清华大学生命科学学院生物信息学研究所
- 作品数：51 被引量：679H指数：14
- 相关作者：计宏凯李岭黄颖资治科陈香更多>>
- 相关机构：中国中医科学院中医基础理论研究所江西中医药大学中药固体制剂制造技术国家工程研究中心上海中医药大学中医复杂系统研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 基因组复杂度进化的仿真研究被引量：7
- 2001年
- 生物进化的主要趋势是由简单到复杂 ,由低级到高级。在整体进化的同时 ,生物界也广泛存在着局部的退化和简单化现象。为了研究生物的进化和退化并行、简单和复杂并存的现象 ,以及各种内、外部因素的影响 ,建立了一个考虑基因扩增/删除机制的进化模型 ,并对这个模型在各种影响因素下的进化过程进行了仿真研究。实验结果和理论分析表明 ,生物进化过程中的复杂化倾向主要是为了适应复杂多变的外部环境 ,但复杂的基因组或结构功能往往需要比较大的生存和繁殖成本 ,这又限制了复杂化的无限发展。当外部环境变化比较频繁 ,幅度比较大 ,而繁殖成本不高时 ,进化倾向于复杂化 ;当繁殖成本过高时 ,复杂化倾向被限制 ;而当外部环境变化很缓慢或基本稳定时 ,退化和简单化则成为主要趋势。
- 卢欣孙之荣李衍达
- 关键词：基因扩增基因删除模拟进化
- 从维度与阶度探讨中医证候的特征及标准化方法被引量：141
- 2003年
- 目的 探讨中医证候的特征及标准化方法。方法 从维度与阶度探讨中医证候的特征 ,认为证候是由不同的要素 (维 ) ,通过不同的关联 (阶 ) ,达到的不同状态。证候因素具有高维性 ,证候的阶度则反映了各因素之间相互关系的复杂程度 ,证候阶度的处理主要取决于对应的干预状态。结果 “降维升阶”、“降维降阶”的有机结合 ,以及“证候诊断决策树”的构建 ,是证候标准化的一个重要途径。即一方面对主要证候因素进行降维处理 ,对相应的表征信息进行规范 ,并提取多层次有效信息组合 ;另一方面通过升阶或降阶 ,达到对证候因素的选择决策 ,以适应不同疾病、不同个体的灵活辨证与干预。从而执简驭繁 ,既把握群体的共性证候特征 ,又体现辨证论治的个体化诊疗特点。结论 辨析证候的维度与阶度 ,有助于引入数理、信息多学科方法 。
- 李梢
- 关键词：证候维度
- 系统生物学:面向系统的生物学研究被引量：8
- 2005年
- 论文介绍了什么是系统生物学、系统生物学的简史、系统生物学的结构、内容、研究方法以及药物开发应用的前景.生物学研究正从分子生物学走向系统生物学,由精细的分解研究转向系统的整体研究.系统生物学研究整合各种生物信息的实验数据、建立数学模型,并通过实验验证、完善模型,最终预测生物的系统的行为.
- 资治科孙之荣
- 关键词：系统生物学细胞信号转导药物开发
- SARS冠状病毒亚细胞定位的预测及其基因组多样性分析
- 严重急性呼吸综合征(SARS)的致病因已经被证实是一种全新的冠状病毒。目前,SARS冠状病毒的几个毒株的完整基因组序列已经被测定。在本工作中,我们用支持向量机(SVM)的方法,对SARS冠状病毒基因组中已经被标注的开放阅...
- 季星来柳树群李妍李岭孙之荣
- 关键词：SARS冠状病毒亚细胞定位发病机理基因组多样性
- 文献传递
- 新病入络及其证治被引量：43
- 2004年
- 以类风湿性关节炎 (RA)、严重急性呼吸综合征 (SARS)为例 ,初步探讨了新病入络及其辨证论治的特点。认为“新病入络”的门径在于营卫 ,枢纽在于气血 ;病因有外袭内伏之合 ;病势有缓急之不同 ;病变可由新至久、由局部至整体 ;“络道亢变”等“病络”之象为RA等疾患中邪毒传变的传播途径与功能载体 ;提出“新病入络”的证治原则在于 :早期截毒防变 ;降维升阶 ,提炼证候共性因素 ;通畅络脉 ,贯穿始终。并通过寒热证治探讨了“新病入络”的有关现代机理。提出“新病入络”及其辨证论治是中医药诊疗RA、SARS等多种难治性疾病的值得探索的途径。
- 李梢杨宝琴王永炎
- 关键词：类风湿性关节炎严重急性呼吸综合征寒热
- 病毒疫苗制备用不同核型VERO细胞系在裸鼠体内致癌/致瘤性的系统实验研究(英文)被引量：1
- 2004年
- 生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体核型可发生变异 ,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性 ,不能用于致弱活病毒疫苗制备 ,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、JC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系 ,可替代BHK 2 1细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定 ,不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性 ,不同核型细胞致瘤性不同 ,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关 ,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此 ,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。
- 张德礼季梁李六金黄高升
- 关键词：VERO裸鼠致瘤性
- 自组织作用在生物进化中的模拟研究被引量：10
- 2001年
- 生物的进化可以看作是在基因随机突变的驱动下 ,通过自组织作用而形成高级有序结构的过程。生物进化研究只能看到进化的结果 ,而不能对进化的过程进行定量分析和检验。采用进化计算的算法框架对进化现象进行模拟研究 ,从基因层、个体表现层和种群层三个层次对自组织作用在个体和物种进化中的作用进行分析 ,模拟随机初始条件及环境突变条件下种群的分化和物种形成过程 ,研究地域分布对物种分化和形成的影响 ,以及过渡物种的分布特点 ,并对有限地域条件下地域面积和物种数量的关系进行了模拟研究。
- 卢欣孙之荣李衍达
- 关键词：自组织进化生物进化
- 基于信息互补思想的真核生物启动子识别方法
- ＜正＞ RNA聚合酶与启动子区域结合是DNA转录过程的第一步,直接影响转录的结果和相应基因表达的强度。作为一种至关重要的生物序列模式,启动子模式反映了在转录过程中发挥定位功能的DNA片断表现在序列上的规律性。用生物信息学...
- 樊晓丹孙应飞李岭胡驰峰李衍达
- 文献传递
- 网络药理学与中医药现代化探索
- 李梢
- 基于多Agent的生物信息数据整合系统-BioAgent1被引量：8
- 2005年
- 随着人类基因组计划的实施 ,生命科学研究已进入后基因组时代 .人们基于指数形式增长的核酸、蛋白质序列和结构等数据 ,开发了数百种不同类型的数据库 .由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异 ,给研究者对它们的整合应用造成了一定的难度 .本文建立了一个基于多Agent的生物信息数据整合系统 BioAgent,通过信息采集A gent、信息整合Agent、用户Agent的协调 ,完成数据抽取、数据标准化、数据存储、数据融合、Web显示等工作流程 ,以实现数据整合的自动化 .同时利用BioAgent系统 ,开发了人类精神分裂症相关基因的突变信息多层次定位数据库 .
- 庄永龙马飞周敏沈岩李衍达
- 关键词：生物信息学数据整合XML多AGENT
