复旦大学蛋白质组学研究中心
- 作品数：21 被引量：107H指数：6
- 相关机构：复旦大学上海医学院医学分子病毒学教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学化学工程理学更多>>
- 多维色谱去除高丰度蛋白质的新方法研究
- 从组织或者细胞中直接提取的蛋白,种类不低于数千种,而高丰度与低丰度蛋白质在浓度范围上相差106甚至更高,而与疾病相关的功能蛋白如转录因子、成长因子、蛋白激酶等在组织中都属于低丰度蛋白质,它们在人类疾病的诊断和治疗过程中,...
- 高明霞张婕张祥民
- 文献传递
- 肝癌的血清蛋白质组学研究及其转移复发的分子判断模式
- 恶性肿瘤是一种多基因参与的复杂疾病.其基因表达分析涉及转录组及蛋白质组学方法.由于蛋白质的表达或功能从转录到翻译间有多点调控,因此用蛋白质组学方法从整体上研究肿瘤的发病机制,寻找肿瘤及其转移复发的预测、诊断和预后的特异性...
- 刘银坤崔杰锋宋海燕冯钜涛申华莉樊惠芝杨芃原
- 关键词：肝癌血清蛋白质组学肿瘤转移复发蛋白质指纹图谱
- 文献传递
- 糖组学方法筛查与分析肝癌转移相关的异常核心岩藻糖基化蛋白质
- 肿瘤转移与某种糖蛋白的异常糖基化密切相关,核心岩藻糖基化被认为是糖蛋白糖链合成的终末反应,可参与构成某些重要粘附分子的糖链结构,在肿瘤转移方面起重要作用。本研究利用一种高通量糖组学方法,具体包括双向电泳技术(2-DE),...
- 代智刘银坤崔杰峰冯钜涛宋海燕陈洁孙瑞霞李娜张予杨芃原
- 文献传递
- CK8寡糖链结构及翻译水平改变与人肝癌细胞转移相关性研究被引量：7
- 2007年
- 糖组学方法筛查人肝癌细胞转移过程中发挥重要作用的核心岩藻糖基化蛋白质分子,解析比较筛出的差异蛋白——细胞角蛋白8(CK8)翻译及糖基化修饰改变与人肝癌细胞转移潜能的关系.应用双向电泳(2-DE)、凝集素亲和印迹、凝集素亲和沉淀联合质谱分析技术,筛查并验证与肝癌转移相关的核心岩藻糖基化蛋白;应用细胞免疫荧光和蛋白质免疫印迹检测CK8的蛋白质表达情况;应用免疫沉淀结合多种凝集素亲和印迹,推测其与肝癌转移相关的寡糖链结构改变.研究发现,3种不同转移潜能人肝癌细胞Hep3B、MHCC97-L和MHCC97-H的扁豆凝集素(LCA)亲和印迹表达谱中,分子质量55～60ku、等电点4～6区域处有核心岩藻糖基化蛋白呈差异表达,质谱鉴定为CK8.LCA亲和沉淀及蛋白质印迹进一步验证CK8异常核心岩藻糖基化与肝癌转移相关;研究发现,CK8分布于细胞浆内,在MHCC97-L和MHCC97-H细胞中蛋白质表达水平较Hep3B高,在MHCC97-H中与LCA和蓖麻凝集素(RCA-1)的亲和力较Hep3B强.以上结果提示,2-DE和凝集素印迹技术联合MALDI-TOF-MS/MS分析可用于筛查疾病过程相关的异常糖基化蛋白质分子,CK8蛋白水平、核心岩藻糖基化及β-1,4末端半乳糖基化的增加均与肝癌细胞转移潜能相关.
- 代智刘银坤郭坤孙强玲卢雯静杨芃原
- 关键词：肝癌细胞肿瘤转移CK8
- 血清蛋白质组分析技术筛选肝癌自发抗体被引量：17
- 2005年
- 目的采用血清蛋白质组分析技术(SERPA)筛选、鉴定肝癌自发抗体。方法双向电泳分离肝癌细胞系HCCLM3的总蛋白后将其转膜,肝癌、肝炎和正常组血清各8份与膜免疫印迹,图像分析确定不同血清免疫印迹图谱间的差异点及其与双向电泳图谱的对应关系,最后用基质辅助激光解吸飞行时间质谱进行鉴定。结果建立了高重复性HCCLM3的双向电泳图谱及其肝癌、肝炎及正常组血清的免疫印迹图谱,图谱均点数分别为603、70.75±24.25、68.50±23.44和41.38±15.05,肝癌、肝炎组图谱点数明显多于正常组,但肝癌与肝炎组差异无统计学意义。质谱鉴定确定了核蛋白、细胞骨架、代谢酶及热休克蛋白等五类肝癌自发抗体。结论SERPA是一种高通量筛选、鉴定肿瘤自发抗体的新技术,大量肝癌自发抗体的发现为肝癌进一步的免疫诊断及治疗奠定了基础。
- 冯钜涛刘银坤代智周海军宋海燕钦伦秀金红陆豪杰汤钊猷
- 关键词：肝细胞自身抗体蛋白质组肝癌细胞系蛋白质组分析高通量筛选抗体
- 应用8标iTRAQ技术结合2D LC-MS/MS分析大鼠再生肝的差异蛋白质组被引量：5
- 2010年
- 首次应用8标iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术结合2D LC-MS/MS(Two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry),以部分肝切除的大鼠为模型,全面分析了再生早期(6、12 h)、中期(24、48 h)和晚期(72、120 h)肝脏蛋白质的表达差异。共鉴定357种蛋白质,6个时间点共有60种蛋白质的表达量与对照组(手术切下的正常肝组织)有显著差异。其中,ADH1(Alcohol dehy-drogenase 1)和PRDX1(Peroxiredoxin 1)等的表达变化趋势与已有报道相同,GO(Gene ontology)的蛋白质功能注释提示ADH1、CAT(Catalase)、ENO1(Enolase 1)和APOA1(Apolipoprotein A-Ⅰ)等可能通过影响细胞凋亡和能量供给等方式参与肝再生调控。聚类分析表明,术后12 h和24 h蛋白质的整体表达模式相似,6 h与此二者相近,48 h和72 h相似,而120 h与这些时间点相差最远。该研究验证了8标iTRAQ是并行处理多组样本的有效技术,适合于生理和病理过程多时间点蛋白质组的定量差异分析,可以监控关键分子的动态变化,更易发掘重要的调控靶点分子。该文为进一步探讨肝再生机理提供了有价值的线索。
- 张一甫秦兆宇刘晓慧林成招贺福初
- 关键词：ITRAQLC-MS/MS肝脏再生差异蛋白质组
- 双向电泳-质谱技术筛选肝癌血清标记物被引量：28
- 2005年
- 采用双向电泳-质谱技术筛选肝癌特异的血清蛋白标记物,以利于肝癌的早期诊断和治疗.肝癌、肝炎和正常三组各20例血清先采用超声、高丰度蛋白去除、脱盐预处理以优化双向电泳,图像分析三组血清图谱寻找差异点,基质辅助激光解吸飞行时间质谱对差异点进行鉴定.结果显示,通过样品预处理,血清上样体积平均增加3～4倍,参考胶点数由218个增至332个,白蛋白和免疫球蛋白明显减弱,水平条带明显减少.图谱比较所得37个差异点,经鉴定为7种蛋白.与正常组比较,转铁蛋白、甲状腺素运载蛋白在肝炎和肝癌组低表达,α-1抗胰蛋白酶、凝聚素、铜蓝蛋白、触珠蛋白在肝炎和肝癌组均高表达.α-1抗胰蛋白酶在肝癌组较肝炎组高表达,而热休克蛋白27只在肝癌组表达.上述结果提示,双向电泳-质谱技术可发现肝癌发生发展过程中血清蛋白表达谱质或量的变化,从而为肝癌的早期诊断及治疗奠定基础.
- 冯钜涛刘银坤MOHAMAD RADWAN ALMOFTI代智周海君宋海燕陆豪杰汤钊猷
- 关键词：肝癌蛋白质组学急性反应蛋白热休克蛋白
- 三维色谱-质谱系统分离鉴定复杂蛋白组样品研究
- 多维色谱技术作为一种新型的蛋白质分离手段,已经越来越广泛的被应用于对复杂蛋白样品的分离鉴定中。这主要归结于其相对于传统蛋白质分离技术——两维电泳的分离优势:(1)样品消耗量少,(2)
- 张婕高明霞张祥民
- 文献传递
- 肝细胞癌门静脉癌栓形成相关的血清蛋白质分子标记物研究被引量：29
- 2005年
- 目的筛选肝细胞癌门静脉癌栓形成相关的血清蛋白质分子标记物并建立预测模型。方法收集135例肝细胞癌患者血清,95例(其中33例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,62例为肝细胞癌不伴门静脉癌栓)为建模型组,40例(其中18例为肝细胞癌伴门静脉癌栓,22例为肝细胞癌不伴门静脉癌栓)为盲法验证组,采用弱阳离子交换蛋白质芯片(WCX2)为检测介质,经表面加强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDITOFMS)测定得到蛋白质谱,通过BioMarkerWizardSoftware比较两组患者血清蛋白质谱,利用BiomarkerPatternsSoftware建立决策树模型并进行盲法验证。结果在m/z1100～30000范围内,检测出的100个蛋白峰中16个蛋白峰有显著差异(P<0.01),m/z为3478、1314、1744、1725、2022和3380的蛋白峰在肝细胞癌伴门静脉癌栓组中上调,而m/z为8901、9353、9415、8773、2766、2745、8697、7773、8569和1373的蛋白峰在肝细胞癌伴门静脉癌栓组中下调;选择m/z为3478、2022、8901、9415、8773、2766、和2745的7个蛋白峰建立的决策树模型其敏感性为75.8%(25/33),特异性为82.3%(51/62);盲法验证该模型准确率87.5%(35/40),灵敏性100%(18/18),特异性77.3%(17/22),阳性预测值78.3%(18/23),阴性预测值100%(17/17)。结论筛选出的16个蛋白分子标记物可能与肝细胞癌门静脉癌栓形成有关;决策树模型可能对预测肝细胞癌门静脉癌栓的发生有重要的临床意义。
- 黄成樊嘉周俭刘银坤崔杰峰康晓楠杨芃原汤钊猷
- 关键词：肝细胞癌门静脉癌栓分子标记物盲法血清蛋白质
- 高通量多维色谱阵列-质谱系统分析蛋白质组的研究
- 蛋白质组样品的高度复杂性,使得两维乃至多维分离技术,结合质谱鉴定技术目前被公认为开展蛋白质组学研究的最佳手段。色谱因其具有分离效率高、分离模式多、易于自动化以及易于和质谱联用等特点,加之能够克服双相电泳技术自身的局限性,...
- 刘春丽张祥民
- 文献传递
