华中科技大学生命科学与技术学院生物信息与分子成像湖北省重点实验室
- 作品数：21 被引量：35H指数：4
- 相关作者：王佳龙伟朱倩更多>>
- 相关机构：深圳信息职业技术学院电子通信技术系中国科学院武汉病毒研究所中国科学院动物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 白血病基因转录因子绑定位点的分布特性研究被引量：1
- 2009年
- 基因表达调控是后基因时代研究的一个重点。作为基因转录调控信息的载体,转录因子在基因转录过程中起着重要的作用。对37条白血病基因和50条随机基因的调控区序列进行转录因子结合位点分析,获取白血病基因不同于随机基因的显著转录因子和调控模式。结果显示共有11种转录因子在两组数据中具有显著性差异,其中p300/CBP,E47,MZF-1在白血病基因的调控区中出现的概率明显要大于随机基因。
- 袁芳朱倩
- 关键词：转录因子结合位点白血病基因调控
- 基于Java的基因本体工具包
- 2006年
- 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
- 张国庆骆清铭鲁强李亦学
- 关键词：基因本体解析器图模型语义相似性
- 数字大鼠整体断层解剖数据集的制备技术被引量：1
- 2006年
- 从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像的分辨率为4600×2580×24-bit,像素尺寸为0.020 mm×0.020 mm,切片厚度为0.020 mm,数据集总容量达314.68 GByte.断面图像的分析表明数据集的制备质量达到了较高的水平.该制备方法可为今后在整体层次上开展数字大鼠研究提供技术支撑.
- 余雳刘谦白雪岭廖银萍骆清铭龚辉
- 基于功能的疾病基因预测系统设计与应用被引量：2
- 2010年
- 针对与某种特定器官组织相关的疾病,利用新基因识别、基因功能预测以及疾病基因预测等技术,提出并实现一个基于基因功能信息的疾病候选基因预测系统。将其用于心血管疾病相关基因的大规模分析与预测,结果证明,该系统可以对疾病候选区间的已知基因进行致病可能性的鉴别,发现新基因,并判定新基因与疾病的相关程度。
- 袁芳王瑞春管明祥周艳红
- 关键词：疾病基因基因本体心血管
- 基于序列特征预测先天性糖基化紊乱疾病基因被引量：2
- 2009年
- 选取mRNA和protein序列的330个物化特征进行研究,发现某些特征在已知的先天性糖基化紊乱(CDG)疾病基因中具有共同显著性差异.基于这个特点设计了一种新的CDG疾病基因预测方法,留一法交叉验证结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的CDG基因,效果略优于其他预测方法.本方法只需要知道mRNA和protein的序列数据,弥补了目前蛋白质功能、相互作用等数据不足或不可靠的缺陷.进一步对其他疾病基因的预测结果表明本方法具有一定的推广性.
- 龙伟周艳红
- 关键词：生物信息学
- 光学成像观测大鼠局灶性脑缺血的动态过程被引量：5
- 2005年
- 采用550nm内源信号光学成像(opticalintrinsicsignalimaging,OISI)监测左侧大脑中动脉栓塞(middlecerebralarteryocclusion,MCAO)局灶性脑缺血大鼠顶叶皮层.MCAO后4h内,观测到一系列自发扩散性抑制(spreadingdepression,SD)波(10.3±4.6)次.前2h内的SD波通常会侵袭整个左侧顶叶皮层,但光信号有明显的区域差异.后2h内的SD波局限于顶叶皮层中央区域,且传播面积逐次减少;旁侧区域光强基线逐步升高,4h时,反射光强升高(8.4±1.2)%.随后TTC染色证明上述旁侧区域已经梗死.实验表明光学成像为确定缺血半暗带并监测其动态发展提供了一种有效方法.
- 冯哲陈尚宾李鹏程曾绍群骆清铭
- 关键词：大脑中动脉栓塞局灶性脑缺血
- FluxExplorer:一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台被引量：2
- 2006年
- 近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为.基于这种需求,我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer.它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法,如流平衡分析(fluxbalanceanalysis,FBA)等.这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画.在该平台上,用户只需通过简单的图形化建模过程,就能直观构建并分析自己的目标网络.同时,该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点,以便用户修改.此外,该平台支持系统生物学建模语言(systemsbiologymarkuplanguage,SBML).利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络,并得到了一些有生物学意义的模拟结果.可以说,该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具.
- 罗若愚廖莎曾绍群李亦学骆清铭
- 关键词：代谢网络计算机模拟系统生物学
- 基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具
- 2007年
- GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。
- 许庆炜鲁强曹顺良骆清铭李亦学
- 关键词：语义网
- H5N1亚型禽流感毒株A/Duck/HuBei/3/2005的分子特征及致病性研究
- 2007年
- 采用分子生物学方法，对1株2005年从湖北省某县分离获得的禽流感病毒株（A／Duck／HuBei／3／2005）进行全基因组序列测定．序列分析显示，该分离株为H5N1亚型．HA蛋白在HA1和HA2连接处，含有连续多碱性氨基酸模体（-RRKKR-）．根据进化分析结果，分离株A／Duck／HuBei／3／2005的7个基因来源于2004～2005年湖南地区流行株（CK／HN／999／05，DK／HN303／04），但是PA基因片段发生了重排，来源于野禽．动物实验显示DK／HB／3／05对鸡和鸭均具有高致病性；对小鼠有较低致病性．
- 寇铮李永东张忠范兆军唐霜周艳红陈绳亮李天宪
- 关键词：禽流感病毒H5N1亚型基因组
- 利用相似显著性序列特征预测白血病疾病基因
- 2012年
- 研究发现新的白血病致病基因对揭示白血病机理,寻求有效治疗方法有重要意义.选取了mRNA和protein序列的330个物化特征,发现某些特征在五类白血病(T-ALL、ALL、AML、APL和JML)的已知疾病基因中表现出相似的显著性差异.基于这个特点设计了一种新的白血病疾病基因预测方法.测试结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的白血病基因,效果明显优于其他预测方法.
- 袁芳周艳红何光源
- 关键词：白血病
