中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心) 作品数:551 被引量:1,843 H指数:26 相关机构: 上海交通大学 复旦大学 四川省疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家科技重大专项 上海市自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 文化科学 自动化与计算机技术 更多>>
基于RPA-CRISPR/Cas12a技术的十二指肠钩虫核酸检测方法的建立和评价 2024年 目的 基于重组酶聚合酶扩增(RPA)技术和簇状规则间隔短回文重复序列及其相关蛋白12a(CRISPR/Cas12a)技术,建立快速、便捷、高效检测人粪样中十二指肠钩虫的方法,以及时干预、降低疾病传播风险,提高公共卫生水平。方法 参考十二指肠钩虫线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)序列,设计并筛选RPA引物和CRISPR RNA (crRNA),优化crRNA浓度、ssDNA浓度和其他反应条件,建立RPA-CRISPR/Cas12a荧光检测体系。以10^(5)、10^(4)、10^(3)、10^(2)、10^(1)、10^(0)、10^(-1)、10^(-2)拷贝/μl的十二指肠钩虫阳性质粒为模板,分别采用RPA法和RPA-CRISPR/Cas12a法检测最低检出限,评价该方法的敏感度。分别以十二指肠钩虫(10^(5)拷贝/μl)、美洲钩虫(20 ng/μl)、异尖线虫(30 ng/μl)、旋毛形线虫(60 ng/μl)基因组DNA为模板,采用RPA-CRISPR/Cas12a法进行检测,评价该方法的特异性。以Kato-Katz法结合半巢式PCR法结果为标准,检测42份粪样(经Kato-Katz法检测31份为钩虫阳性,11份为钩虫阴性),计算RPA-CRISPR/Cas12a法的灵敏度和特异度,Kappa值比较检测结果的一致性。结果 建立了基于十二指肠钩虫cox1序列的RPA-CRISPR/Cas12a荧光检测体系,在优化的CRISPR/Cas12a体系中,LbCasl2a核酸酶终浓度为50 nmol/L、crRNA探针终浓度为50 nmol/L、ssDNA报告分子终浓度为100 nmol/L。该检测体系的反应条件为37℃40 min。RPA的最低检出限为10^(2)拷贝/μl,RPA-CRISPR/Cas12a法的最低检出限为10拷贝/μl,后者敏感度更高,且与美洲钩虫、异尖线虫、旋毛形线虫无交叉反应。与Kato-Katz法结合半巢式PCR法比较,RPA-CRISPR/Cas12a检测的灵敏度为19/19,特异度为91.30%(21/23),一致性较好(Kappa=0.904 8)。结论 该研究建立的RPA-CRISPR/Cas12a荧光检测体系具备快速、灵敏、特异的检测能力,为公共卫生监测和钩虫病防控提供了可靠技术支持。 闫书宁 杨汉银 蔡玉春 徐斌 俞铖航 莫子冉 卢艳 杨硕 辛怡 郑彬关键词:十二指肠钩虫 核酸检测 生食淡水鱼行为传播华支睾吸虫病的效应分析 被引量:18 2019年 目的分析生食淡水鱼行为在华支睾吸虫病传播中的定量效应。方法在广西、广东、黑龙江和吉林等4省(自治区)调查16个县(市、区),每县分别抽取5个行政村(社区),每个行政村(社区)整群抽取约200名居民。收集居民的粪样,采用改良加藤厚涂片法(Kato-Katz法,一粪二检)检测华支睾吸虫感染状况;同时收集调查对象生食淡水鱼行为信息。比较各县(市、区)、性别与年龄组的生食淡水鱼者比例和华支睾吸虫感染率,分析其相关性,计算决定系数(R2)。分析生食淡水鱼者和未生食淡水鱼者的华支睾吸虫感染率,计算相对危险度(RR)及95%置信区间(95%CI)。同时计算华支睾吸虫感染的归因危险度(AR)、归因危险度百分比(ARP)、人群归因危险度(PAR)和人群归因危险度百分比(PARP)。结果4省(自治区) 16个县(市、区)共检测16 230人,生食淡水鱼者比例为26.5%(4 295/16 230),华支睾吸虫感染率为10.8%(1 747/16 230)。各县(市、区)生食淡水鱼者比例和华支睾吸虫感染率呈正向的线性关系(R2=0.44, P <0.01)。男性和女性生食淡水鱼者比例分别为31.7%(2 687/8 478)、 20.7%(1 608/7 752),二者差异有统计学意义(P <0.01)。男性和女性华支睾吸虫感染率分别为13.7%(1 161/8 478)、 7.6%(586/7 752),二者差异有统计学意义(P <0.01)。男性≤14、 15~29、 30~44、 45~59和≥60年龄组生食淡水鱼者比例和华支睾吸虫感染率分别为1.9%、 19.4%、 40.2%、 44.5%、 36.3%和1.5%、 7.5%、 15.1%、 20.8%、 15.4%;呈正向的线性关系(R2=0.96, P <0.01)。女性≤14、 15~29、 30~44、 45~59和≥60年龄组生食淡水鱼者比例和华支睾吸虫感染率分别为2.3%、 13.9%、 25.3%、 29.2%、 22.4%和1.2%、 6.1%、 9.0%、 10.4%、 8.0%;呈正向的线性关系(R2=0.99, P <0.01)。与未生食淡水鱼者相比,生食淡水鱼者感染华支睾吸虫的RR为12.9 (95%CI:11.4~14.7)。男性和女性生食淡水鱼者与未生食淡水鱼者相比,感染华 钱门宝 蒋智华 葛涛 王心 邓卓晖 周长海 朱慧慧 陈颖丹 周晓农关键词:华支睾吸虫病 3种市售杀虫气雾剂产品对臭虫及黑毛皮蠹杀灭效果探讨 2022年 目的研究3种市售杀虫气雾剂对温带臭虫及黑毛皮蠹的杀灭效果,了解2种卫生害虫对不同成分杀虫气雾剂的敏感性。方法根据国标GB/T 13917.2-2009,用圆筒法测定杀虫气雾剂对温带臭虫和黑毛皮蠹的20 min击倒率,并观察48和72 h死亡率。采用χ^(2)检验分析不同组别间20 min击倒率和死亡率的差异。结果对黑毛皮蠹的杀灭实验中,3种市售杀虫气雾剂对黑毛皮蠹的20 min击倒率、48和72 h死亡率均为100%;在杀灭实验中,1、2和3号气雾剂对温带臭虫的20 min击倒率分别为100%、98.33%和90.00%,但3种杀虫气雾剂对温带臭虫48和72 h死亡率均为100%。不同组别间20 min击倒率差异无统计学意义(χ^(2)=3.000,P>0.05)。结论根据国标GB/T 13917.2-2009的方法测试的3种市售杀虫气雾剂对温带臭虫及黑毛皮蠹的杀灭效果,能够达到较高的击倒率和杀灭率。 贾孝凯 王颖 高春花 周丹丹 危芙蓉关键词:杀虫气雾剂 卫生害虫 温带臭虫 杀灭效果 《血吸虫病消除推进试点县工作方案(2023年版)》解读 被引量:6 2023年 2023年1月2日,国家疾病预防控制局印发了《血吸虫病消除推进试点县工作方案(2023年版)》。该方案旨在通过试点推进消除工作,总结经验并逐步推广,以推动全国血吸虫病消除进程。本文就该方案的提出背景、目标、常规措施及五大推进措施、考核指标以及组织保障等内容进行解读,以指导基层高效规范开展血吸虫病消除工作。 张利娟 李仕祯 李银龙 祝红庆 曹淳力 许静 李石柱关键词:血吸虫病 中非疟疾防控合作回顾和展望 被引量:2 2023年 随着中非合作规模和体量的不断扩大,中非公共卫生合作所蕴含的机遇也在持续上升。疟疾是中非公共卫生合作的主要领域之一,特别是中国消除疟疾之后,如何把中国疟疾防控和消除的经验结合非洲当地疟疾流行形势,加速非洲疟疾的控制和消除,是一个重要的科学问题。本文就中非疟疾防控合作历史、复方青蒿素快速清除疟疾项目、中英坦疟疾控制试点项目、中非消除疟疾机构间合作网络(the institution-based network of China-Africa cooperation on malaria elimination, INCAM)、与世界卫生组织合作助力非洲疟疾防控、国内民间组织在中非疟疾合作中的贡献等进行回顾性研究,分析了中非合作控制和消除疟疾面临的挑战,并对未来的合作方向进行展望。 周何军 尹建海 夏志贵关键词:疟疾 一种恶性疟原虫RIFIN重组蛋白PfRIFIN-54的构建、制备及用途 本发明一种由恶性疟原虫RIFIN基因PF3D7_0833100编码的恶性疟原虫RIFIN重组蛋白,命名为PfRIFIN‑54,其基因序列如SEQ ID No.1所示,氨基酸序列如SEQ ID No.4所示。一种含有基因P... 陈军虎 卡森 崔延冰 陈绅波 沈海默 徐斌 周晓农文献传递 基于影像组学与临床实验室指标构建血吸虫病肝纤维化分级诊断模型 被引量:1 2024年 目的探索基于B型超声影像与临床实验室指标构建血吸虫病肝纤维化分级诊断模型的可行性。方法收集2018—2022年江西省都昌县第二人民医院血吸虫病患者超声影像及临床实验室数据。以血吸虫病肝纤维化Ⅰ级病例为第1组,Ⅱ级和Ⅲ级病例为第2组;选取2018—2021年病例数据为训练集、2022年病例数据为验证集,构建机器学习二分类模型。采用ITK-SNAP软件标记影像特征,采用Python 3.7编程语言和PyRadiomics工具包提取影像特征。采用t检验或Mann-Whitney U检验比较两组样本间影像特征差异,并采用套索算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)进行关键影像特征筛选。采用Scikit-learn机器学习库进行机器学习建模,包括支持向量机(support vector machine,SVM)、随机森林(random forest,RF)、线性回归(linear regression,LR)和极端梯度提升(extreme gradient boosting,XGBoost)等4种模型。采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)进行最优机器学习模型筛选,并使用沙普利加和解释(SHapley Additive exPlanations,SHAP)评估对机器学习模型中超声影像鉴别特征贡献度最高的特征。结果2019—2022年,累计将491例血吸虫病患者超声影像和临床实验室检查数据纳入研究。累计提取了851项影像组学特征和54项临床实验室指标,经统计学检验(t=-5.98~4.80,U=6550~20994,P均<0.05)及LASSO回归特征筛选,纳入44项特征或指标进入下一步研究。临床实验室指标SVM机器学习模型训练集和验证集ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.763和0.611,超声影像组学SVM机器学习模型训练集和验证集AUC分别为0.951和0.892,多模态SVM机器学习模型训练集和验证集AUC分别为0.960和0.913。机器学习模型中贡献度居前10位的特征或指标包括2项临床实验室指标和8项影像组学特征。结论超声影像组学和临床实验室指标相结合的多模态机器学习� 郭照宇 邵菊萍 邹小青 赵琴平 钱沛君 王文雅 黄璐璐 薛靖波 许静 杨坤 周晓农 李石柱关键词:血吸虫病 肝纤维化 超声影像 基于棘球蚴病病灶分型的棘球蚴感染风险指数构建及应用 2024年 目的 分析基于棘球蚴病病灶分型构建棘球蚴感染风险指数的可行性,从而为棘球蚴病防控提供参考。方法收集2012—2016年我国棘球蚴病流行病学调查中棘球蚴病病例病灶影像学资料及2017—2022年我国棘球蚴病防治工作年报中各流行省(自治区)及新疆生产建设兵团棘球蚴病新发现病例检出率数据。对棘球蚴病病灶进行分型后,参考离散分布边际概率原理和多分组分类数据检验方法构建棘球蚴感染风险指数。对该指数与2017—2022年各流行省(自治区)和新疆生产建设兵团棘球蚴病新发现病例检出率数据进行相关性分析,建立单因素线性回归模型分析近期与中期、中期与远期棘球蚴感染风险指数间关系。结果 本研究累计纳入2012—2016年我国棘球蚴病病例4 014例。我国各棘球蚴病流行省(自治区)、新疆生产建设兵团间细粒棘球蚴近期、中期和远期感染风险指数均不相同(χ^(2)=4.12~708.65,P均<0.05),其中西藏自治区近期(0.058)、中期(0.137)和远期(0.104)细粒棘球蚴感染风险指数均较高;多房棘球蚴近期、中期和远期感染风险指数均不相同(χ^(2)=6.74~122.60,P均<0.05),其中四川省近期感染风险指数(0.016)较高,青海省中期(0.009)、远期(0.018)感染风险指数较高。细粒棘球蚴感染风险指数与新发现病例检出率相关性均无统计学意义(t=-0.518~2.265,P均> 0.05);多房棘球蚴各期感染风险指数与2018、2020、2021、2022、2017—2020、2017—2021、2017—2022年泡型(含混合型)棘球蚴病新发现病例检出率均呈强相关(r均> 0.7,t=2.521~3.692,P均<0.05)。对多房棘球蚴各期感染风险指数与泡型(含混合型)棘球蚴病新发现病例检出率建立线性回归模型,均有统计学意义(b=0.214~2.168,t=2.458~3.692,F=6.044~13.629,P均<0.05)。中期与近期、远期与中期细粒棘球蚴感染风险指数间回归系数分别为2.339和0.765,中期与近期、远期与中期多房� 薛垂召 郑灿军 蒉嫣 师悦 王旭 刘白雪 伍卫平 韩帅关键词:棘球蚴病 二苯甲基哌嗪类化合物在治疗包虫病中的应用 本发明提供一种二苯甲基哌嗪类化合物在治疗包虫病中的应用。二苯甲基哌嗪类化合物包括氟桂利嗪、桂利嗪、美克洛嗪和西替利嗪中的一种或多种的组合;以及其药学上可接受的盐;包虫病为棘球蚴病,包括囊型包虫病和/或泡型包虫病。本发明采... 霍乐乐 张皓冰 姜斌 魏玉芬 殷梦 沈玉娟 陶奕 薛剑广西地区艾滋病病毒感染/艾滋病患者蓝氏贾第鞭毛虫感染情况及基因型分析 被引量:4 2019年 目的了解广西地区艾滋病病毒感染/艾滋病(HIV/AIDS)患者蓝氏贾第鞭毛虫(简称贾第虫)感染情况及基因型分析。方法收集广西地区HIV/AIDS患者和健康者粪样,镜检后提取粪样中贾第虫DNA,并采用巢式PCR方法扩增贾第虫磷酸丙糖异构酶基因(triosephosphate isomerase, TPI),对阳性结果进行测序和BLAST比对分析,并构建进化树。结果共收集285例HIV/AIDS患者粪样,其中男性216例,女性69例,年龄21~85岁,其中130例曾接受抗逆转录病毒治疗。HIV/AIDS患者粪样镜检贾第虫阳性8份,阳性率为2.8%;健康者粪样303份,无贾第虫感染,两者差异有统计学意义(P <0.01)。巢式PCR扩增阳性粪样,发现530 bp左右有一条特异性条带。经测序分析,有7份贾第虫样品为人兽共患集聚体B型,其中6份与已报到的人源分离株TPI基因序列一致性为100%。另外1份为集聚体C型,且该分离株与已报到的人源贾第虫集聚体C型基因序列一致性为100%。结论广西地区部分HIV/AIDS患者感染贾第虫,其基因型主要为集聚体B型。 刘华 徐宁 沈玉娟 胡媛 曹建平关键词:贾第虫 巢式PCR