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清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室: 作品数：25 被引量：97H指数：5; 相关作者：向书念周雪崖张浩文杨禹丞李宇超更多>>; 相关机构：天津中医学院中医药研究中心中国科学院生物物理研究所北京中医药大学第一临床医学院(东直门医院)更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生轻工技术与工程理学更多>>

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通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文): 2013年; 转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.; 李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣; 关键词：转录因子系统生物学

独脚金内酯信号途径的新发现——抑制子也是转录因子被引量：7: 2020年; 植物激素信号传导途径中的抑制子(repressor)DELLA、AUX/IAA、JAZ和D53/SMXL均结合下游转录因子并抑制其转录活性,从而阻遏激素响应基因的表达;激素分子则激活信号传导链降解抑制子、释放转录因子,从而诱导响应基因表达并介导相应的生物学功能。中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋研究团队最新的研究发现,独脚金内酯(SL)信号途径中的SMXL6、SMXL7和SMXL8是具有抑制子和转录因子双重功能的新型抑制子,他们还通过研究SL转录调控网络发现了大量新的SL响应基因,揭示了SL调控植物分枝、叶片伸长和花色素苷积累的分子机制。这些重要发现为探索植物激素作用机理提供了新思路,具有重要科学意义和应用前景。; 姚瑞枫谢道昕; 关键词：植物激素抑制子转录因子负反馈调节

一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）: 2016年; 二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病.然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异.为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张.该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义.; 严章明王瑶刘珂向书念孙之荣; 关键词：短串联重复序列运动神经元疾病

丹参、三七不同配比的多目标模糊优化研究: 目的：针对方剂配伍研究中最优剂量配比的分析和预测，对丹参、三七7种不同剂量组合治疗实验性急性心肌缺血犬的数据进行处理，从而建立了一种适用于方剂最优剂量配比分析的综合评价方法。方法：采用多目标优化、模糊综合评判方法。结果：...; 商洪才李梢高秀梅张伯礼王永炎; 关键词：丹参多目标优化模糊综合评判; 文献传递

转录因子结合位点的计算分析方法被引量：11: 2008年; 基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位点对研究基因调控系统有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中发挥着关键的作用。文章综述了分析蛋白质编码基因的转录因子结合位点的典型流程,总结了主要的算法、软件和资源,并简要评述了目前非编码RNA转录调控的研究现状。; 李婷婷蒋博汪小我张学工; 关键词：转录因子结合位点模体识别生物信息学

通过赝反伽伐尼反应实现金纳米粒子模块替换被引量：2: 2020年; 通过可控的方式精确调控纳米粒子的结构仍是一个富有挑战性和鼓舞人心的课题.尽管单原子或两、三个金属原子的精细调控已经在金纳米粒子中实现,涉及三个以上金属原子的取代(模块取代)还没有报道.本工作报道了环己硫醇配体保护的Au_(48)(CHT)_(26)的合成及其通过赝反伽伐尼过程的模块取代.单晶结构揭示模块取代的产物与母体团簇共用一个相似的Au_(31)(CHT)_(12)主体,但剩余部分不同(Au_6(CHT)_(11)vs.Au_(16)(CHT)_(14)).一个有趣的发现是模块取代抑制了Au_(48)(CHT)_(26)的光热过程,却增强了它的发射,赋予了所合成团簇更好的双(多)功能应用潜力.光热效应的减弱和发射的增强也暗示了这两种作用能够彼此至少部分转化,对于研究这两种效应之间的相互影响也具有重要的启示.; 金凤鸣董宏伟赵燕庄胜利廖玲文闫楠古万苗查珺查珺李进邓海腾甘自保杨金龙伍志鲲; 关键词：荧光

从不同视角探索糖尿病心肌病关键基因的系统生物学研究: abetic cardiomyopathy (DCM) is cardiac disease caused by diabetes but independent of hypertension, coronary ar...; 孙之荣李宇超; 关键词：糖尿病心肌病病理机制基因表达系统生物学

古菌蛋白质SSO6904的双体形式的NMR鉴定: 2012年; 古菌蛋白质SSO6904是最近发现的一个全螺旋结构的、具有弱的钙离子结合活性的蛋白质.在蛋白质纯化过程中,通过凝胶过滤层析发现SSO6904具有稳定的单体和双体形式.1 H NMR谱表明2种形式的核心结构类似.2D1 H-15 N HSQC谱表明单体和双体的结构差异主要处在连接螺旋2和3以及5和6的2个Loop链接区域,这2个Loop链接区域是形成双体的关键区域,而其他区域具有相同的结构.通过结构分析推测并搭建了一种结构域交换的SSO6904双体结构模型.这种稳定的双体形式可能是调节SSO6904功能的一种方式.; 姚宏伟冯银刚王金凤; 关键词：蛋白质结构 HSQC 古菌

偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析被引量：3: 2006年; 精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。; 李俊宁许琪沈岩季梁; 关键词：偏执型精神分裂症

超分辨质谱分析浓香型白酒洋河梦之蓝(手工班)生物活性物质的研究被引量：1: 2019年; 中国白酒的独特酿造方法有利于增加酒体的微量成分,其中不仅包含呈香呈味物质,而且还包括大量生物活性成分。本研究利用气相色谱质谱(GC-MS)和高分辨串联液相质谱(UPLC/Q-ExactiveOrbitrap)分析了高端绵柔型白酒洋河梦之蓝(手工班)的生物活性物质,发现该酒除含有脂肪酸和酯类等常见活性物质外,还发现酚类化合物、呋喃类、吡嗪类、萜类和核苷类似物等组分。其中,虫草素和圣草酚两种生物活性成分在白酒中鲜有报道,定量分析显示二者的含量分别为1.78mg/L和1.81mg/L。; 杜然郭律均闫建斌; 关键词：虫草素白酒生物活性

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