张涛 作品数:63 被引量:195 H指数:8 供职机构: 扬州大学动物科学与技术学院 更多>> 发文基金: 国家现代农业产业技术体系建设项目 国家肉鸡产业技术体系建设专项 江苏省高校优势学科建设工程资助项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 轻工技术与工程 理学 更多>>
京海黄鸡肌细胞生成素基因的克隆和生物信息学分析 2014年 本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构和三级结构。最终获得了包括编码区在内的长754bp的MyoG基因序列,生物信息学分析显示,京海黄鸡MyoG基因的保守性较低,与GenBank中原鸡、火鸡、鹌鹑、马、人、野猪、牛、山羊、大鼠、绵羊的同源性分别为99.7%、94.4%、92.0%、70.0%、70.0%、73.3%、69.0%、67.9%、67.8%、73.5%;氨基酸分析发现,MyoG蛋白为水溶性蛋白,分子质量为25854u,理论等电点为5.46,不属于跨膜蛋白;亚细胞定位显示,大部分蛋白位于细胞质内,不属于分泌蛋白;预测含有6个潜在的磷酸化位点,1段碱性序列,1段HLH序列,1段低复杂度序列;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示MyoG蛋白的结构域呈螺旋状。 张涛 张跟喜 王金玉 樊庆灿 王文浩 魏岳 陈学森 唐莹 王永娟关键词:京海黄鸡 肌细胞生成素 克隆 生物信息学分析 MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析 被引量:5 2015年 以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P<0.05或P<0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P<0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。 唐莹 张跟喜 樊庆灿 王金玉 张涛 魏岳 薛倩 王文浩 王永娟关键词:京海黄鸡 MYOG基因 基因互作 生长性状 新农科背景下动物数量遗传学课程教学改革实践 2022年 动物数量遗传学是动物科学专业本科生的一门重要的专业基础课。新农科建设的启动和种业振兴计划的实施给动物数量遗传学课程的传统教学带来了巨大挑战,改革和创新该课程的教学内容和教学模式,培养一流畜禽种业人才势在必行。根据多年来的教学实践,分析动物数量遗传学课程教学中存在的主要问题,并以扬州大学动物数量遗传学课程为例,从教学方式改革、教材建设、教学内容更新和课程思政建设四个方面,阐述该课程的教学改革实践经验,旨在促进高等学校动物数量遗传学的教学改革实践。 张跟喜 张涛关键词:教学改革 10个SNPs与京海黄鸡生长性状的关联性分析 2015年 为了筛选影响京海黄鸡生长性状的SNP标记,寻找影响生长性状的关键基因,本研究利用定制的SNP芯片,对396只京海黄鸡10个SNPs住点直接进行SNP分型,并与京海黄鸡12个生长性状进行关联分析。结果显示,10个SNPs中,共检测到9个SNPs与京海黄鸡1个或多个生长性状显著相关(P〈0.05),这其中有6个SNPs与2个以上的生长性状显著相关(P〈0.05),另外3个SNPs(rs431883888,rs16432721和rs16434767)分别与8周龄体质量(BW8)、0-4周龄平均日增重以及2周龄体质量(BW2)显著相关(P〈0.05)。此外,rs15618356,rs15618356和rs15620544与很长一段时期内(2-16周龄)的生长性状相关(P〈0.05)。rs431883888,rs16438236,rs16432721和rs16434767对京海黄鸡早期生长性状(2-8周龄体质量)有显著影响(P〈0.05),而rs14489341和rs13939265与京海黄鸡后期生长性状(8-16周龄体质量)显著相关(P〈0.05)。遗传学参数表明需要进一步对京海黄鸡进行选育来增加有利基因型的频率。在显著SNPs位点附近共找到8个可能的候选基因,大部分基因在鸡尚属首次报道,其功能尚需进一步研究。本研究验证了之前鸡生长性状的GwAS结果,为京海黄鸡乃至地方鸡种的分子标记辅助选择奠定了基础。 张涛 樊庆灿 张向前 张跟喜 王金玉 唐莹 薛倩 王永娟关键词:京海黄鸡 生长性状 金茅黑鸡肉品质性状的关联转录组分析 被引量:5 2019年 为深入了解家禽肉品质性状形成的分子机制,本实验测定金茅黑鸡胸肌的肉品质,利用RNA-seq技术进行转录组测序,分析转录组基因表达量与肉品质性状间的关联性。结果显示:与金茅黑鸡14周龄肉色显著相关的基因5个,pH57个,剪切力33个,系水力17个;PLEKHS1、MUC等基因为影响肉色的候选基因,LHX9、SPDEF、GRXCR1等基因为系水力的候选基因,NPY、POMC、FGF20、MGAT4C和GUK1基因为影响肌肉pH的候选基因,EDAR基因和HS6ST3基因为肌肉剪切力的主要候选基因;功能分析发现这些基因在调节肌肉纤维、肌间脂肪沉积、脂类代谢、糖代谢过程和磷酸二酯酶水解等方面发挥重要作用,进而影响胸肌肌肉品质的形成。 李国辉 谢恺舟 戴国俊 张跟喜 张涛 杨国明 陈兰 韩威 苏一军 王金玉关键词:转录组 肉品质 候选基因 FTO基因单核苷酸多态性对和盈黑鸡屠体及生长性状影响的研究 2024年 为了探究脂肪量和肥胖相关(fat mass and obesity associated,FTO)基因多态性及其对鸡屠体性状和生长性状的影响,试验采用DNA测序检测鸡FTO基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),并采用一般线性模型中的LSD法分析FTO基因多态性对和盈黑鸡屠体性状和生长性状的影响。结果表明:在FTO基因第5外显子和第7外显子上各检测到一个SNP位点,分别为g.57337C>A和g.64757T>G突变。g.57337C>A突变形成AA、AB和BB 3种基因型,g.64757T>G突变形成TT、TG和GG 3种基因型。g.57337C>A位点对和盈黑鸡屠体重、宰前活重、头重、胸肌重、腿肌重上、肝脏重、心脏重7个屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),对8,10,16周龄体重影响显著(P<0.05)。g.64757T>G位点对和盈黑鸡宰前活重、全净膛重、半净膛重、屠体重和翅重5个屠体性状有显著影响(P<0.05),对16周龄体重影响显著(P<0.05)。说明FTO基因g.57337C>A和g.64757T>G位点可作为和盈黑鸡屠体性状和生长性状遗传改良的重要候选分子标记。 巩用双 丁浩 徐军 高鹏 卢新旺 袁运伟 王金玉 张涛关键词:单核苷酸多态性 生长性状 屠体性状 京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释 被引量:12 2016年 本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。 韩昆鹏 段炼 李婷婷 王金玉 张涛 李国辉 张跟喜 薛倩关键词:转录组测序 京海黄鸡 基因结构 SNP 新基因 加速溶剂萃取/超高效液相色谱-荧光法检测猪肉中氟苯尼考和氟苯尼考胺残留 被引量:11 2019年 为给动物源性食品中同时检测氟苯尼考(FF)及其主要代谢产物氟苯尼考胺(FFA)的残留提供新的安全可靠的方法,本研究建立了猪肉中FF及FFA残留检测的加速溶剂萃取/超高效液相色谱-荧光检测(ASE/UPLC-FLD)法。试验采用乙酸乙酯∶氨水(98∶2,V/V)为提取剂,样品经加速溶剂萃取后浓缩,用乙酸乙酯饱和正己烷除脂,再经浓缩复溶后进行UPLC-FLD检测。结果表明,FF及其代谢产物FFA在添加浓度为9.8~400和3.2~400μg/kg的范围内线性关系良好,相关系数(R 2)分别为0.9993和0.9999。FF的检测限(LOD)和定量限(LOQ)分别为3.3和9.8μg/kg;FFA的LOD和LOQ分别为1.2和3.2μg/kg。样品在LOQ、0.5 MRL、1.0 MRL和2.0 MRL加标水平下的平均回收率为82.92%~96.72%,相对标准偏差(RSD)低于3.11%。综上所述,加速溶剂萃取(ASE)方法省时、环保、提取效率高,超高效液相色谱-荧光检测(UPLC-FLD)检测方法高效、灵敏、回收率高,是符合检测标准的新方法。 刁志祥 张培杨 王旭堂 谢恺舟 王波 王波 郭亚文 赵霞 张涛 郭亚文 刘学忠关键词:猪肉 禽蛋中氟苯尼考及其代谢产物氟苯尼考胺同时检测的超高效液相色谱-荧光检测法的建立 被引量:3 2020年 建立超高效液相色谱-荧光检测法(UPLC-FLD)同时检测禽蛋中氟苯尼考及其代谢产物氟苯尼考胺残留。样品经过加速溶剂萃取提取、净化,乙腈饱和的正己烷去脂,设定激发波长和发射波长分别为233 nm和284 nm,经UPLC-FLD检测分析。FF和FFA添加浓度为定量限(LOQs)、0.5、1.0和2.0倍的最高残留限量(MRL)时,FF的平均回收率为83.1%~96.1%,相对标准偏差(RSD)均低于3.9%;FFA的平均回收率为84.6%~97.4%,RSD均低于3.4%。FF在禽蛋中检测限(LODs)为4.7~4.9μg·kg^-1(S/N≥3),LOQs为10.5~11.7μg·kg^-1(S/N≥10);FFA在禽蛋中LODs为1.8~1.9μg·kg^-1,LOQs为4.3~4.7μg·kg^-1。此方法快速、准确、灵敏度高,适用于批量检测禽蛋中氟苯尼考及其代谢产物氟苯尼考胺残留。 王波 王波 谢恺舟 赵霞 张涛 谢恺舟关键词:氟苯尼考 氟苯尼考胺 禽蛋 超高液相色谱荧光检测法测定鹌鹑蛋和鸽蛋中甲砜霉素残留量 被引量:4 2020年 本研究旨在建立鹌鹑蛋和鸽蛋中甲砜霉素(TAP)残留的超高效液相色谱-荧光检测(UPLC-FLD)方法。以鹌鹑蛋和鸽蛋为试验材料,采用加速溶剂萃取(ASE)技术提取目标物,以乙腈饱和的正己烷去脂,净化后用UPLC-FLD法进行检测分析。结果表明,在鹌鹑蛋和鸽蛋中TAP的添加质量比在定量限(LOQ)至250.0μg/kg内,线性关系良好,决定系数均大于0.9992。TAP添加质量比为LOQ、0.5 MRL、1.0 MRL和2.0 MRL时,在鹌鹑蛋和鸽蛋中的回收率分别为83.23%~95.72%、84.37%~97.12%,检测限(LOD)分别为3.4μg/kg、3.3μg/kg,LOQ分别为9.9μg/kg、9.7μg/kg。检测方法快速、高效、灵敏度高,为鹌鹑蛋和鸽蛋中TAP残留检测提供了新方法。 王旭堂 刁志祥 张培杨 谢恺舟 王波 王波 张跟喜 张涛 张跟喜 戴国俊关键词:鹌鹑蛋 鸽蛋 甲砜霉素 加速溶剂萃取