重庆医科大学基础医学院病原生物学教研室 作品数:106 被引量:338 H指数:9 相关作者: 田一玲 张名均 蒋仁举 范贵荣 熊玉霞 更多>> 相关机构: 西南大学动物科技学院动物医学系 西南大学动物科技学院 重庆医科大学附属第二医院第二临床学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 重庆市教委科研基金 重庆市科技攻关计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 文化科学 环境科学与工程 更多>>
乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析 被引量:4 2022年 目的乙型肝炎病毒C基因编码的核心(HBc)蛋白抗原性强,也与持续性病毒感染有关。采用生物信息学方法分析HBc蛋白的结构和序列特征,有助于HBc蛋白的优化表达和纯化,并为乙肝患者的治疗以及疫苗的研制提供参考。方法乙肝病毒HBc序列的获取来源于NCBI网站GenBank数据库。运用Prot-Param和ProtScale工具在线预测乙肝病毒HBc的理化性质及其亲疏水性;通过在线软件SignalP 4.0Server和TMHMM分别分析该序列的信号肽特征,跨膜区域及磷酸化位点;利用SOPMA和SWISS-MODEL全自动在线软件预测其二级结构和三级结构模型;利用IEDB Analysis Resource,ABCpred和SYFPEITHI HLA-A;02:01预测该蛋白抗原表位,利用Venny2.1.0工具筛选该蛋白最佳表位形成位置等。结果HBc蛋白由212个氨基酸组成,分子式为C_(1086)H_(1710)N_(314)O_(300)S_(12),分子质量单位为24.35017ku,理论等电点为9.49。为不稳定亲水性蛋白质。该蛋白质具有信号肽,没有跨膜区域,具有40个潜在的磷酸化位点。预测其主要二级结构为α螺旋和无规卷曲,含量分别36.32%和41.04%。结合HBc蛋白序列的T、B细胞表面抗原、表面可及性、β转角、线性表位的预测结果,发现HBc蛋白具有T、B细胞抗原表位,并且存在4个潜在的优势抗原决定簇区域,分别为37-38、110、158-164、180-208位氨基酸。结论生物信息学方法预测HBc蛋白存在潜在的抗原表位区域,具有多个磷酸化位点。这有利于疫苗的研发与制备。 郝锐 刘仟仟 王璐 陆合 胡源 胡接力 黄爱龙 涂增关键词:生物信息学 幽门螺杆菌感染和抗菌治疗对食道下端菌群的影响 2014年 目的通过小鼠动物模型,探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染和用抗生素抗H.pylori治疗对食道下端菌群的影响,分析其与食道下端疾病发生的关系。方法将45只Balb/c小鼠随机均分为阴性对照组,感染组和治疗组。感染组和治疗组通过灌喂H.pylori建立动物感染模型,治疗组再灌喂奥美拉唑,氨苄青霉素,克拉霉素根除H.pylori。三组小鼠均在用抗生素处理后同时处死,取食道下端组织提取细菌的DNA,以原核生物16S rDNA V6区通用引物采用聚合酶链发应-变性梯度凝胶技术(PCR-DGGE)检测,用Quantity One1-DAnalysis software对DGGE图谱进行菌群结构分析,并将DGGE图谱上的组间差异条带用16S rDNA V6区引物分别扩增后,DNA测序,BLAST比对鉴定。结果成功制备了小鼠幽门螺杆菌感染模型,用抗生素有效根除了H.pylori感染。小鼠食道下端DGGE指纹图谱分析显示,各组间条带数量比较差异均有统计学意义(P<0.05),多样性指数、丰富度指数差异有统计学意义(0.05>P>0.001),均匀度指数差异无统计学意义(P>0.05)。菌群聚类分析能很好地在相似性进化树中分开,主成分分析不同组的菌群分别聚集在不同的位置,BLAST比对分析对照组,感染组具有特有细菌。结论食道下端定植着由大量细菌构成的较稳定的菌群,H.pylori感染与治疗后菌群结构有明显变化。 马红英 田志颖 杨致邦 朱黎黎 周海燕 蒋仁举关键词:食道下端 菌群 幽门螺杆菌 抗生素 HP1188-IgY对感染幽门螺杆菌BALB/c小鼠的治疗作用 2015年 目的:评价抗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)HP1188蛋黄抗体(HP1188-immunoglobulin yolk,HP1188-Ig Y)对BALB/c小鼠胃内H.pylori感染的治疗效果。方法:建立H.pylori感染BALB/c小鼠的动物模型,将建模成功的80只小鼠随机分为8组,每组10只。第1组(抗生素治疗组)、第2组(1 mg HP1188-Ig Y)、第3组(1 mg HP1188-Ig Y+30%硫糖铝)、第4组(5 mg HP1188-Ig Y)、第5组(5 mg HP1188-Ig Y+30%硫糖铝)、第6组(PBS对照组)和第7组(30%硫糖铝对照组)分别连续治疗10 d,每天1次;第8组间隔48 h皮下注射2.5 mg HP1188-Ig Y,共2次;另10只正常小鼠为第9组(健康对照组)。处理完成2周后取各组小鼠胃组织作H.pylori培养、快速尿素酶试验、PCR检测H.pylori特异性vac A和cag A及病理组织学检查,观察H.pylori清除情况并进行评分。结果:在小鼠体内,灌胃(1 mg HP1188-Ig Y+30%硫糖铝)即可有效治疗H.pylori感染引起的胃黏膜损害,其治疗效果与抗生素相似。结论:成功构建了H.pylori感染的BALB/c小鼠模型,选择30%硫糖铝为抗体保护剂,经口服HP1188-Ig Y可抑制小鼠胃内H.pylori感染。 韩飞 杨致邦 李建英 周政 彭方毅 姜海蓉 杜红心关键词:幽门螺杆菌 硫糖铝 酪酸梭菌诱导结肠癌SW-480细胞凋亡及作用机制 被引量:6 2013年 目的探讨酪酸梭菌(Clostridium butyricum,CB)诱导人结肠癌SW-480细胞凋亡的作用及机制。方法采用不同浓度的酪酸梭菌(1.5×103、1.5×104、1.5×105、1.5×106、1.5×107、1.5×108CFU/mL)在不同作用时间(24、48、72、96 h)处理结肠癌SW-480细胞后,CCK8法检测CB对SW-480细胞的增殖抑制。电镜观察CB对SW-480细胞形态的影响。Annexin V-FITC/PI双标法检测细胞凋亡。Caspase试剂盒检测SW-480细胞中Caspase-3和Caspase-9的活性。Western blot法检测SW-480细胞Bax和Bcl-2凋亡蛋白表达的变化。结果酪酸梭菌对SW-480细胞的生长抑制作用呈明显的时间-剂量依赖性;菌液浓度为1.5×107CFU/mL和1.5×108CFU/mL的酪酸梭菌处理后的SW-480细胞形成典型的凋亡小体;酪酸梭菌(1.5×107CFU/mL和1.5×108CFU/mL)处理能显著增强SW-480细胞Caspase-3和Caspase-9的活性,促进SW-480细胞凋亡(P<0.01);随着菌液浓度的增加,凋亡蛋白Bax的表达增强,而抑凋亡蛋白Bcl-2的表达减弱。结论酪酸梭菌可诱导SW-480细胞凋亡,其作用机制与凋亡相关基因Bax、Bcl-2和caspase-3、caspase-9的表达有关。 杨金梅 张德纯 李科 刘胜男 朱辉关键词:酪酸梭菌 结肠癌 SW-480细胞 凋亡 抗重组VacA IgY体内抗幽门螺杆菌感染的实验研究 被引量:2 2008年 目的在构建H.pylori的基因工程菌pQE30-v-DH5a的基础上,诱导表达VacA重组蛋白,以此为抗原,制备抗VacA的蛋黄抗体(VacA IgY)。通过小鼠口服试验,证实VacA IgY治疗H.pylori感染的作用,为进一步制备抗H.pylori感染的IgY制剂提供实验依据。方法用重组H.pylori VacA蛋白免疫母鸡,水稀释结合氯仿有机沉淀法提取IgY,ELISA法测定其针对VacA的效价。建立H.pylori感染的Balb/c小鼠动物模型,治疗组在小鼠灌喂菌液后灌喂不同剂量的VacA IgY。以H.pylori培养和病理切片观察胃黏膜H.pylori定植和炎症反应程度。结果制备了高效价的IgY(1∶12800)。动物实验阳性对照组H.pylori的总感染率为70.4%,12周后的感染率为88.9%。治疗组的感染率与同期阳性对照组相似,胃黏膜的炎症反应程度比阳性对照组弱,随IgY剂量的增加,炎症减弱明显,IgY剂量为4mg/ml时,能达到较理想的治疗效果。结论成功制备了高效价的特异性VacA IgY,小鼠体内实验证实了口服VacA IgY具有治疗H.pylori感染的作用,可用于制备口服制剂。 夏丽君 田一玲 杨致邦 黄伟 张任飞 李昌庆关键词:幽门螺杆菌 细胞空泡毒素 卵黄抗体 红霉素体外诱导肺炎链球菌耐药的研究 被引量:4 2009年 目的通过体外诱导获得肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,S.pn)耐药菌株,对比分析S.pn诱导耐药前后红霉素结合域的变异。方法采用最低抑菌浓度(MIC)递增方法对S.pn标准菌株tigr4、tigr2临床分离敏感株进行红霉素体外诱导耐药,PCR与RT-PCR对诱导前后rplD、rplV基因以及23SrRNA扩增并测序,CPHmodels-2.0蛋白质空间构象预测系统对诱导前后rplD、rplV基因编码的核糖体蛋白L4和L22进行空间构象预测分析。结果诱导后tigr4MIC由0.0312mg/L增加到256mg/L,而临床分离敏感株MIC均由0.0312mg/L增加到32mg/L。诱导前后测序结果对比显示标准菌株tigr4核糖体蛋白L4发生V32A变异,L22发生D35G变异,而临床分离敏感株核糖体蛋白L4发生Q67R、K68E变异。空间构象分析L22的D35G及L4的Q67R、K68E变异导致其相应的表面空间构象发生明显改变。结论S.pn可通过红霉素体外诱导而导致耐药,其耐药机制与红霉素结合域发生新的变异有关。 王强 王跃 刘明方关键词:肺炎链球菌 红霉素 原头蚴成囊过程中内参基因的确定及水通道候选基因的转录表达 被引量:3 2018年 目的筛选合适的内参基因以检测细粒棘球绦虫水通道蛋白(aquaporins of Echinococcus granulosus,EgAQPs)基因在原头蚴发育为棘球蚴过程中的转录表达水平。方法通过geNorm软件分析5个候选内参基因(ND1、ATP6、elp、actin和ActⅡ)在原头蚴成囊过程中的稳定性,并运用RT-q PCR方法检测体外培养原头蚴及原头蚴在小鼠体内囊化形成的继发棘球蚴中EgAQPs基因转录表达量。结果actin和ActⅡ、ATP6和ND1分别为检测体外培养原头蚴和原头蚴囊化形成的继发棘球蚴囊壁生发层细胞EgAQPs基因转录表达状态的理想内参基因。EgAQP3和EgAQP9在体外培养第3天的原头蚴中转录表达量最高,随着培养时间的增加,转录表达量呈持续下降的趋势,且不同培养时间转录表达量的差异有统计学意义(P<0.05);EgAQP4在体外培养第25天的原头蚴中转录表达量最高(P<0.05),在体外培养第3、15、35天的原头蚴中转录表达量较低,这3个时间点的差异无统计学意义(P>0.05)。EgAQP3、EgAQP4和EgAQP9在原头蚴中转录表达量最高(P<0.05),随着感染时间的延长,EgAQP3、EgAQP4和EgAQP9的转录表达水平在接种原头蚴感染小鼠后第3~7个月的继发棘球蚴囊壁生发层细胞中转录表达水平很低,差异无统计学意义(P>0.05)。EgAQP、EgAQP1、EgAQPFA-CHIP和EgAQPAnG在原头蚴和继发棘球蚴囊壁生发层细胞中的转录表达水平均很低,基本上检测不到。结论通过geNorm软件筛选了原头蚴发育为棘球蚴过程中稳定的内参基因;原头蚴囊化的继发棘球蚴囊壁生发层细胞中EgAQPs基因的转录表达水平很低,可能与棘球蚴液形成或积累有关。 王芬 刘许诺 吴宏烨 李锴 范俊杰 叶彬关键词:细粒棘球绦虫 原头蚴 棘球蚴 水通道蛋白 内参基因 转录表达 结核分枝杆菌RpfA蛋白的原核表达、鉴定和纯化 被引量:1 2008年 目的:构建结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)复活促进因子A(Resuscitation-promoting factor,ARpfA)的原核表达质粒,并在大肠杆菌中表达和纯化。方法:采用聚合酶链反应(PCR)方法从结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA中扩增出RpfA基因(1 224bp),然后用双内切酶消化后,与同样酶消化的pET32aα(+)载体连接,转入大肠杆菌Top10;阳性克隆用酶切和DNA测序鉴定。测序正确后,将重组质粒转化到的大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导,由T7启动子调控表达了RpfA蛋白;利用His-tag in-gel Stain对表达蛋白进行鉴定,最后对目的蛋白进行纯化。结果:双酶切鉴定所切下的片段大小与理论值相符,测序结果与文献报道一致。经SDS-PAGE分析和His-tag in-gel Stain鉴定均发现66ku处有特异性蛋白条带。结论:成功克隆并构建了RpfA基因的重组表达质粒pET32α(+)-RpfA,并获得了高纯度的重组蛋白,为以后的深入研究奠定了基础。 徐蕾 帖儒修 王爽 王瑜伟 李娜 何永林 蒋仁举关键词:结核分枝杆菌 克隆 纯化 纳米细菌促进乳腺癌细胞MDA-MB-231凋亡 2013年 目的观察纳米细菌(nanobacteria,NB)与纳米羟基磷灰石颗粒(nano hydroxyapatite,nHAP)对乳腺癌MDA-MB-231细胞的影响。方法实验分为NB组、nHAP组和正常对照组,其中NB组和nHAP组悬液的浓度均为2麦氏浊度(M),正常对照组仅加培养基,与乳腺癌MDA-MB-231细胞共同培养24、48、72 h,通过CCK-8检测其对细胞的毒性作用;培养12、24、48、72 h,取上清,经全自动生化分析仪测定LDH活性;作用72 h,经流式细胞仪(flow cytometry,FCM)测定其凋亡率,透射电镜观察其超微结构的变化情况。结果 CCK-8显示,NB组24、48、72 h对细胞的抑制作用均强于nHAP组和正常对照组,差异有统计学意义(P<0.01);NB组LDH含量在24、48、72 h时均高于正常对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);24、48、72 h均高于nHA组,但仅24、48 h有统计学差异(P<0.05)。nHAP组LDH活性仅在72 h与正常对照组比较有统计学差异(P<0.01);72 h后NB组细胞凋亡率高于nHAP组,差异有统计学意义(P<0.01);透射电镜下观察,NB组可以看到胞质空泡样变,核固缩以及明显的凋亡小体,nHAP组未见明显异常。结论 NB可以抑制乳腺癌细胞的生长,促进其发生凋亡,其导致细胞凋亡的成分不仅仅是NB羟基磷灰石的外壳,也可能与NB的其他组分或代谢产物有关。 刘胜男 张德纯 张名均 郭亚楠 杨晓容 许舸关键词:纳米细菌 纳米羟基磷灰石 凋亡 乳腺癌 CXCL14在感染性疾病中的作用 2022年 趋化因子CXCL14是一种高度保守的趋化因子,在正常皮肤上皮中大量表达,除了参与细胞增殖、迁徙,血管生成,肿瘤抑制等生物学活动外,CXCL14在细菌、病毒、衣原体、寄生虫等感染性疾病中发挥调节作用,并具有广谱抗菌活性。此外,CXCL14对活化的巨噬细胞,未成熟的树突状细胞和自然杀伤细胞等具有化学吸引力。CXCL14可能成为感染性疾病治疗的新药。 高思佳 徐蕾 陈丹关键词:趋化因子 免疫活性