中国科学院知识创新工程(CNICQN10004)
- 作品数：2 被引量：4H指数：2
- 相关作者：迟学斌曹宗雁朱鹏刘昕郎显宇更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 不同层次MPI并行程序容错的比较被引量：2
- 2011年
- 随着超级计算机系统规模的不断扩大和系统结构的日益复杂,系统容错已经成为大规模超级计算机系统必须解决的一个关键问题。MPI并行程序的容错也日益受到关注,其中检查点设置和回卷恢复是MPI并行程序容错中一种重要的容错技术。本文对MPI标准、各种版本MPI实现的容错情况及检查点设置/回卷恢复的容错技术进行了介绍,给出了深腾7000上不同层次MPI并行程序的容错实例和性能测试结果,最后对不同层次MPI并行程序容错的开销进行了分析比较。
- 赵毅曹宗雁朱鹏迟学斌
- 关键词：MPI容错检查点设置回卷恢复
- 超大规模序列比对计算的并行优化被引量：2
- 2011年
- 针对生物信息学研究中的超大规模序列比对计算问题进行了研究,解决了现有的e-PCR软件包在处理小麦基因引物扩增比对任务中存在的内存瓶颈、I/O瓶颈和计算时间瓶颈问题,利用数据和任务分割的基本方法,使其最关键的引物与模板的比对计算能够大规模并行,进而采用基于主从通信模式的MPI通信框架进行编程实现,并从任务的缩减、负载平衡、容错和多作业并发等方面进行了优化,最终在百万亿次超级计算机上顺利实现了千核级大规模并行计算,在数十日内即可完成原本预期需要数年的小麦序列扩增比对计算。
- 曹宗雁郎显宇刘昕迟学斌
- 关键词：并行计算生物信息学分子标记
