江苏省自然科学基金(BK2009434)
- 作品数：9 被引量：45H指数：5
- 相关作者：祁贤秦圆方邓斐汤奋扬吴斌更多>>
- 相关机构：江苏省疾病预防控制中心东南大学卫生部更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金江苏省医学重点人才培养基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 2010年南京人群甲型H3N2流感分离毒株全基因组特性分析
- 2012年
- 目的分析2010年南京地区甲型H3N2流感病毒的分子特征和演化趋势。方法测定2010年期间所分离3株病毒的8个RNA片段的核苷酸序列。构建各个基因基于核苷酸序列的系统发生树,并分析分离毒株与参考毒株11个基因特定氨基酸位点的变异情况。结果在3株病毒中,未发生片段间的重配。以A/Perth/16/2009为参考,3个分离毒株发生在HA和NA蛋白抗原决定簇的氨基酸变异均数分别为5.7和1.3;以A/Brisbane/10/2007为参考,3株病毒PB1的第375位发生突变(S→G),Nanjing/1655和Nanjing/1663的PB1-F2蛋白第26位缺失。另外3株病毒M2的金刚烷胺耐药位点(31位)为N。结论所测3株流感病毒HA基因的氨基酸变异可能导致新流行株的形成,病毒对金刚烷胺耐受而对神经氨酸酶抑制剂敏感。病毒的PB1第375位和PB1-F2第26位的变异可能成为H3N2病毒新的进化方向。
- 罗鹏飞曹尚李伟李亮吴斌秦圆方邓斐崔仑标焦永军祁贤卫平民
- 关键词：甲型流感病毒H3N2亚型进化分子特征
- 南京市首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素基因遗传变异分析
- 2011年
- 对南京市首例甲型H1N1(2009)病毒进行细胞分离,获得一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Nanjing/1/2009。在全基因组测序的基础上,对分离株的血凝素基因(haemagglutinin,HA)的遗传特征进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Nanjing/1/2009HA蛋白的有5个氨基酸发生了突变,其中一个位于Ca抗原位点208位氨基酸(R→K),这一突变虽然还不会影响抗原性的改变,但预示了新甲型H1N1(2009)抗原漂移的启动。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1病毒的特点。与禽H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的190(E→D)和225(G→D)位点发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究对南京市早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。
- 梁立敏邵卫星范伟兴祁贤崔仑标吴斌邓斐付建光秦圆方王慎骄
- 关键词：病毒分离血凝素
- 南京市2011年乙型流感血凝素基因分子特征分析被引量：8
- 2013年
- 【目的】分析2011年南京市乙型流感病毒的血凝素(HA)分子学特征。【方法】选择7株2011年南京市不同时间段有代表性的乙型流感毒株进行HA基因序列测定,通过生物信息学方法对HA分子学特征进行分析。【结果】7株乙型流感毒株分为两个系,4株为Victoria,3株为Yamagata;与2011年度疫苗株相比,Victoria和Yamagata系毒株分别在抗原位点146、197和116、198发生了氨基酸替换;其中197和198位点分别是Victoria和Yamagata毒株的受体结合位点,由于上述位点的替换使得Victoria系/Yamagata系毒株分别在197/196位增加了一个潜在的糖基化位点。【结论】2011年南京市乙型流感Victoria系和Yamagata系病毒同时存在,Victoria/Yamagata毒株197/198位点的氨基酸替换,值得做进一步的探讨。
- 李伟罗鹏飞邓斐秦圆方资海荣汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：乙型流感血凝素基因特征
- 江苏省肠道病毒71型分离株的分子遗传进化特征
- 目的了解肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)江苏流行株的遗传学背景。方法 RT-PCR反应测定江苏株EV71iangsu.P.R.C7.080(以下简称Jiangsu01)的全基因组序列,包括5’UT...
- 吴斌闫强汤奋扬李亮徐飞海葛胜祥崔仑标王慎骄付建光田华秦圆方邓斐祁贤朱凤才羊海涛汪华
- 关键词：EV71测序
- 文献传递
- 2010—2012年南京市呼吸道冠状病毒流行病学特征分析被引量：8
- 2013年
- 目的分析2010年11月至2012年10月南京地区4个型别冠状病毒流行病学特征。方法采集江苏省人民医院与南京医科大学第二附属医院流感样（influenza—likeillness，ILI）病例咽拭子标本，并收集患者相关信息，利用RT—PCR方法进行检测，应用SPSS17．0对数据进行统计分析。结果1233例标本中，冠状病毒核酸阳性者共有115份（总阳性率9．33％），主要为229E型（36．52％，42／115）、OCA3型（29．57％，34／115）与HKUl型（25．22％，29／115）。2010-2012年不同年份间，冠状病毒229E型、HKUl型与NL63型阳性率有统计学差异（229E亚型：X^2=18．072，P〈0．001；HKUl亚型：X^2=22．091，P〈0．001；NL63亚型：X^2=6．470，P=0．039）。结论南京地区冬季为冠状病毒流行高峰期，夏季为低谷期，春秋季小高峰趋势不明显。2010—2012年南京地区人呼吸道冠状病毒主要流行亚型为229E型、OC43型与HKUl型。不同年份冠状病毒主要流行亚型存在一定蒡异。
- 秦圆方许可祁贤邓斐潘玉宁付建光王慎骄田华单军李志锋汤奋扬
- 关键词：冠状病毒流感样病例实时荧光定量PCR
- 江苏首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素分子遗传特征分析被引量：13
- 2010年
- 2009年6月12日,江苏确诊首例甲型H1N1(2009)病例。通过细胞和鸡胚分离系统,我们分离到一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Jiangsu/1/2009。为了跟踪病毒的变异情况,我们开展了病毒的全基因组测序工作,在此基础上对其血凝素基因(Haemagglutinin,HA)的遗传特性进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Jiangsu/1/2009HA蛋白的有4个氨基酸发生了突变,但都不在已知的抗原位点上。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1的特点。与禽流感H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的E190D和G225D发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究首次对早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。
- 祁贤崔仑标李亮汤奋扬郭喜玲焦永军单军吴斌祖荣强邓斐付建光秦圆方王慎骄霍翔许可朱凤才史智扬羊海涛汪华
- 关键词：甲型流感病毒H1N1病毒分离血凝素
- 江苏省2011年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子流行特征被引量：8
- 2012年
- 目的分析2011年江苏省乙型流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的分子流行特征。方法选择13株2011年江苏省不同地区、不同流行时间的乙型流感毒株进行全基因组测序，通过生物信息学方法对HA、NA分子流行特征进行分析。结果13株乙型流感毒株中，10株属于Victoria系，3株属于Yamagata系。10株Victoria系毒株的NA基因来源于Yamagata系病毒，是基因重配流行株。与疫苗株相比，10株Victoria系毒株和3株Yamagata系毒株的HA蛋白分别在197和196位增加一个糖基化位点。结论2011年江苏省乙型流感Victoria系和Yamagata系病毒同时流行，其中重配的Victoria系病毒占优势。
- 李伟罗鹏飞邓斐秦圆方资海荣汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：乙型流感血凝素神经氨酸酶分子特征
- 2013-2014年江苏省H3N2亚型流感血凝素分子特征分析被引量：2
- 2017年
- 目的 分析2013-2014年江苏省H3N2亚型流感病毒HA基因变异规律及其遗传进化特征. 方法 从2013-2014年江苏省流感病原监测中分离到的季节性H3N2亚型流感毒株中,选取不同时间段、不同地区具有代表性的31株分离毒株,提取病毒RNA,利用自行设计的特异性引物通过RT-PCR扩增HA基因片段,将PCR产物纯化、测序并分析其遗传进化特征. 结果 31株分离株与疫苗株A/Texas/50/2012的核苷酸和氨基酸进化距离分别为0.010 5、 0.012 4,核苷酸与氨基酸的同源性分别为97.9%-99.6%、97.2%-99.3%.遗传进化分析结果表明,分离毒株的HA基因分属不同的进化分支,2013年的3株分离毒株独立形成Group 1;3株2014年江苏省分离株位于Group 2;其余位于Group 3.选择性压力分析通过REL模型得到3个正向压力选择HA氨基酸位点分别是237、366、367.与疫苗株相比,分离毒株分子特征表现为发生N128A/T和P198S/A（去信号肽排列）氨基酸位点变异,均位于B抗原决定簇;分离毒株抗原决定簇上发生变异的位点累计24个;7株分离株出现126NWT糖基化位点,3株分离株糖基化位点45NSS和144NNS消失.流感疫苗的效果评估结果显示,疫苗对江苏省季节性H3N2流感的保护效果不理想. 结论 江苏省2013-2014年H3N2亚型流感病毒的HA基因相较于疫苗毒株发生较大变异,疫苗对病毒的预防效果不理想,使得H3亚型成为当年的优势毒株.
- 颜文娟卞倩宋玥邓斐余慧燕王慎骄祁贤卫平民
- 关键词：甲型流感病毒H3N2亚型血凝素分子特征
- 2010-2011年全球季节性H3N2流感病毒表面蛋白基因的分子遗传特性分析被引量：4
- 2012年
- 【目的】分析2010年1月至2011年9月间全球季节性H3N2流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因的演变和分子特征,为流感病毒的防制提供分子信息依据。【方法】搜集期间季节性H3N2流感病毒HA和NA基因的完整核苷酸序列,分别绘制两基因编码序列的进化树;推导出相应的氨基酸序列,统计不同毒株间氨基酸位点差异并分析重要功能位点的变化。【结果】在136条完整的片段4和131条片段6中,2条HA和1条NA序列源自猪群流感病毒,剩余的序列根据进化特征可被分为两群。相比疫苗毒株,发生在HA和NA蛋白抗原位点的平均差异数分别为5.33和2.01个,3个毒株分别在HA宿主受体结合位点和二硫键及NA耐药位点出现突变,多数毒株的糖基化位点增多。江苏毒株和广东毒株分别属于群1和群2,且两省毒株间在HA蛋白抗原位点的差异数从7到13个不等。【结论】2010年1月至2011年9月间的全球季节性H3N2病毒主要呈现两种基因进化特征。因抗原性差异对疫苗开发具有指导作用,而多数毒株的抗原性检测信息仍然未知,但从抗原位点和糖基化位点的变异情况来看,多数毒株的抗原性可能已经变化,为判断是否形成新的流行株,应开展进一步的抗原性检测;并且各地区卫生行政部门应根据耐药位点的变化,制定相应的抗病毒治疗措施。
- 罗鹏飞曹尚李伟李亮吴斌秦圆方邓斐祁贤卫平民
- 关键词：血凝素神经氨酸酶分子特征
- IgM抗体检测对肠道病毒71型感染者诊断价值的探讨被引量：6
- 2011年
- 目的探讨IgM抗体检测对肠道病毒71型（EV71）感染哲的诊断价值，并与核酸检测和中和试验方法进行比较分析。方法采用EV71IgM抗体酶免检测试剂盒（EV71-IgM试剂）、EV71核酸检测试剂龠（EV71．PCR试剂）和I{l和试验方法，检测115例EV71感染者的EV71RNA、中和抗体和IgM抗体的水平，并进行比较性研究分析。结果对115例EV71感染者，EV71-lgM试剂对患者卣’份m清的检出率为80．9％（93／115，95％CI：72．5～87．6），对228份健康儿童血清，EV71-tgM试剂的枪出牢为2．6％。问时，对病发1～2d采集的54份血清检出率为70．4％（38／54），显示了较好的早期诊断价ffEi。EV71-PCR试剂对患者咽拭子标本的检出率为82．6％（95／115，95％CI：74．4-89．0），与EV71-IgM试剂棚比，差异无统计学意义。此外，EV71-IgM试剂与EV71-PCR试剂具有很好的H补性，两种方法联合使川呵提高检测灵敏度约10个百分点达到92．2％。结论EV71-IgM试剂具有良好的早期诊断价值，与EV71-PCR试剂联用可提高诊断率。
- 吴斌李亮汤奋扬祁贤祖荣强崔仑标朱凤才周明浩汪华
- 关键词：肠道病毒71IGM抗体实时荧光PCR
