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山羊肌内脂肪细胞lncRNA鉴别及特征分析被引量：15: 2014年; 为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并对其序列、结构与功能进行了分析。结果表明,通过预测得到1 472个山羊肌内脂肪细胞中表达的lncRNA,其中29个lncRNA在成熟前后具有显著差异。分析发现,山羊lncRNA转录本与开放阅读框(ORF)长度都短于mRNA,保守性低,其近端mRNA在机体免疫系统、脂质及脂质蛋白代谢、脂肪酸与甘油三脂等方面发挥着重要作用。通过生物信息学方法得到山羊肌内脂肪细胞增殖分化过程中差异表达的lncRNA主要在细胞分泌、生长调节和细胞形态变化等方面发挥着重要作用。这对于深入研究山羊lncRNA的生物学功能及其脂肪细胞分化机制具有重要意义。; 郑竹清杜琛付绍印阿娜张文广; 关键词：山羊转录组

绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析被引量：14: 2014年; 为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析。组装后共获得93 930个contigs,N50为1 586nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change>4,FDR<0.01)。这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、I型糖尿病、风湿性关节炎等通路中。本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3′splice site)、A5SS(Alternative 5′splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍。高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础。; 杜琛付绍印高鸿雁郑竹清孟宪然阿娜萨仁张文广李金泉; 关键词：绒山羊可变剪接

FSH、LH及E_2对绵羊卵泡颗粒细胞孕酮分泌的影响被引量：4: 2013年; 为了进一步研究激素对颗粒细胞分泌孕酮的影响,试验采用体外培养绵羊卵巢壁颗粒细胞后,经单独、联合添加2.5 IU/mL卵泡刺激素(FSH)、促黄体生成激素(LH)和1μg/mL雌二醇(E2),并于0,24,48,72,96小时时收集培养液,通过ELISA方法检测孕酮含量。结果表明:联合添加激素组在24小时时有促进孕酮分泌的作用(P<0.05),但随着时间的延长,其孕酮分泌总体呈下降趋势;单独添加FSH和LH均未见有效刺激孕酮分泌。; 菅瑞珍杨燕燕温世勇孟庆刚程兰玲李文佼阿娜李海军杜晨光曹贵方; 关键词：颗粒细胞体外培养孕酮

基因组重测序深度的计算: 2014年; 随着第二代测序的发展,基因组重测序已经成为研究动植物分子育种最为快速有效的方法之一。基因组重测序需要高质量地测定每个碱基,同时需要平衡好测序深度与费用的关系。因此,为做好测序深度的估计,本文结合案例给出两种估算模型即基于片段的二项分布模型和基于碱基的泊松分布模型对重测序深度的计算方法进行了分析和推导,从而有利于在教学过程中对这一问题的确切讲解。为收到较好的教学效果,本研究设计了相关模型模拟器并对该课程的理论性与实践性的问题进行了讨论。; 阿娜张文广; 关键词：二项分布泊松分布

基于NGS基因组选择信号的筛查: 鉴于新一代测序技术(NGS)较全基因组关联分析(GWAS)所需样本数少及对稀有等位基因检出率高,本文设计并测试了一套可以应用在动植物全基因组混合池重测序的选择信号分析流程.主要包括数据产出统计、一致序列的组装、SNP的检...; 郑竹清付绍印阿娜张文广; 关键词：动植物检疫基因测序信号通路; 文献传递

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阿娜