重庆医科大学基础医学院生物信息学教研室
- 作品数：7 被引量：26H指数：4
- 相关机构：第三军医大学高原军事医学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家自然科学基金预研项目重庆市科委基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 半乳糖凝集素3调控高糖下肾小球系膜细胞增殖的研究被引量：7
- 2020年
- 目的探究半乳糖凝集素3(galectin-3,Gal-3)对高糖培养的肾小球系膜细胞(mesangial cells,MCs)增殖的作用及机制。方法实时定量PCR(qRT-PCR)检测Gal-3在糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)、正常小鼠肾脏组织和高低糖条件下MCs中的表达;构建、合成Gal-3过表达质粒和siRNA,qRT-PCR和Western blot检测转染效率;在高糖培养的MCs中转染Gal-3-siRNA;在低糖培养的MCs中转染Gal-3过表达质粒,通过5-乙基-2′-脱氧尿嘧啶核苷(5-Ethynyl-2′-deoxyuridine, EdU)检测MCs的增殖能力,通过Western blot检测高低表达Gal-3对Mek和磷酸化Mek表达的影响。结果 qRT-PCR结果显示:与正常小鼠相比,Gal-3在DN小鼠肾脏组织中表达显著升高(P<0.01),且与低糖下的MCs相比,高糖条件下的MCs中Gal-3表达显著升高(P<0.01)。过表达Gal-3后,MCs增殖能力显著提高(P<0.01)且磷酸化Mek表达上调(P<0.01),而在siRNA沉默Gal-3后,MCs增殖能力显著降低(P<0.01)且磷酸化Mek表达下调(P<0.001)。结论 Gal-3在DN中显著上调,并且可能通过调控Mek磷酸化影响MCs的增殖,进而在DN中发挥重要的调节作用。
- 林子越张攀扬崇馨煜孙艳彭睿张政
- 关键词：GALECTIN-3肾小球系膜细胞细胞增殖MEK
- 长链非编码RNA Gm4419通过NF-κB信号通路调控高糖下系膜细胞炎症因子的表达被引量：6
- 2018年
- 目的探讨长链非编码RNA Gm4419通过核转录因子-kappa B(nuclear factor-kappa B,NF-κB)信号通路对高糖培养的肾小球系膜细胞炎症因子表达的影响。方法在高、低糖培养的小鼠肾小球系膜细胞中,采用RT-q PCR检测Gm4419的亚细胞分布及NF-κB亚基p50和p65的表达水平;采用RT-q PCR及免疫荧光检测上、下调Gm4419后炎症相关因子TNF-α和MCP-1的表达;采用生物信息技术分析Gm4419与p50和p65关系;采用Western blot检测上、下调Gm4419后细胞核中p50和p65的表达水平,以及检测特异性p50抑制剂对过表达Gm4419影响MCP-1表达的作用。结果 Gm4419在肾小球系膜细胞高糖组表达水平显著高于低糖组(P<0.05),且主要分布在系膜细胞的细胞质中。同时,在低糖组过表达Gm4419后MCP-1、TNF-α表达水平显著增加(P<0.01);而在高糖组沉默Gm4419后MCP-1、TNF-α表达水平显著减少(P<0.01)。此外,Gm4419与NF-κB亚基p50和p65均存在潜在结合位点,过表达Gm4419后胞核p50和p65蛋白表达水平显著增加,NF-κB活化增强(P<0.01);而沉默Gm4419后胞核p50和p65蛋白表达水平显著降低,NF-κB活化减弱(P<0.01),且过表达Gm4419增加MCP-1表达的效应可被特异性p50抑制剂阻断。结论 Gm4419可能在促进高糖下系膜细胞炎症因子表达中扮演重要角色,其机制可能涉及NF-κB信号通路。
- 姜文豪易红彭睿彭惠民张政
- 关键词：NF-ΚB肾小球系膜细胞
- miR-451调控早期糖尿病肾病小鼠肾小球肥大的机制
- 2014年
- 目的:观察mi R-451对早期糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)db/db小鼠肾脏形态学影响,探讨mi R-451在DN发病机制中的作用。方法:采用24只7周龄雄性db/db小鼠和8只正常对照db/m小鼠依次分为未处理组、空质粒组、mi R-451组及对照组。腹腔注射法进行质粒注射处理2周后,光镜下观察肾小球形态学变化,实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测肾脏组织mi R-451的表达水平,Western blot和激光共聚焦检测肾脏组织中mi R-451的靶基因酪氨酸-3单氧化酶/色氨酸单氧化酶活化蛋白(tyrosine3-monooxy-genase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,Ywhaz)及其相关的丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)途径中p38丝裂原激活的蛋白激酶(p38MAPK)及其上游激酶MKK3(MAPK kinase3)的表达水平。结果:7周龄db/db小鼠未处理组相比对照组出现高血糖且尿白蛋白排泄率(urinary albumin excretion rate,UAE)增加,提示进入早期DN阶段,给予30 mg/(kg·d)质粒注射实验2周。光镜观察和肾小球直径测量发现,mi R-451处理组肾小球形态减小(P=0.000)。Real-time PCR检测显示mi R-451组小鼠肾脏组织中mi R-451的表达水平增高1.79倍(P=0.002),Western blot和激光共聚焦结果显示,mi R-451组较未处理组和空质粒组肾脏组织Ywhaz的表达受到下调,同时p38MAPK及上游激酶MKK3蛋白表达水平减少(P均=0.000)。结论:mi R-451可能通过直接靶向Ywhaz基因,调控MAPK途径中关键蛋白p38MAPK、MKK3的表达,从而抑制肾小球肥大,在DN发病机制中可能起着重要的作用。
- 彭睿周吉李天驹孙艳尹频彭惠民张政
- 关键词：糖尿病肾病
- HER-2阴性乳腺癌新靶向基因的生物信息学分析被引量：2
- 2018年
- 利用生物信息学方法研究HER-2阴性乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路及分子机制。从公众数据库（gene expression omnibus,GEO）下载HER-2阴性乳腺癌患者和正常女性上皮细胞基因芯片数据,运用RMA算法进行数据预处理,运用R语言LIMMA的包选出差异表达基因。将差异表达基因上传到DAVID在线网站进行富集分析,运用KEGG信号传导通路进行信号传导通路分析,最后用STRING进行蛋白相互作用网络分析（控制差异表达倍数大于2倍,p值小于0.01）,筛出差异表达基因72个（上调基因10个,下调基因62个）。差异基因富集分析结果表明富集程度高的差异基因主要与转录调节、细胞凋亡及细胞外刺激反应等密切相关,信号传导通路分析结果表明差异基因主要与MAPK信号转导通路等密切相关,蛋白共表达网络分析结果表明关键蛋白质为FOS、JUN、KLF6、ATF3、HIST2H2AA4和HIST2H2BE等。HER-2阴性的乳腺癌患者早期差异表达基因表现为下调,HIST2H2AA4和HIST2H2BE可成为其潜在靶向基因,并可作为MAPK信号传导通路中ERK1/2中FOS基因的下游基因,验证需进一步实验。
- 沈慧丽李广宋晶刘翔宇冉隆科
- 关键词：乳腺癌生物信息学差异表达基因靶向基因信号传导通路
- lncRNA-Gm4419对高糖培养的肾小球系膜细胞增殖和纤维化的影响被引量：10
- 2017年
- 目的探讨长链非编码Gm4419对高糖培养的小鼠肾小球系膜细胞增殖和纤维化的影响。方法荧光定量PCR检测Gm4419在糖尿病肾病肾脏组织及高糖培养的肾小球系膜细胞中的表达水平。设计合成Gm4419 siRNA,同时构建pcDNA3.1(+)-Gm4419过表达质粒,并将Gm4419 siRNA和pcDNA3.1(+)-Gm4419过表达质粒分别转染至高低糖培养的肾小球系膜细胞,Ed U法检测转染后细胞的增殖能力;Western blot检测肾脏纤维标记蛋白的表达水平情况。结果 Gm4419在糖尿病肾病肾脏组织及高糖培养的肾小球系膜细胞中的表达水平较正常组及低糖组显著增高(P<0.01)。荧光定量PCR筛选出一条最佳干扰Gm4419的siRNA,转染高糖组后,与高糖mock组或对照组比较,高糖Gm4419 knockdown组细胞增殖能力减弱、纤维化标记蛋白表达减少(P<0.05)。此外,将酶切和测序结果证实构建成功的pcDNA3.1(+)-Gm4419过表达质粒转染至低糖组细胞,与低糖mock组或对照组相比,低糖Gm4419过表达组细胞增殖能力增强、纤维化标记蛋白表达水平增高(P<0.05)。结论lnc RNA-Gm4419参与糖尿病肾小球系膜增生和纤维化的调节。
- 易红彭睿孙艳罗勇军彭惠民李爱玲张政
- 关键词：长链非编码RNA肾小球系膜细胞增殖纤维化
- 手机游戏在生物化学混合式教学中的应用被引量：1
- 2023年
- 文章探讨了通过在线上平台发布基于知识点开发的原创手机游戏,有效利用了移动设备和碎片时间,实现了课堂延展和知识点回顾。学生通过参与游戏这一过程,也实现了主动学习。全新的多维混合式教学模式,证实了手机游戏这一新颖学习形式的引入,对知识传递效率和学习体验的提升作用。
- 杨生永易发平冉隆科马艳余华荣李轶
- 关键词：生物化学混合式教学手机游戏
- miR-451对肺癌细胞的增殖抑制及其靶基因的初步鉴定被引量：5
- 2015年
- 目的探讨微小RNA(microRNA,miRNA)对非小细胞肺癌细胞增殖的作用及调控机制。方法 Lipofectamine 2000转染已构建成功的miR-451真核表达载体至非小细胞肺癌细胞A549,通过MTT检测肺癌细胞增殖状况,流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡情况,运用生物信息学技术对miR-451预测靶基因进行GO分析和KEGG信号途径分析,对炎症相关的预测靶基因PSMB8进行进一步的验证。构建含有PSMB8 3'UTR野生型和突变型质粒,通过双荧光素酶检测A549细胞PSMB8表达水平,Western blot检测PSMB8和NOS2的表达情况。结果 MTT结果显示过表达miR-451能显著抑制A549细胞增殖。流式细胞术检测发现miR-451组细胞阻滞在G2期,而细胞凋亡未见明显差异。GO分析发现miR-451预测靶基因涉及PSMB8、CAB39、YWHAZ等17个基因,PSMB8主要参与细胞代谢调控,细胞周期与细胞增殖;KEGG信号途径分析结果显示靶基因主要涉及microRNA在细胞周期、PI3KAKT、m TOR等信号通路。17个miR-451预测靶基因进行生物信息学研究发现PSMB8含有miR-451的结合位点,且在多个物种中呈高度保守。荧光素酶活性检测发现,过表达miR-451可抑制PSMB8荧光素酶活性表达。Western blot结果发现过表达miR-451的A549细胞PSMB8呈下调,而低表达miR-451的正常支气管上皮16HEB细胞PSMB8呈上调。Western blot和细胞荧光免疫化学检测发现炎症因子NOS2在肺癌中表达也降低。结论 miR-451可能通过靶向炎症相关基因PSMB8/NOS2调控非小细胞肺癌细胞增殖,并参与肺癌的发生与发展。
- 武天慧彭睿彭惠民罗勇军姚莉孙艳尹频文利张政
- 关键词：肺癌微小RNA细胞增殖
