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南京大学化学化工学院理论与计算化学研究所: 作品数：62 被引量：88H指数：6; 相关作者：谢代前马海波周燕子胡茜茜杨俊英更多>>; 相关机构：四川大学化学工程学院四川大学化学学院中国科学院大连化学物理研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金更多>>; 相关领域：理学化学工程医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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碳酸脱氢酶催化中质子转移机理的密度泛函理论被引量：2: 2005年; 在B3LYP/6-31G(D)水平下研究碳酸脱氢酶中的质子转移反应,活性中心包括Zn^(2+),其周围的4个组氨酸和2个苏氨酸残基,以及3个水分子.研究表明,与Zn^(2+)配位的水分子中的质子可以转移到邻近的水分子中,从而形成一个含有H_3O^+的中间体.其能量仅比反应复合物高1.3kJ/mol,而反应能垒也较低(8.1kJ/mol).; 张李东谢代前; 关键词：质子转移 B3LYP 质子转移反应密度泛函理论脱氢酶酶催化

醌型D-π-A类化合物AMTOE在不同溶剂中吸收和发射光谱的蓝移现象被引量：1: 2016年; 采用连续介质模型(PCM)以及明确/连续的混合溶剂模型,运用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TD-DFT)方法,研究了溶剂极性对D-π-A类两性离子化合物1-(4-aza-4-methylphenyl)-2-trans-(4-oxyphenyl)ethane(AMTOE)分子几何、电子结构以及光谱性质的影响.计算结果表明,随着溶剂极性和超分子簇大小的增加,AMTOE基态(S0)分子几何从醌式结构向芳式结构转化.从基态(S0)到激发态(S1),化合物AMTOE醌式结构增强.从弱极性的氯仿溶液到强极性的水溶液,AMTOE分子的吸收光谱和发射光谱均发生蓝移,并且吸收光谱的蓝移程度大于发射光谱的蓝移程度,与实验现象定性一致.吸收光谱和发射光谱发生蓝移的原因是随着溶剂极性增强,HOMO轨道能级与LUMO轨道能级之间的能隙增大.对于具有明显电荷转移的AMTOE分子的溶剂化显色效应,长程矫正的含时密度泛函TD-CAM-B3LYP方法比传统的含时密度泛函TD-B3LYP方法更为合理.另外,明确/连续的混合溶剂模型能更好的描述该类体系在强极性溶剂中的溶剂化显色效应.; 殷媛赵岑谢吉民孟素慈; 关键词：密度泛函理论溶剂化效应分子间相互作用电子结构

阿司匹林抑制环氧合酶的内在机理: 环氧合酶主要有COX-1和COX-2两种同工酶：COX-1是正常的酶;COX-2是诱导酶，由它生成的前列腺素会导致炎症，疼痛，发烧等病症，它是重要的药物靶标。阿司匹林是目前唯一用于临床的共价消炎药，但是它并没有COX-2...; 周燕子雷金平谢代前张颖凯

S-掺杂TiO2可见光活性的理论研究: ＜正＞半导体二氧化钛作为最具前景的光催化剂而倍受关注,可是它的带隙较宽（3．2eV）,只能吸收太阳光中的紫外光（约3-4％）。而可见光在太阳光中所占比例最大,接近45％,因此, 发展具有可见光活性的二氧化钛光催化剂,充分...; 田凤惠张东菊刘成卜江元生; 文献传递

2-氨基-2-咪唑啉异构化和质子迁移溶剂效应的密度泛函计算和Monte Carlo模拟被引量：2: 2005年; 采用密度泛函理论和MonteCarlo模拟方法研究了2-氨基-2-咪唑啉在气相和水中的异构现象和质子迁移反应.考虑了直接迁移和水助催化迁移等两种质子迁移途径.气相中稳定点的几何结构和热力学性质是在B3LYP/6-311+G**理论水平上计算得到的.溶剂效应的研究结果表明,水作为溶剂可降低直接迁移途径的速率,有利于水助催化反应途径的进行.; 薛英张慧谢代前鄢国森; 关键词：质子迁移溶剂效应 CARLO模拟

反应N+NH—→N_2+H的态-态量子动力学研究（英文）: 2015年; 采用在MRCI／aug-CC-pVQZ水平上构建的N2H基态势能面，并运用Chebyshev实波包法研究了N＋NH→N2＋H反应的量子动力学，如反应几率、积分截面以及产物振转态分布等．在50～500K温度范围内，该反应的速率常数随着温度升高而递增，与基于其它势能面的理论结果吻合．然而，在室温条件下，所有理论计算的速率常数均显著大于实验值．; 胡茜茜杨俊英谢代前; 关键词：量子动力学波包反应截面速率常数

溶液状态下利可君及其有关物质的结构研究被引量：7: 2006年; 目的研究利可君的4个非对映异构体及其有关物质的结构。方法利用液相色谱-二极管阵列检测、液相色谱-串联质谱和液相色谱-核磁共振等联用技术研究利可君及有关物质的结构。采用Phenomnex Luna C18色谱柱(250 mm×4.60 mm ID,5μm),水-乙腈-冰醋酸(58∶42∶0.3)为流动相。结果确定了在溶液状态下利可君及其有关物质的结构,发现其均有4个非对映异构体;还对利可君的4个非对映异构体在溶液中互变与稳定性进行比较与量子化学计算,证明其稳定构型为3R4S5R。结论利可君在溶液中非对映异构体相互转化,有一种优势构型。; 郑修文钱文杭太俊马海波张正行; 关键词：利可君非对映异构体量子化学计算液相色谱-串联质谱

普适的基于能量的分块局域激发态聚类算法被引量：1: 2021年; 在普适的基于能量的分块(GEBF)方法的框架下,大体系的局域激发(LE)能可通过一系列活性子体系激发能的线性组合近似得到,从而有效降低了计算的时间标度.然而,在体系的局域激发具有多个激发态的情形下,如何有效识别所有活性子体系的激发特征并将其组合是一个挑战.提出了一种基于局域激发态聚类的算法.该方案基于空穴-电子分析和基于密度的聚类(DBSCAN)机器学习算法,可以自动地聚合不同子体系中最相似的激发态并组合得到相应的局域激发态能量或激发能.结合该算法改进的LE-GEBF方法在荧光分子衍生物、荧光染料-水团簇及绿色荧光蛋白模型体系的计算中均获得了令人满意的结果.该算法有望大大提升LE-GEBF方法在计算局域激发时的稳定性和准确性,并可以有效处理吸收光谱具有多重峰的大体系.; 杜嘉辉廖康洪本坤王钟烨马晶李伟黎书华; 关键词：局域激发聚类