复旦大学理论生命科学研究中心
- 作品数：21 被引量：171H指数：6
- 相关作者：刘捷孟贺平安徐昭更多>>
- 相关机构：中国科学院理论物理研究所中国科学院北京基因组研究所上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>
- 相关领域：生物学文化科学自然科学总论农业科学更多>>
- 组分距离方法构建基于核糖体蛋白质或氨酰tRNA合成酶的原核生物亲缘树被引量：5
- 2004年
- 最近新发展的基于计算短串频度,推断原核生物系统发生关系的K串组分距离方法,以整个蛋白质组作为数据集.采用每个物种的全部核糖体蛋白质或氨酰tRNA合成酶,得到一致结果.已知后一组蛋白质在单个使用时,产生彼此不同的进化树.我们构建进化树不需做任何序列联配,所得亲缘树包括16个古细菌、105个细菌和2个真核生物.大部分低层分支与《伯杰系统细菌学手册》(第2版),即2003年第4次发布的细菌系统分类大纲相一致,而且对高层分支关系给出一些建议.
- 卫海滨戚继郝柏林
- 关键词：古细菌系统发生树核糖体蛋白质氨酰TRNA合成酶
- 谈谈自然科学和社会科学的“大交叉”(二)被引量：2
- 2004年
- 突变是一种临界现象。它发生在某一个参数缓慢变化达到特定值的时刻。突变前后系统的状态有质的差异，会出现或消失某些对称和有序。这里考虑出现新的有序状态的情形。刻画新的有序或对称状态的一个或一组参数称为序参数。序参数从旧状态中的零值．连续变化或跃变到新状态中的非零值。这种变化情形最为有趣。任意小的非零值代表新的对称和有序。这个零与非零的差异、有和无的差异，决定临界现象的突变性。“不是西风压倒东风，就是东风压倒西风”。新相一旦出现，就决定了系统的性质。
- 郝柏林
- 关键词：自然科学社会科学索引相变
- 籼稻基因组中的tRNA研究被引量：2
- 2002年
- 在籼稻基因组的127551个重叠群中,共发现了596个tRNA基因,其中有3个携带硒代半胱氨酸的tRNA基因和一个抑制型tRNA基因.除了上述4个特殊的tRNA基因外,592个tRNA可按密码子分成45种,Guthrie等人提出的修正摆动假设完全成立.在这些重叠群中,还发现了27个假基因,但未发现trnT-CGU基因,这可能是由于现有序列数据的不完备.在上述592个tRNA基因中,可能存在冗余,而且还可能再有新发现.研究了水稻基因中密码子的使用与tRNA基因的数目之间的关系.从水稻的两个栽培亚种——籼稻和粳稻的叶绿体基因组中,各发现了33个tRNA基因,经多重联配发现,两组tRNA基因完全相同.
- 王希胤史晓黎郝柏林
- 关键词：籼稻基因组TRNA基因叶绿体基因测序
- 怀念陈春先
- 2009年
- 郝柏林
- 关键词：物理学家
- 20世纪我国自然科学基础研究的艰辛历程被引量：17
- 2002年
- 中国传统文化中没有现代意义的自然科学基础研究。起步甚晚的研究工作又受到急功近利、科技混谈的政策影响 ,多年在似曾相识的压力下挣扎。时至今日 ,我国自然科学基础研究在某些方面还没有摆脱半殖民地的心理状态 ,严重影响着我国工业早日立足于自己坚实的创新成果。作为曾以一半科学生涯从事应用研究、并且始终坚持在第一线的自然科学基础研究工作者 ,作者以亲身所历 ,列举事实分析共和国成立半个多世纪以来基础研究政策的得失 ,以及目前仍然存在的弊病 ,为今后的科学史研究存照。将特别着重回顾近 2 0多年来 ,第一线科学工作者和科技政策制定者、执行者之间的认识差距 。
- 郝柏林
- 关键词：自然科学基础研究
- 水稻基因组中的tRNA和rRNA基因
- 在最近完成测序的水稻籼稻和粳稻两个亚种基因组中,各找到564和519个较为可靠的tRNA基因,进一步证实了于2002年发表的基于基因组序列草图的分析结果.修正的摆动假设,即至少需要46种tRNA基因才能译出61种可能的反...
- 王希胤史晓黎郝柏林
- 关键词：水稻基因组籼稻粳稻
- 文献传递
- 老老实实做研究被引量：6
- 2006年
- 郝柏林
- 关键词：学术环境学术界学术研究自然科学基础研究
- 生物领域是数理和计算科学的广阔用武之地被引量：1
- 2010年
- 生物是物,生物有形、生物有数、生物有理。DNA双螺旋结构和遗传密码的发现,开启了分子生物学时代。生物学已经积累了大量事实和数据,而且每日每时产生着海量新数据。2003年完成的人类基因组计划，花费了约30亿美元测定一个人基因组的30亿个字母。
- 郝柏林
- 关键词：生物领域人类基因组计划DNA双螺旋结构遗传密码分子生物生物学
- 物理学和生物学(下)被引量：11
- 2003年
- 郝柏林
- 关键词：物理学生物学分子马达蛋白质折叠ATP合成酶盘基网柄菌
- 冠状病毒和人类SARS病毒的分子亲缘关系研究被引量：9
- 2003年
- 组分矢量方法是一种从全基因组出发,研究物种亲缘关系的新方法。本文使用这一方法,通过对外类群的适当选取,研究包括SARS病毒的冠状病毒进化关系。SARS病毒作为一个单系,由于彼此之间的序列相似程度非常高,难以为其选取适当的外类群。我们利用核苷酸的突变计数来构造距离矩阵,并将其超度规化,在此基础上揭示SARS病毒自身的演变关系。本文采用了更多的序列和新的方法,反映了更为详细的冠状病毒进化关系,使得不同方法的比较成为可能,为冠状病毒进化关系的研究提供了新的视角。
- 高雷戚继戚继孙奕钢郝柏林
- 关键词：冠状病毒SARS病毒严重急性呼吸综合征分子进化
