上海交通大学系统生物医学研究院
- 作品数：262 被引量：625H指数：12
- 相关作者：王晓艳倪国新郭亚张政希乔娜更多>>
- 相关机构：北京师范大学化学学院上海中医药大学附属龙华医院上海中医药大学中医方证与系统生物学研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划上海市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学文化科学更多>>
- 大脑发育中原钙粘蛋白细胞特异性表达机制和信号转导功能研究
- 人类原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因座包括Pcdhα、Pcdhβ和Pcdhγ在内的3个基因簇,在脑发育和脑认知中起到重要作用,原钙粘蛋白的突变与自闭症和精神分裂症等复杂精神疾病相关.原钙粘蛋白增强子...
- 吴强
- 关键词：大脑发育蛋白表达
- 肺癌循环肿瘤细胞的临床意义被引量：8
- 2016年
- 转移是导致肺癌患者死亡的首因,而循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells,CTCs)在形成远处转移过程中起关键作用。近年研究显示,CTCs可能成为肺癌诊疗的新兴标志物及治疗新靶点,本文从诊断与临床分期、转移与复发、个体化治疗与预后等方面阐述肺癌CTCs的临床意义,以期为肺癌治疗提供新策略。
- 罗斌施奇惠刘嘉湘田建辉
- 关键词：循环肿瘤细胞肺癌免疫系统
- 利用组织芯片检测乳腺癌组织中Ⅲ型胶原α1多肽链表达的研究
- 为了研究Ⅲ型胶原蛋白α1多肽链的表达与浸润性导管癌之间的关系,利用中密度组织芯片免疫组化染色结合组织病理检测了癌细胞和间质细胞中该蛋白质的表达水平.比较了正常乳腺组织和分化程度不同的浸润性导管癌之间蛋白表达水平的差异,得...
- 李伟朱镭倪国新徐学敏林标扬
- 关键词：浸润性导管癌组织芯片
- 文献传递
- FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法
- 2010年
- 目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。
- 宋琳琳顾朝辉韦朝春
- 关键词：下一代测序滑动窗口算法
- LARP7调控基因网络在乳腺癌中的作用
- 2021年
- 本研究旨在探讨LARP7在乳腺癌中的表达情况和预后价值,并探究其潜在的分子机制。本研究利用Oncomine和TIMER数据库分析LARP7基因在肿瘤和正常组织中的差异表达,并利用Kaplan-Meier Plotter和PrognoScan数据库分析LARP7基因对乳腺癌患者的预后意义。从GEO数据库的GSE9195数据集中筛选出与LARP7相关的差异表达基因,STRING构建蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape筛选枢纽基因模块。本研究发现LARP7基因在乳腺癌中低表达且影响乳腺癌患者的预后情况,LARP7低表达与化疗抗性有关。GO富集分析显示与LARP7表达有相关性的基因主要涉及蛋白结合、聚核糖核酸结合和通过剪接体的RNA剪接等生物学过程。KEGG通路分析显示,这些差异表达基因主要涉及剪接体、泛素介导的蛋白水解和细胞周期等通路。总之,本研究利用生物信息学方法分析LARP7在乳腺癌演进中的作用并解析了其可能的基因调控网络,为乳腺癌特异性检测和靶向治疗提供新的潜在靶点。
- 李紫璇耿子龙张冰
- 关键词：乳腺癌差异表达基因
- 肝癌基因组变异与分子分型被引量：1
- 2014年
- 肿瘤是机体在各种致癌因素刺激下,基因组发生变异导致细胞失去正常生长调控而异常增殖的一种恶性疾病.肿瘤具有维持细胞增殖信号、逃避生长抑制、抗细胞凋亡、无限复制、诱导血管生成、激活侵袭和转移、能量代谢的重编程和免疫逃避等特点.原发性肝癌是一种高致死性的癌症类型,在中国发病率高,约占全世界发病人数的一半.肝细胞癌是原发性肝癌中的主要组织学亚型,与乙型和丙型肝炎病毒感染、酒精刺激、肥胖以及饮食污染等有关.遗传学和表观遗传突变事件的研究有助于理解肝癌的发病机制并对患者进行分子分型,而分子分型则可以指导临床个体化治疗和预后判断.
- 胡涛涛韩泽广
- 关键词：肝癌基因组不稳定性突变分子分型
- 山豆根非生物碱部分质量控制方法研究被引量：7
- 2008年
- 目的:建立山豆根非生物碱部分的质量控制方法。方法:薄层色谱法(TLC)定性鉴别其中的糖、有机酸、皂苷和酚类物质,并用紫外分光光度法定量检测糖、皂苷和酚类的总含量,用酸碱滴定法定量测定有机酸的总含量。结果:薄层板上可鉴别出含有糖、有机酸、皂苷和酚类四大类物质。分光光度法测得总糖、皂苷和酚类物质的含量分别为54.37%、4.74%和4.40%。酸碱滴定测有机酸的平均含量为9.40%。结论:本方法简便,重现性好,适用于山豆根非生物碱部分的质量控制。
- 张媛媛郭智勇谢国祥高月求赵爱华贾伟
- 关键词：山豆根分光光度法酸碱滴定法
- HS5-1增强子eRNA PEARL对原钙粘蛋白α基因簇的表达调控
- 2022年
- 远端增强子对关键靶基因的表达调控通常可以决定细胞的命运和功能,激活的增强子可以双向转录产生长非编码(long noncoding)增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)调控靶基因表达,课题组前期研究发现增强子eRNA能够通过形成R环(R-loop)来促进增强子与靶基因的染色质远距离互作,引起局部三维基因组TAD(topologically associated domain)的改变。为了进一步探究eRNA在基因转录过程中的生物学功能,本研究选取原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇的增强子eRNA PEARL(Pcdh eRNA associated with R-loop formation)作为研究对象,通过CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)DNA片段编辑技术、逆转录PCR、荧光定量PCR等遗传学和分子生物学实验,揭示了增强子eRNA PEARL对Pcdhα基因簇表达的促进作用。首先,本研究通过分析不同组织中HS5-1增强子eRNA发现其表达具有组织特异性;其次,通过CRISPR诱导HS5-1增强子内CTCF结合位点的反转或缺失会造成增强子eRNA PEARL转录水平降低至2%~10%,同时Pcdhα基因簇的转录水平也会降低至原来的13%~68%;最后,利用CRISPR DNA片段编辑技术删除HS5-1 eRNA双向转录起始位点或反转eRNA PEARL的转录起始位点后,Pcdhα基因簇的转录水平下降了约60%或40%,表明HS5-1增强子eRNA在调控基因表达中发挥重要作用。以上研究结果进一步证实了HS5-1增强子的转录产物可以调控Pcdhα基因簇的表达,为后续研究原钙粘蛋白基因簇在大脑中的表达调控机制提供了新的思路或方向。
- 徐思远寿佳吴强
- 关键词：基因表达基因调控
- 基于四重iTRAQ标记结合LC-MALDI-TOF-TOF方法分析雌二醇和它莫西芬对MCF-7乳腺癌细胞内蛋白质含量影响的研究被引量：5
- 2008年
- 应用体外iTRAQ标记结合LC-MALDI-TOF-TOF方法对雌二醇刺激、雌二醇与它莫西芬共同处理,将它莫西芬处理与正常培养的MCF-7乳腺癌细胞内蛋白质表达的差异进行了比较分析。结果表明:各实验组与对照组之间存在数种上调或下调1倍以上的差异表达蛋白质,雌二醇可显著改变74种蛋白质的含量,雌二醇与它莫西芬共同处理引起26种蛋白质水平的显著变化,它莫西芬引起18种蛋白质表达的明显改变。各组之间既有变化趋势相同的蛋白质,也有变化趋势相反的蛋白质。
- 倪国新郭立海朱镭郭妍徐学敏林标扬刘建华李伟
- 关键词：雌二醇它莫西芬
- 基质辅助激光解析电离-串联飞行时间质谱与电喷雾离子化-四极杆-飞行时间质谱分析蛋白质被引量：3
- 2009年
- 为比较基质辅助激光解析电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-TOF)和电喷雾离子化-四极杆-飞行时间质谱(ESI-Q-TOF)在蛋白质定性和定量分析方面的性能,分别利用两种仪器对用于相对和绝对定量的等量异位标签(iTRAQ)标记的雌激素刺激前后MCF7细胞内的蛋白质水解产生的多肽进行了定性和定量分析。结果表明,用MALDI-TOF-TOF和ESI-Q-TOF方法分别鉴定出1086种和848种蛋白质,其中相同的蛋白质为633种;MALDI-TOF-TOF和ESI-Q-TOF方法分别找到38种和33种表达差异在0.5倍以上的蛋白质,其中3种为相同的蛋白质。实验数据说明,两种仪器在蛋白质定性和定量分析方面有很大的互补性,将两种仪器结合使用,不仅能够显著提高蛋白质定性和定量分析的覆盖率,而且可提高分析的置信度。
- 倪国新朱镭马小土徐学敏胡晓芳刘建华李伟
