周明兵
- 作品数：97 被引量：251H指数：9
- 供职机构：浙江农林大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金浙江省大学生科技创新活动计划(新苗人才计划)项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生文化科学更多>>
- 龟甲竹的秆形变异机理探究
- 毛竹(Phyllostachys edulis)属于禾本科,竹亚科,刚竹属,单轴散生竹,是我国栽培历史悠久、面积最广、经济价值最高的竹种.在长期的自然演化与人工栽培过程中,毛竹种内产生了一定程度的遗传变异,形成了一系列较...
- 叶家其周明兵汤定钦
- 关键词：转录组学
- 毛竹微型颠倒重复序列转座子PhTourist1的克隆与分析被引量：5
- 2015年
- 【目的】微型颠倒重复序列(MITE)是DNA转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻m Ping同源的MITE——Ph Tourist1为例,研究Ph Tourist1的结构特点和转座特性,并分析Ph Tourist1的转座对其附近基因表达的影响,进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用MEGA5.1,DNAStar,Web Logo 3-Create等软件对Ph Tourist1的末端反向重复序列(TIR)、靶位点重复序列(TSD)、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析,并计算Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间和分布情况。通过PCR手段确认Ph Tourist1在来自同一母本的24株毛竹实生苗基因组中的所有位置并验证是否存在插入多态性。针对其中发生转座的Ph Tourist1-3,通过RTFQ PCR(real-time fluorescence quantitative PCR)分析Ph Tourist1-3存在与否对其下游基因表达量的影响。【结果】共得到30个Ph Tourist1,通过生物信息学技术与手段确定得到的Ph Tourist1的TIR(GGCCAGTCTCAATG)、TSD(TWA)及插入偏好性序列((C/T)T(C/A)T(T/A)A(G/T)A(A/C))与已报道的Tourist-like MITE的特点吻合。通过对Ph Tourist1的插入时间与分布分析了解到Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间相对集中,且Ph Tourist1偏好插在基因附近。对毛竹基因组中30个Ph Tourist1的验证确认了每个位置的正确性,并发现Ph Tourist1-3存在插入多态性。且Ph Toutist1-3的切除为完整切除,与m Ping的特性一致。利用RTFQ PCR对Ph Tourist1-3下游基因PH01000402G0860表达量的分析结果表明Ph Tourist1-3转座后PH01000402G0860的表达量比其转座前增加了8.04倍。【结论】本研究鉴定到的与m Ping高度同源的转座子Ph Tourist1,其中Ph Tourist1-3在毛竹基因组中可以发生转座,是首次在毛竹基因组中发现的有活性的Tourist-like MITE,且Ph Tourist1-3的转座对宿主基因表达产生显著的影响。这些结果表明,作为�
- 胡慧周明兵杨萍汤定钦
- 关键词：毛竹转座
- 杜仲胶合成相关基因EuFPS的克隆及序列分析被引量：16
- 2003年
- 本文采用逆转录—聚合酶链式反应 (RT PCR)方法 ,以杜仲树叶总RNA为模板扩增出杜仲法呢基焦磷酸合酶基因EuFPS ,克隆至质粒 pUCm T中。序列分析表明 ,所克隆的cDNA序列全长 12 71bp ,开放阅读框共编码 32 0个氨基酸残基 ,其核酸序列与拟南芥菜、银胶菊和巴西橡胶树FPP合酶的序列同源性分别为 81% ,87% ,82 %。
- 周明兵肖月华朱冬雪裴炎赵德刚
- 关键词：杜仲胶合成基因基因克隆RT-PCR
- 毛竹Mariner-like element自主转座子的鉴定与生物信息学分析被引量：1
- 2022年
- 【目的】Mariner-like element(MLE)转座子是一类在真核生物基因组内广泛分布的DNA类转座子,以“剪切-黏贴”模式在基因组中复制扩张,可以作为一类高效稳定的工具应用于转基因、基因功能研究等领域。为了探究MLE转座子在毛竹基因组中的分布规律,揭示MLE转座子在毛竹进化过程中的演化模式,本研究对毛竹MLE转座子进行了全基因组挖掘和分析。【方法】基于水稻、大豆和毛竹目前发表的MLE转座子序列,利用IRF、Blast和Fasta等工具,根据MLE转座子序列的特异性结构末端倒置重复序列(TIR)及其所编码转座酶的保守性,对毛竹基因组中的MLE转座子进行挖掘,从毛竹基因组中筛选具有完整结构的MLE转座子。分析所获得的MLE转座子的结构特征,根据完整MLE转座子的转座调控元件,从毛竹基因组中筛选出所对应非自主转座子,通过序列提取和比对,对自主与非自主转座子的分布特点以及非自主转座子结构缺失特点进行分析。【结果】共鉴定了2个完整结构的自主MLE转座子,PhV2MLE1A和PhV2MLE2A。PhV2MLE1A全长3950 bp,编码414个氨基酸,TIR长度30 bp;PhV2MLE2A全长12990 bp,编码373个氨基酸,TIR长度49 bp。根据TIR结构的相似性,鉴定出2个自主MLE转座子所对应的非自主转座子,本试验共获得2个结构完整的自主MLE转座子,以及各自对应的非自主转座子,同时发现不同的非自主转座子的结构缺失情况并无规律。所鉴定到的MLE转座子在毛竹基因组中的分布存在随机性,在毛竹基因组中偏好插入保守序列TA之间。【结论】毛竹基因组中分布着大量的MLE转座子,其中绝大多数在进化过程中由于转座酶结构缺失,失去了转座活性。
- 谢佳敏周明兵
- 关键词：毛竹
- 毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析被引量：3
- 2010年
- 微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。
- 钟浩周明兵白有煌汤定钦
- 关键词：毛竹磁珠富集转座子MITES
- ^(137)Cs-γ辐照及5-氮杂胞苷处理毛竹种子对其实生苗甲基化水平的影响被引量：3
- 2017年
- 为了研究药物和辐照对毛竹甲基化水平的影响,采用0、25、50、100、250μmol·L-1的5-氮杂胞苷和0、10、20、30、40、60、90、120 Gy的^(137)Cs-γ射线分别处理毛竹种子,并利用高效液相色谱技术,采用外标法测定实生苗叶片的甲基化水平。结果表明,5-氮杂胞苷处理毛竹种子后,甲基化水平下降,其中250μmol·L-1处理后甲基化水平为20.8%,下降最显著;低剂量的辐照处理对甲基化的影响不明显,而在高剂量的γ射线胁迫下,DNA甲基化程度下降至26.0%,达到极显著水平。本研究揭示了辐照与基因组甲基化水平间的相关性,为毛竹辐照诱变和甲基化抑制育种提供了科学依据。
- 陈昂周明兵汤定钦
- 关键词：毛竹实生苗5-氮杂胞苷辐照诱变
- 一种具有高催化活性的Ppmar1转座酶C296I突变体及其应用
- 本发明公开了一种具有高催化活性的Ppmar1转座酶C296I突变体，所述的Ppmar1转座酶C296I突变体的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。编码所述Ppmar1转座酶C296I突变体的基因的核苷酸序列如SEQ ...
- 周明兵汤定钦
- 毛竹LTR反转录转座子PHRE8的鉴定与转录模式分析被引量：2
- 2020年
- LTR反转录转座子是植物基因组中重要的组成部分,可作为遗传工具在生物学研究上发挥重要作用。为探究毛竹中具有潜在活性的LTR反转录转座子,解析LTR反转录转座子转座激活机制,本研究从毛竹基因组中克隆1条典型的LTR反转录转座子序列,命名为PHRE8,系统地分析了PHRE8的结构特征、插入特性和进化关系,并利用荧光定量PCR检测PHRE8在DNA甲基化抑制剂(5-氮杂胞苷)、辐射、高温、低温、高盐逆境胁迫下的转录水平。结果表明,PHRE8属于Ty3-gypsy超家族,全长5296 bp,具有完整的GAG与POL结构域,插入时间约为123.07万年,是具有理论潜在活性的转座子;在不同胁迫处理下,与野生实生苗相比,PHRE8的相对表达量均有所增加,猜测PHRE8在不同胁迫条件下,会激发其转录活性,影响宿主基因组结构和基因表达模式的变化,以适应外界环境改变。本研究结果为进一步探究毛竹基因组中活性转座子的功能奠定了一定的理论基础。
- 季航周明兵蒋政勤郑浩徐芷馨
- 关键词：荧光定量PCR逆境胁迫转录水平
- 蝴蝶兰成花相关GIGANTEA基因（DhGI1）的编码序列及应用
- 本发明属于分子生物学、基因工程技术领域，具体为一种在蝴蝶兰中表达的花发育相关基因<i>DhGI1</i>的编码序列及其在调控植物花期上的应用。本发明涉及包含上述基因的重组植物表达载体及应用此载体转...
- 崔永一罗小燕周明兵张迟秦巧平
- 文献传递
- 花叶矢竹复绿期光合特性及叶绿体结构被引量：11
- 2018年
- 【目的】通过无损伤测量叶绿素相对含量(SPAD值)筛选不同复绿程度的叶片,揭示花叶矢竹白叶复绿过程的叶绿体超微结构、光合色素含量及光合特性之间的关系,为探讨白化突变材料的复绿机制及观赏竹繁育提供理论依据。【方法】以花叶矢竹花叶株白色不同复绿程度的叶片为研究材料,绿叶株相同位置的绿叶为对照组CK(100%),按照复绿程度为0、10%、30%、50%、70%和90%划分6个阶段,测定其光合色素含量、气体交换参数、光响应曲线、叶绿素荧光参数,观察叶绿体超微结构。【结果】花叶矢竹白叶色素含量极低,叶片复绿过程中,光合色素含量逐渐升高,而完全复绿叶的叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素、类胡萝卜素含量分别为正常绿叶的87.02%、98.20%、89.37%、85.02%,叶绿素b恢复至绿叶水平,但叶绿素a、总叶绿素及胡萝卜素含量均未达到绿叶水平;白叶无光合特性,复绿叶的净光合速率显著升高,气孔导度在复绿一定时期后趋于稳定,胞间CO2浓度显著降低,表明复绿叶片光合速率变化受非气孔因素影响;复绿叶片光饱和点升高,光补偿点降低,复绿叶暗呼吸速率与绿叶无显著差异,完全复绿叶表观量子效率仅为绿叶的78.66%;荧光参数Fo、NPQ呈先上升后下降,Fv/Fm、Y(Ⅱ)和ETR均显著升高,说明光合色素含量升高时PSⅡ反应中心捕光能力和光化学转化效率逐渐恢复,用于热耗散的能量逐渐减少;qP在复绿初期变化缓慢,到复绿后期变化不大,表明叶绿素a/b反应中心开放比例受复绿过程影响不大;叶绿体超微结构变化显著,白叶叶绿体无成熟类囊体片层结构,绿叶叶绿体类囊体垛叠清晰均匀,复绿叶叶绿体内膜结构逐渐恢复正常。【结论】光合色素累积及类囊体片层有序排列、垛叠是导致花叶矢竹复绿叶片光合功能逐渐恢复的2个重要的非气孔因素。
- 成敏敏陈柯伊朱雪玉王凯利周明兵杨海芸
- 关键词：光合色素气体交换参数光响应曲线叶绿体超微结构
