国家自然科学基金(30973486)
- 作品数:7 被引量:34H指数:3
- 相关作者:于颖彦刘炳亚朱正纲计骏张佳年更多>>
- 相关机构:上海交通大学医学院附属瑞金医院复旦大学更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金国家高技术研究发展计划上海市浦江人才计划项目更多>>
- 相关领域:医药卫生更多>>
- 小分子非编码RNA与RNA激活
- 2013年
- 在人类基因转录组序列中,除了编码蛋白质的RNA序列之外,还存在许多小片段的非编码RNA(non.codingRNA)序列。以往曾认为这些序列是基因剪切编辑中产物,其功能意义并不清晰。随着对人类基因组研究以及基因功能研究的深入,对小分子非编码RNA(以下简称小RNA)的功能认识正在逐步加深。
- 潘胜利于颖彦
- 关键词:非编码RNARNA序列人类基因组编码蛋白质基因功能转录组
- 酵母单杂交体系筛选胃cDNA文库中IRX1的核心启动子结合蛋白
- 2011年
- 目的 以IRX1基因启动子为诱饵,在胃cDNA文库内钓取与之相互作用的蛋白质.方法 构建IRX1启动子诱饵报告基因质粒并转化酵母单杂交(Y1H)Gold酵母获得诱饵基因酵母菌;抽提人胃组织总RNA,逆转得到cDNA文库,文库片段为0.3~2.5 Kb,作为猎物与线性化pGADT7-Rec文库质粒共转染诱饵酵母菌.结果 对胃cDNA文库的筛选效率达到3×106,从人胃组织cDNA文库共钓取到8个阳性克隆,测序分析获得3个具有完整开放读码框(ORF)的基因,其编码蛋白均含锌指结构域.结论 以酵母单杂交筛选文库方法得到与IRXI基因启动子序列相互作用蛋白质,为探讨IRX1基因的转录调控机制奠定了基础.
- 张荣娟于颖彦霍克克张迪李璞计骏张佳年陈雪华刘炳亚朱正纲
- 关键词:抑癌基因CDNA文库
- 胃癌临床病理分期相关基因MGP的发现及其表达验证被引量:2
- 2010年
- 目的通过对基因芯片数据库中一组大样本胃癌表达谱芯片的数据挖掘分析,筛选并验证与临床病理分期及预后密切相关的基因。方法检索基因表达谱芯片数据库,对其中符合分析要求(大样本、病理分型、临床病理分期以及随访资料齐全)的胃癌表达谱芯片数据进行再挖掘分析。利用基因芯片显著性差异基因分析(SAM)方法筛选出不同临床病理分期的差异基因,并通过逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)、即时荧光定量PCR、Westernblot方法验证胃癌细胞株及54例胃癌组织MGP表达,利用免疫组织化学EnVision法观察MGP在胃癌中的定位特点。结果通过对GEO开放数据库内GES4007数据的挖掘分析,发现14个基因表达与胃癌临床病理分期显著相关,其中MGP基因表达升高与临床病理分期呈正相关,对预后有明显影响。定量PCR和Westernblot方法证实MGP在胃癌细胞系中存在不同程度表达,免疫组织化学染色显示MGP定位于肿瘤细胞胞质内。RT.PCR分析54例胃癌组织和对应癌旁组织内mRNA,结果显示22例癌组织MGP的mRNA表达明显高于癌旁组织(40.7%)。MGP的高表达与胃癌临床病理分期(P=0.001)和预后呈明显相关(P=0.006)。结论公共数据库存储的芯片数据具有再分析价值。MGP基因是与胃癌临床病理分期和预后相关的新型分子标志物。
- 郭磊郭晓波蒋金玲张佳年计骏刘炳亚朱正纲于颖彦
- 关键词:寡核苷酸序列分析MATRIXGLAPROTEIN
- Meta分析方法及其在肿瘤研究中的应用被引量:5
- 2011年
- 在肿瘤研究中,众多实验室可能进行着目的相同的实验,但各实验室在实验设计、对象选择、样本含量、指标设定、统计方法等方面会有所不同,导致了最终结果上的差异。面对数量巨大的文献信息,综述对于人们快速获得本专业研究进展和最新信息有重要的参考价值。传统的文献综述大多是对某一问题的笼统概述,无法提供定量结果,对有关同一类问题的多个报道采用平等(等权重方法)对待方式,得出的综合结论存在一定的主观性、片面性。
- 刘雷于颖彦
- 关键词:META分析肿瘤研究
- 同源盒基因IRX1的启动子克隆及其在人胃黏膜细胞中的启动活性分析
- 2010年
- 目的 克隆同源盒基因IRX1的核心启动子序列,并探讨其转录调控机制.方法 通过生物信息学预测IRX1基因启动子范围:利用PCR方法扩增并构建含有IRX1基因启动子不同片段的真核报告基因质粒,瞬时转染GES-1胃黏膜细胞,通过检测不同片段的荧光素酶报告质粒活性,判断不同片段的启动子活性.结果 生物信息学预测IRX1基因启动子位于转录起始点上游700 bp范围内.通过PCR技术扩增获得IRX1基因5'侧翼区8个截短片段报告基因质粒,其活性由大到小依次为p-416>p-584>p-715>p-350>p-687>p-320>p-188>p-92 除p-92与p-188片段外,其余各片段与PGL3-basic空载体的差异均有统计学意义(均P<0.05),其中以p-416片段活性最强,片段p-320与片段p-188之间出现较大活性落差.结论 IRX1基因上游序列启动子以p-416转录活性最高,核心启动子位于-320~-188区间,该区间具有Sp1、TFⅡD等转录因子结合序列,是下一步转录调控机制研究的重要位点.
- 郭晓波郭磊吴建林刘卫仁计骏张佳年刘炳亚朱正纲于颖彦
- 关键词:启动子报告基因胃黏膜细胞
- 肿瘤血管形成的模型建立与显微图像定量分析研究被引量:6
- 2011年
- 目的利用显微图像分析法研究肿瘤新生血管相关模型。方法以人脐静脉内皮细胞和胃癌细胞系建立体外小管形成模型与血管拟态形成模型,以鸡的受精卵建立鸡胚尿囊膜活体血管形成模型,观察抑癌基因IRXl对血管形成和血管拟态形成的影响。显微镜所摄数字图片通过ImageProPlus(IPP)专业图像软件进行分析。通过计数点和线长度分析体外小管形成;通过吸光度法测量血管拟态的PAS阳性物质;通过计数法和角度测量法计算鸡胚尿囊膜血管数目。结果IRXl转基因组与空载体组及空白对照组相比,均显示了抑制血管形成能力,其小管形成数量三组分别为(12.80±3.83)、(29.00±5.34)和(28.20±4.32)个(P〈0.01),三组的小管连接点分别为(13.20±2.59)、(25.00±2.24)和(24.60±3.21)个(P〈0.01),三组的小管长度分别为(821.5±12.5)、(930.9±13.5)和(948.4±18.1)μm(P=0.022)。IRXl基因转染组的PAS阳性物质吸光度值(3606±363)显著低于空载体组(14200±1251)与空白对照组(15043±1220,P〈0.01)。IRXl基因转染组的鸡胚尿囊膜血管形成数量明显少于空载体组与空白对照组,三组角测量血管数量分别为(6.41±2.60)、(10.27±2.65)和(9.18±1.99)个(P〈0.01)。结论体外血管形成、血管拟态模型和鸡胚活体血管形成模型研究均显示,IRXl基因转染可以明显抑制新生血管形成;上述模型适用于以血管为靶点的基因干预或者药物筛选研究;专业图像分析软件在肿瘤血管形成的定量分析研究中可发挥一定的作用。
- 蒋金玲刘卫仁于颖彦倪培华吴建林计骏张佳年陈雪华刘炳亚朱正纲
- 关键词:新生血管化病理性生理性疾病模型
- 胃癌的病理分型与预后被引量:21
- 2011年
- 胃癌是消化系统的常见恶性肿瘤,因其对人类危害极大,发病率与死亡率多年来居高不下,故引起广大科研人员以及各级政府的重视。在胃癌的多学科攻关团队中,病理学工作者担负着对胃癌组织进行准确的病理分型、对候选肿瘤标志物或药物治疗靶点进行组织表达的验证等职责。胃癌的组织构造与细胞形态的异形性是对胃癌进行精细分型与分化程度判断的主要依据。习惯上将与胃组织相似程度高的肿瘤定义为"高分化";
- 于颖彦
- 关键词:胃癌预后