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华北理工大学生命科学学院基因组学与计算生物学研究中心: 作品数：18 被引量：34H指数：3; 相关机构：河北农业大学生命科学学院真菌毒素与植物分子病理学实验室河北农业大学生命科学学院河北师范大学生命科学学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金河北省自然科学基金河北省高等学校科学技术研究指导项目更多>>; 相关领域：生物学农业科学更多>>

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染色体数目减少及B染色体产生的进化基因组学模型被引量：4: 2020年; 在长期进化过程中,染色体数目展示出动态性变化.关于真核生物染色体进化仍有许多谜团,一个是如何维持染色体数目,另外一个是B染色体是如何产生的.全基因组测序工作的开展为认识染色体数目变化提供了新的机会,特别是反复的多倍化事件后染色体的改变有助于人们理解相关生物学规律和机制.通过比较基因组学分析,本文提出了染色体数目变化与B染色体产生的模型,认为染色体数目的减少主要是由于染色体融合,并且端粒的丢失及B染色体的产生在基因组重新整合和染色体数目减少中起着重要作用.; 王振怡王希胤; 关键词：进化基因组学 B染色体多倍化核型进化

钙离子对花粉管生长的影响研究: 2018年; 钙作为重要的第二信使,是植物体中的必需营养元素之一,在花粉萌发和花粉管生长中起着重要作用。钙离子感受外界的多种信号,进而调控细胞内基因表达及细胞生理反应。钙信号表达方式是胞内自由钙浓度的特异性变化,同时也是植物体内转导多种生理过程的胞内胞外信号物质之一。基于此,本文对花粉管生长的特性、钙信号的产生、钙信号作用方式等进行综述。; 周利明房玮; 关键词：钙花粉管钙信号

葡萄、桃和可可基因组的进化分析: 2018年; 本研究以葡萄、桃和可可为研究对象，基于比较基因组学，利用基因同源共线性方法对基因组内的结构和基因组间同源信息进行比对分析，确定了物种基因组内和基因组间的同源片段。通过统计3个物种基因组间的同源共线基因的保留情况发现，葡萄基因组的保留情况最好，桃次之（为73．4％），可可最差（为68．9％），其丢失均可能是由于双子叶植物共有的三倍化导致基因组稳定性遭到破坏。另外，共线基因间的同义核苷酸替换率的频数分布证实，葡萄、桃和可可仅经历过一次古老的全基因组三倍化，并未经历最近的全基因组加倍，且可可基因组进化最快，葡萄基因组进化最保守；3个物种的分歧时间分别为：葡萄（～110Mya）、可可（～90Mya）、桃（～80Mya）。本研究将为3个物种及双子叶植物基因组的结构、功能和进化等研究提供重要的理论依据。; 崔晓波孙梦琦赵康路闫立仁张岚; 关键词：葡萄基因组稳定性

葡萄与咖啡基因组的多倍化过程及共线性分析被引量：1: 2016年; 以葡萄和咖啡的基因组为研究对象,基于比较基因组学和生物信息学的研究方法,通过比较基因组结构上的同源关系,确定物种进化中基因组加倍的性质,获取由全基因组加倍产生的重复基因。研究表明:葡萄和咖啡都发生过一次古老的全基因三倍化事件,产生了大量的同源重复基因;研究获得了种内、种间的同源基因,对物种间的同源基因进行了区分,并构建了葡萄和咖啡基因组的联合比对图谱,对这一结果进行形象地展示;在葡萄、咖啡基因组内分别获取了1 427(5.4%)个、1 543(6.0%)个由多倍化产生的重复基因对,在2个物种基因组间获取了7 462个重复基因对,为深入研究葡萄和咖啡基因组的进化提供了参考。; 李育先夏瑞燕王金朋王希胤; 关键词：葡萄咖啡重复基因

拟南芥蛋白激酶CDPK11融合蛋白的纯化及鉴定被引量：2: 2017年; CDPK11是钙依赖蛋白激酶家族的重要成员,为了获得纯化的His-CDPK11融合蛋白,首先克隆了1 488bp的CDPK11全长基因,酶切连接构建到pGEX-4T-3载体上,获得His-CDPK11原核表达载体并转化大肠杆菌表达菌株BL21;经IPTG诱导和His镍柱体系纯化获得分子量为50ku的His-CDPK11融合蛋白;Western blot免疫印迹技术检测证实该蛋白能被Anti-His抗体识别,表明获得了正确融合的His-CDPK11蛋白,为进一步解析CDPK11参与植物开花调控的分子机制提供了有力的工具.; 袁敏邢继红王莉张岚葛伟娜张家琦; 关键词：原核表达融合蛋白免疫印迹

蛋白激酶BIN2的纯化及活性分析: 2017年; BIN2是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在油菜素内酯(BR)信号转导中发挥重要作用。为了获得具有激酶活性且不带标签的BIN2蛋白,将BIN2基因构建到带eXact标签的pPAL8表达载体上,获得BIN2基因的原核表达载体eXact-BIN2,转化大肠杆菌表达菌株BL21(DE3)。摸索合适的诱导条件后成功诱导出51 kD的eXact-BIN2蛋白。经eXact纯化介质纯化并切除标签,获得质量较高、不带标签的BIN2蛋白。该BIN2蛋白具有较高的激酶活性,能够在体外磷酸化MBP-BZR1蛋白。; 袁敏齐玉荣王瑞菊; 关键词：磷酸化蛋白激酶蛋白纯化

拟南芥CPK11对开花调控因子FD的磷酸化作用: 2017年; CPKs是植物中一类重要丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,参与多种植物生物学反应。利用原核表达技术纯化制得质量较高His6-CPK11融合蛋白;Western blot免疫印迹技术分析表明纯化His6-CPK11蛋白可被anti-His单克隆抗体特异识别;体外激酶试验证实His6-CPK11可磷酸化开花途径转录因子FD蛋白,可为CPKs家族成员参与FD蛋白磷酸化修饰提供支持。; 袁敏王莉葛伟娜张岚郭棣; 关键词：FD 磷酸化开花

拟南芥开花诱导基因FT的蛋白表达及纯化被引量：12: 2017年; FT蛋白是植物的成花素,在植物多条不同开花途径的交汇节点发挥重要作用。该蛋白在植物叶片中合成运输到顶端分生组织发挥作用。为了研究FT蛋白的运输机制,本研究利用原核表达技术体外诱导表达了His6-FT蛋白;利用His镍柱纯化获得了高质量的His6-FT融合蛋白;利用Western blotting免疫印迹技术确定该His6-FT蛋白能够被anti-His单克隆抗体特异识别。试验获得的正确融合的His6-FT蛋白为进一步研究FT蛋白的转运机制奠定了良好的基础。; 袁敏邢朝斌葛伟娜王莉郭棣; 关键词：成花素 FT 融合蛋白

拟南芥蛋白激酶SnRK1.1对转录因子FD的磷酸化分析被引量：3: 2017年; 为了获得纯化的SnRK1.1与FD蛋白,分析蛋白激酶SnRK1.1是否能够磷酸化开花调控途径中的转录因子FD,成功克隆了1 608 bp的SnRK1.1基因以及858 bp的FD与FD-T282A基因,分别与PGEX-4T-3载体连接,获得原核表达载体GST-SnRK1.1、GST-FD和GST-FD-T282A,并分别转化大肠杆菌BL21菌株;SDS-PAGE电泳和考马斯亮蓝染色(CBB)表明,0.5 mmol/L IPTG能够成功诱导出GST-SnRK1.1、GST-FD和GST-FD-T282A蛋白。利用GST纯化介质纯化获得了84 k Da的GST-SnRK1.1蛋白以及58 k Da的GST-FD与GST-FD-T282A融合蛋白;利用体外磷酸化体系证实SnRK1.1能够磷酸化FD,不能磷酸化突变的FD-T282A。研究结果为进一步解析SnRK1.1通过磷酸化转录因子FD参与开花途径调控的机制奠定了良好的基础。; 袁敏葛伟娜王莉张岚张家琦; 关键词：FD 蛋白激酶转录因子磷酸化

禾本科V-ATPase基因家族与全基因组加倍关联的适应性进化分析被引量：1: 2017年; V-ATPase在植物适应逆境中起着非常重要的作用,本研究以重要模式植物拟南芥V-ATPase相关基因为目标序列,通过在6个禾本科植物(水稻,大麦,玉米,高粱,谷子和二穗短柄草)基因组中进行比较分析,揭示该基因家族扩增机制和适应性进化进行研究。分析发现,七个不同的植物基因组虽然经历了不同全基因组加倍,其中谷子与玉米加倍关联的基因数量最多,但V-ATPase基因数量在每个基因组非常相近,尤其是禾本科中玉米相对其它物种多一次单独的特异性加倍,然而这一基因家族数量并未增加,这表明全基因组加倍虽然在一定程度上使得家族基因扩增,但是基因丢失可能也维持了该基因组的剂量;对七个基因组中的161个V-ATPase基因进行motif分类确定,不同物种基因组中的motif结构不同,拟南芥和水稻中c-亚基相关的基因数量最多;系统发育分析发现,拟南芥基因和水稻基因进化相对较快,并且在拟南芥中这一基因家族有3个基因簇,它们与基因的串联重复加倍有关联;适应性进化分析揭示B-亚基相关的基因在进化过程中受正选择压力影响进化。; 卢宇婷王金朋袁敏肖月孙金帅李成栋孔佑婷王莉; 关键词：禾本科系统发育分析适应性进化

华北理工大学生命科学学院基因组学与计算生物学研究中心

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