。本实验利用比较基因组学分析平台,建立了一种宿主耐受噬菌体的分析方法,并且利用CRIPSR无痕敲除技术来验证耐受相关基因,为噬菌体治疗提供理论基础。
- 邢少贞赵飞扬孙强米志强安小平童贻刚赵宝华
- 关键词：噬菌体高通量测序CRISPR同源重组
- 我国人群感染指环病毒的高通量测序分析被引量：2
- 2016年
- 目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。
- 程实范航孙强裴广倩安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚
- 粪肠球菌噬菌体IME-EF3的分离及其治疗优势的发掘被引量：4
- 2014年
- 目的利用医院污水分离到临床耐药粪肠球菌的噬菌体IME-EF3，分析其生物学特性，发掘其治疗特性，为噬菌体制剂个体化治疗耐药粪肠球菌感染及利用噬菌体消除耐药粪肠球菌污染提供应用基础。方法利用医院污水,经污水富集法分离噬菌体,以粪肠球菌临床耐药分离株为宿主菌。经双层平板法确定噬菌斑形态及大小，纯化后测定其宿主谱范围、最佳感染复数（MOI）、一步生长曲线，并检测温度、紫外线照射对IME-EF3活性的影响。取适量噬菌体液，利用蛋白酶K俗DS法提取其基因组,对其进行酶切处理．确定其遗传物质的组成及形态。用酶切法进行了随机克隆，测序结果进行在线Blastx，并构建系统进化树分析与已知噬菌体的进化关系。结果成功分离到一株噬菌体斑．边缘清晰，斑体透明的裂解性粪肠球菌噬菌体IME-EF3热稳定性较好．对紫外线敏感。一步生长曲线显示IME-EF3的潜伏期为10～20min，呈爆发性增长，裂解量为75。其遗传物质为双链DNA,通过Blastx结果初步确定IME-EF3为尾病毒目，长尾噬菌体科。通过系统进化树可看出IME—EF3与其他噬菌体的亲缘关系较远。结论从医院废水成功分离到裂解性噬菌体IME-EF3，其爆发力强、潜伏期短、高裂解性、较好的热稳定性、与已知噬菌体远缘性等一系列的优良特点，为其噬菌体个体化治疗及与药物的联合使用提供了依据。
- 李晓玉丁鹏韩传银米志强安小平黄勇郑旺良冯福民童贻刚
- 关键词：DSDNA进化树
