目的分析肿瘤远处转移相关蛋白(Ezrin mRNA)的结构,寻找并验证DNAzymes作用的最佳靶点。方法利用RNAstructure与RNAdraw程序分析Ezrin mRNA结构,计算其一、二级结构,两种程序同时计算出碱基未配对的单链成环区,且连续存在4个以上,则将其设为反义技术的靶区域,在此区域内设计DNAzymes的作用靶点,再依据最低自由能原则,运用计算机中的OligoWalk程序进行筛选,以此方式得到各反义技术的作用靶点,以实验方法验证预测结果。结果两种软件预测的共同的单链区共42个,其中完全匹配的单链区21个,编码区具27个。AU1655、AU1751、AU1766、AU1789及GU2623位于连续未配对碱基超过10个的单链区,仅AU1655、AU1751、AU1766、AU1789符合要求。酶切反应结果显示DNAzymes在AU1751位点能够最为理想地切割Ezrin m RNA。结论相对于传统的单纯依靠实验来寻找靶点,核酸二级结构联合热动力学参数能够更精确、快速地处理靶点的设计和选取问题。AU1751位点相对应的DNAzymes不易形成稳定的自身杂合体,有利于DNAzymes结合RNA。
