贵州大学动物科学学院贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室
- 作品数：186 被引量：538H指数：10
- 相关作者：王海娜卢黎王鑫于冰彭松更多>>
- 相关机构：扬州大学兽医学院农业部畜禽传染病学重点开放实验室扬州大学兽医学院凯里学院环境与生命科学学院更多>>
- 发文基金：贵州省科技厅重大专项贵州省农业科技攻关项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 绿色肉猪饲养管理HACCP模式初探被引量：3
- 2010年
- 应用HACCP方法,通过对绿色肉猪饲养管理流程中各个环节的危害分析,确定关键控制点;对关键控制点中存在的潜在危害做出有效监控和纠偏措施,并对关键控制点建立档案记录,制定绿色肉猪饲养管理HACCP体系工作简表;绘制绿色肉猪饲养管理流程危害分析表及绿色肉猪饲养管理HACCP计划表,进而初步构建绿色肉猪饲养管理HACCP模式,并应用于肉猪饲养管理中,可有效控制饲养管理过程中的潜在危害,为绿色肉猪生产研究提供理论指导。
- 李金杰许厚强张勇徐彩龙陈祥杨春怒
- 关键词：HACCP饲养管理关键控制点
- 鸡IGF2基因多态性及蛋白相关分析被引量：1
- 2015年
- 为全面了解IGF2基因的多态性、系统发育关系以及IGF2蛋白功能位点,本实验利用DNA池结合PCR产物直接测序法和生物信息学对9个鸡品种11种样本的IGF2基因进行系统研究。结果表明:共检测到IGF2基因的9个SNPs,其中3个错义突变导致蛋白性质发生改变;NJ树整体分为三大支,其中绿壳蛋鸡与其他品种遗传差异最大;突变后RNA二级结构、最小自由能和稳定性随之变化;IGF2蛋白存在典型跨膜螺旋区和信号肽,包含2个高度保守的结构功能域IIGF和IGF2-C;同源模建得到了理想可靠的IGF2蛋白三维结构模型。显示,IGF2基因遗传多样性相对较高,突变位点在各群体中分布不平衡,可为进一步研究IGF2蛋白功能奠定理论基础。
- 郭发荣陈彬李太山张小卿綦世金
- 关键词：IGF2基因SNPS系统发育生物信息学
- 从江香猪PHKG2基因超表达载体和RNA干扰载体的构建及其表达被引量：1
- 2018年
- 旨在克隆从江香猪磷酸化酶激酶γ2(phosphorylase kinase gamma 2,PHKG2)基因编码区,并对PHKG2基因功能进行初步探究。本研究利用RT-PCR法扩增从江香猪PHKG2基因完整CDS区。通过构建pEGFP-N3-PHKG2超表达载体,设计并合成4对针对从江香猪PHKG2基因的RNAi表达载体,瞬时转染至C2C12细胞株和从江香猪肾细胞中,以正常生长的细胞为空白对照,24h后检测各个重组载体的绿色荧光蛋白的表达情况。48h后提取细胞总RNA,利用qRT-PCR方法检测目的基因PHKG2和糖原代谢相关基因糖原磷酸化酶(glycogen phosphorylase,muscle form,PYGM)、肌肉糖原合成酶(glycogen synthase 1(muscle),GYS1)、磷酸甘油酸变位酶(Phosphoglyce rate mutase,PGAM2)基因mRNA的表达情况,并且测定各组细胞中的糖原含量。结果表明,经过双酶切、测序检测以及脂质体瞬时转染至C2C12细胞中,验证超表达载体pEGFP-N3-PHKG2和4对RNAi表达载体均构建成功。转染至从江香猪肾细胞后,相对于空白对照(Blank)和阴性对照(pEGFP-N3),超表达载体pEGFP-N3-PHKG2能极显著提高PHKG2基因的表达量(P<0.01),同时显著上调PGAM2、PYGM基因的表达量(P<0.05),并且显著降低细胞中糖原的含量(P<0.05)。各RNAi载体中,相对于空白对照(Blank)和阴性对照(NC),shRNA-1的干扰效率较高,极显著下调PHKG2基因的表达量(P<0.01),显著下调PGAM2、PYGM、GYS1基因的表达量(P<0.05),并且显著升高细胞中糖原含量(P<0.05)。shRNA-2极显著下调PHKG2基因的表达量(P<0.01);shRNA-3对PHKG2基因的表达也能起到显著的干扰作用(P<0.05);shRNA-4对于所检测的4个基因干扰效果不明显;shRNA-2、shRNA-3、shRNA-4转染细胞后,细胞中糖原含量升高水平不明显。PHKG2基因超表达和RNAi后可分别明显上调和抑制PHKG2、PYGM、PGAM2、GYS1基因的表达,并且分别降低和提高糖原含量,可能是影响从江香猪猪肉品质的重要候选基因,为进一步研究PHKG2基因在细胞糖原代谢通路�
- 王圆圆许厚强许厚强陈伟陈伟周迪
- 关键词：从江香猪超表达RNA干扰
- 鸡TRAF6基因外显子区功能性SNP预测与分析
- 2022年
- 采用生物信息学方法筛选鸡TRAF6基因中的功能性非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点。从dbSNP数据库中检索出TRAF6基因的8个nsSNPs,利用生物信息学软件PROVEN、SIFT、PhD-SNP和SNAP2分别对nsSNPs进行功能性预测;使用I-Mutant2.0和Mupro对突变位点氨基酸的稳定性进行预测;此外,利用Clustal Omega和Jalview对鸡TRAF6基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测。使用MutPred2预测突变可能造成的影响;最后使用Sopma和SWISS-MODEL软件分别预测TRAF6野生型和突变型的蛋白质二级结构和构建它们的三级结构。结果表明:从TRAF6基因的nsSNPs位点筛选出来3个有害突变位点rs736890315(S17R)、rs734934585(C20G)和rs734774178(V472E),其中V472E是四种软件共同筛选出的突变位点。V472E突变位点可能影响鸡TRAF6蛋白的功能,且所有位点突变都会使TRAF6蛋白稳定性降低。保守性分析显示,D16G、S17R和A307T为不保守位点,C20G、S40G、S40R、T42A和V472E为保守的功能性残基;MutPred2预测结果发现,V472E位点的突变导致蛋白质的稳定性改变,其他位点的突变均无显著影响;二级结构分析结果表明,鸡TRAF6蛋白主要以无规则卷曲和α螺旋为主,V472E、S40G和C20G这三个位点上的突变都导致了无规则卷曲百分比的提高和α螺旋百分比下降;三级结构分析结果发现,TRAF6蛋白的野生型和突变体的三级结构与二级结构预测结果一致。本研究预测发现V472E位点突变可能严重影响鸡TRAF6蛋白质的结构,V472E可能是鸡TRAF6基因的潜在功能性位点。
- 赵采芹王燕碧唐宏邢静如石海英段志强
- 关键词：生物信息学
- 关岭牛MyoD基因CDS区的克隆、序列分析及其真核表达载体构建
- 2015年
- [目的]通过关岭牛MyoD基因CDS区的克隆、序列分析及pcDNA3.1(+)-MyoD真核表达载体的构建,为后续研究MyoD基因的调控机制奠定基础。[方法]通过设计特异性引物克隆关岭牛MyoD基因的CDS区,并用DNAStar、Ex PASy等软件对该基因CDS区进行序列分析;同时利用双酶切的方法构建真核表达载体pcDNA3.1(+)-MyoD。[结果]关岭牛MyoD基因的CDS区全长957bp,编码318个氨基酸;其编码的蛋白属于亲水性蛋白,蛋白二级结构主要以α-螺旋及无规则卷曲为主,含有b HLH结构域,无明显的跨膜区域。同源性分析显示,关岭牛MyoD基因的CDS区序列与海福特牛和山羊的同源性最高,核苷酸同源性为98.96%和96.9%,氨基酸同源性为100%和89.3%。MyoD蛋白的氨基酸肽链长度由低等动物到高等动物有逐渐加长的趋势。[结论]成功克隆了关岭牛MyoD基因的CDS区,并构建了其真核表达载体pcDNA3.1(+)-MyoD,为进一步研究MyoD基因在成肌分化过程中的作用及其调控机制奠定基础。
- 张雯张雯许厚强陈伟陈祥桓聪聪夏丹
- 关键词：真核表达载体
- 导师制在培养本科生科研创新能力中的作用——以动物科学专业为例被引量：2
- 2017年
- 动物科学专业主要通过学习动物生产与管理、动物遗传育种等方面的基本理论和基本知识,使学生具有独立获取知识和创新能力的综合素质。文章在明确本科生导师的工作职责,实行本科生导师制度的必要性后,对导师制在本科生科研创新能力培养中发挥的作用进行了重点讨论,肯定了导师对学生实践能力及创新能力的影响。
- 陈伟陈彦希肖超能
- 关键词：动物科学专业本科生导师制科研创新能力
- 黔北麻羊DRB1基因Exon3遗传变异分析被引量：5
- 2016年
- 本研究采用构建193只黔北麻羊DNA池并对其PCR结果直接测序和生物信息学分析的方法对MHC-DRB1基因的第三外显子进行遗传变异分析,旨在获得黔北麻羊MHC-DRB1基因的多态性,为MHC基因在山羊的抗病育种研究中提供基础资料。分析结果得到DRB1基因Exon3中共7个SNPs,分别为A^9G(Ile→Val)、G^(120)A(Gly→Ger)、C^(125)T、G^(140)A、T^(245)G(Asp→Glu)、C^(251)T、G^(275)A。生物信息学分析得到各突变位点均引起RNA二级结构的改变,各错义突变位点均引起蛋白质二级结构的改变,但并未引起抗原表位改变。
- 黄兰刘彬康建兵钱成徐伟封竣淇蔡惠芬罗卫星
- 关键词：黔北麻羊DRB1基因SNPS生物信息学
- 贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响被引量：3
- 2020年
- 为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 C>T突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 C>T突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ^2)检测结果表明:g.22589443 C>T位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);g.22589512 C>T突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H1出现的频率最高,单倍型H3和双倍型H2H2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TC>CC>CT,稳定性为:CT>CC>TC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H1H1个体的肉色指标显著高于H1H3个体(P<0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P>0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.
- 吴磊覃媛钰谭光辉李杰章张依裕张依裕杨远清向程举
- 关键词：单核苷酸多态性生物信息学
- 从江香猪MC4R基因多态性及生物信息学分析被引量：3
- 2015年
- [目的]旨在对3个群体猪MC4R基因进行SNPs筛选,为从江香猪选种选育提供一定的理论基础。[方法]以从江香猪作为研究对象,野猪×从江香猪二元杂交猪和杜×大×长外三元杂交猪作为对照,构建品种DNA池,PCR扩增MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列,采用直接测序法对3个群体的MC4R基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对MC4R基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。[结果]在3个群体中共检测出10个SNPs位点,其中,C860T、G1392A和G1577A位于第2外显子区;G1699A、T1702A、A1870C、G1875A、C2025T、G2073A和A2111T位于3’非编码区序列。C860T为同义突变,G1392A和G1577A为错义突变,分别导致了精氨酸变为组氨酸、天冬氨酸变为天冬酰胺。经分析软件预测,处于第二外显子中的3个SNPs位点对MC4R基因的mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定的影响。[结论]DNA池结合测序技术检测到MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列共10个SNPs。
- 张雄张勇李俊杨红彭松何琦张宇君
- 关键词：从江香猪MC4R基因SNPS生物信息学
- 三种癌细胞株中Bloom综合征解旋酶(BLM)的表达水平高于正常细胞被引量：19
- 2014年
- 由于Bloom综合征解旋酶（Bloom’s syndrome helicase，BLM）基因缺陷引起的Bloom综合征（Bloom’s syndrome，BS）是一种罕见的常染色体隐性遗传病，BS患者的临床特征表现为严重的生长迟缓、学习障碍、免疫缺陷等。BLM解旋酶在睾丸和胸腺中高表达，另一方面，BLM基因的突变和高表达与肿瘤发生相关，如结肠癌、肺癌、白血病等。本研究观察了A549人肺癌细胞、SGC7901人胃癌细胞、PC3人前列腺癌细胞与HL-7702[L-02]人正常肝细胞中，BLM解旋酶在mRNA水平及蛋白水平表达量的差异，为寻找新的特异分子治疗靶点提供依据。
- 孟惠惠许厚强刘金河王时雄
- 关键词：表达量
