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Sirt1及Sirt2与活性分子INA的作用机制研究被引量：2: 2013年; 应用分子模拟理论与方法研究了人类沉默信息调节因子2相关酶类Sirtuin家族成员Sirt1及Sirt2与一种活性分子(命名为INA)的作用机制.同源模建了Sirt1的三维结构,通过分子对接手段得到Sirt1(NAD+)-INA及Sirt2(NAD+)-INA的两种复合物体系,进行了分子动力学模拟.并且分别计算了两种体系中关键氨基酸残基与INA的结合自由能值,由此推测出Sirt1(NAD+)-INA、Sirt2(NAD+)-INA体系结合位点分别为Val72,Ser73和Arg272及Phe235,Leu264和Gly305,确证了两种体系的结合模式.模拟结果表明,在Sirt1(NAD+)-INA体系中,INA与催化底物NAD+距离较近,可以相互作用,具有较高活性;在Sirt2(NAD+)-INA体系中,INA与催化底物NAD+距离较远,与在Sirt1体系中比较,INA对Sirt2体系的活性较弱,结果与实验一致.本文的研究,对今后以去乙酰化酶Sirt1,Sirt2为靶点的新药开发具有一定指导意义.; 陈晓光赵晓杰王嵩王丽萍李惟孙家钟; 关键词：分子模拟 SIRT1

NCO自由基与H反应的机理和动力学被引量：1: 2013年; 研究采用密度泛函理论中的B3LYP方法,在6-311G(d,p)基组水平下,优化反应物、产物、中间异构体和过渡态分子,得到可靠的几何构型和频率.通过内禀反应坐标计算,确认了四条反应通道,并且以通道中中间体、过渡态相对能量为基础,讨论了各反应通道的优先顺序.在反应中,H和NCO的初始连接有两种方式,H分别进攻NCO两端的N和O,进行无势垒加合,得到两个低能中间体HNCO和HOCN.HNCO中∠NCO从172.9°减小到69.0°,生成一个相对能量较高但N—C键较长的中间体,该中间体发生N—C键断裂生成主要产物P1(CO+NH).从HNCO和HOCN出发均可生成次要产物P2(CN+OH),而从HNCO出发还有另一条生成产物P3(CH+NO)的路径,反应沿该路径进行的可能性较小.; 赵晓杰牟丹张浩王嵩; 关键词：NCO H 势能面

金属离子Na~＋,Li~＋,Mg^(2＋)与硫酸根离子形成的无水缔合物种的从头算量子化学研究被引量：1: 2012年; 计算并讨论了Na+,Li+和Mg2+3种离子与SO24-离子形成离子缔合物的结构以及阳离子的结合对ν1-SO24-频率的影响.结果表明,在缔合物结构方面,阳离子数目越少,离子间斥力越小,越容易形成阳离子与硫酸根间距离更短、结合更紧密的双齿缔合结构;而当阳离子数目增加时,特别是当具有2个正电荷的Mg2+离子数目较多时,离子间的斥力使多离子团簇不稳定,易形成阳离子与硫酸根间距离更长的单齿缔合结构.有2种阳离子作用可影响ν1-SO24-频率,一种是极化作用,可使ν1-SO24-频率红移;另一种是成键作用,可使ν1-SO24-频率蓝移.当金属离子数目≤2时,阳离子的极化作用占主导地位,第一个阳离子能使ν1-SO24-频率发生红移,而当阳离子数目增多时,不同方向结合的其它阳离子可以削弱第一个阳离子的极化作用,因此导致多离子团簇中ν1-SO24-频率红移的减小.当阳离子数目≥3时,极化作用影响减小,成键作用占据主导地位,导致ν1-SO24-频率更大蓝移的单齿缔合结构取代双齿结构,并使多离子团簇中的ν1-SO24-频率继续发生蓝移.; 万素琴张一张浩孙家锺; 关键词：量子化学计算

金属离子Na^+,Li^+及Mg^(2+)与ClO_4^-和NO_3^-形成的无水离子缔合物种的从头算量子化学研究: 2012年; 采用量子化学计算方法在B3LYP/6-311++G**水平下对Na+,Li+和Mg2+与ClO-4和NO-3形成的离子缔合物种的结构以及ν1-频率进行了研究,并将结果与SO24-和上述3种阳离子形成的物种进行了对比.在缔合物种结构方面,当阳离子数目≤2时,与SO24-体系相似,ClO-4和NO-3主要与阳离子形成双齿缔合结构,而当阳离子数目>2时,特别是具有2个正电荷的Mg2+离子数目较多时,由于阳离子间的斥力更大,与阳离子结合能力较弱的ClO-4和NO-3较难与其形成稳定的离子团簇,而在SO24-体系中,则易形成单齿缔合结构.在ν1-频率的变化趋势方面,3种阴离子形成的缔合物种大体相同,说明无水离子团簇的频率变化主要受阳离子性质和缔合结构影响.虽然阴离子性质也有部分影响,但不占主要地位.; 万素琴张一张浩孙家锺

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吉林省自然科学基金(20101552)