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蔡斌: 作品数：19 被引量：110H指数：6; 供职机构：南京农业大学园艺学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划上海市基础研究重大（重点）项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学更多>>

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葡萄Dof转录因子家族全基因组分析被引量：4: 2013年; 摘要：根据葡萄全基因组数据库中的信息，采用生物信息学方法，在全基因组水平上对葡萄Dof基因家族进行了系统进化关系、保守模体、共线性关系及表达模式等分析。结果表明：葡萄基因组中共存在25个Dof基因，命名为VvDof01-VvDof25。系统发生分析表明这些Dof基因归属于9个亚家族，命名为亚家族I～Ⅸ。同一亚家族中成员具有相似的模体组成。对亚家族I的共线性分析表明，该亚家族中的3个成员可能来源于形成葡萄物种的古代六倍体化事件。分析公共数据库中葡萄的RNA-Seq数据后表明，有11个Dof基因对生物和非生物胁迫有响应。本研究结果可为进一步开展葡萄DoI基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供基础。; 李成慧蔡斌娄晓鸣唐蓉; 关键词：葡萄进化

一个新的葡萄抗逆转录因子VvERF2基因的In silico克隆及生物信息学分析: 2008年; ERF是植物所特有的一类重要的转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。本研究利用In silico克隆方法获得葡萄VvERF2基因,并利用生物信息学方法对该基因编码产物从氨基酸组成、理化性质、进化关系、二级及三级结构、功能等方面进行预测和分析。结果表明,VvERF2为亲水性蛋白,与其他物种的ERF在序列组成、结构及活性位点等方面均具有高度的一致性。; 刘红锦高峰熊爱生彭日荷李贤蔡斌薛永付晓燕; 关键词：ERF 葡萄转录因子生物信息学

葡萄WRKY转录因子家族全基因组分析被引量：6: 2013年; 为了给进一步开展葡萄WRKY基因家族的功能和分子进化机制的研究提供理论依据,利用葡萄全基因组数据,采用生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄WRKY基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等方面的分析。结果表明,葡萄基因组中共存在55个WRKY基因,命名为VvWRKY1～VvWRKY55,这些WRKY基因归属于7个亚家族。共线性分析结果表明,亚家族Ⅱb的6个成员可能起源于形成葡萄物种的"古代六倍体化"事件。对公共数据库中葡萄RNA-Seq数据的分析结果表明,有9个WRKY基因对生物和非生物胁迫有响应。; 李成慧蔡斌; 关键词：葡萄 WRKY基因生物信息学进化全基因组分析

八棱海棠肌动蛋白基因(MrACT)的克隆及分析被引量：5: 2008年; 以八棱海棠(Malus micromalus Makino)为材料,抽取RNA,反转录成cDNA。采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法,5’-RACE获得长度1121bp的片段、3’-RACE获得883bp的片段,再通过设计引物扩增得到八棱海棠中一种肌动蛋白基因的cDNA的全长序列。该序列全长1134bp,推测其编码377个氨基酸,等电点为5.16,其编码的氨基酸与拟南芥(Arabidopsis thaliana)actin7编码的氨基酸只有2个氨基酸差别。通过对八棱海棠MrACT基因的表达分析,发现在不同组织中,该基因的表达水平没有明显差异,本文为进一步利用RT-PCR技术,以MrACT基因为内标,研究八棱海棠其他基因的丰度打好基础。; 徐锦涛章镇彭日荷熊爱生刘金戈周军蔡斌高峰付晓燕姚泉洪; 关键词：八棱海棠肌动蛋白基因 RACE 内标

甘蓝型油菜中一类AP2／ERF转录因子的克隆和生物信息学分析被引量：15: 2008年; AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene C luster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。; 庄静周熙荣孙超才管帮超彭日荷乔玉山章镇高峰蔡斌熊爱生姚泉洪; 关键词：克隆生物信息学甘蓝型油菜沪油15

巨峰葡萄查尔酮合成酶基因4的克隆及表达特性的RT-PCR分析被引量：12: 2010年; 克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30～45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶中的表达,但诱导CHS4在幼根的表达。; 周军陶建敏彭日荷熊爱生蔡斌徐锦涛金晓芬张斌高峰高建杰章镇姚泉洪; 关键词：巨峰葡萄克隆 RT-PCR

葡萄bHLH转录因子家族全基因组分析被引量：6: 2013年; 通过生物信息学的方法，鉴定得到110个葡萄的bHLtl基因，分别命名为VvbHLH001一VvbHLHll0。葡萄bHLH基因可以分为24个亚家族，以非随机的方式分布在19条染色体上，其中有10组基因发生了串联复制。基因芯片表达分析显示葡萄bHLH基因具有器官特异性表达，如亚家族Ib（2）在根中特异表达，可能与根活力有关；VvbHl2g）03和VvbHLttl6基因在花蕊及花序中特异表达，推测与花器官发育有关。研究结果可为进一步开展bHLH家族的基因功能和分子进化机制的研究提供基础。; 尹欢蔡斌李成慧陈飞; 关键词：葡萄 BHLH 转录因子生物信息学

苹果钙依赖型蛋白激酶基因家族的进化研究被引量：4: 2013年; 在全基因组水平挖掘了26个苹果的CDPK基因,并通过基因结构和结构域组织的比较得到各成员之间的异同点,再通过蛋白质三级结构的分析,获得了苹果CDPK在重要的关键位点的突变,而这可能引起结构的自抑制和激活的重大差别。结合多个物种CDPK的挖掘,并与苹果CDPK各成员建立的系统发育树进行分析,得到了苹果26个CDPK的起源和21次扩增历史。借助于苹果CDPK表达的EST数据了解了苹果CDPK的初步表达情况,这些完善的苹果CDPK成员间复杂的进化历史对于开展后续验证成员间彼此的功能联系以及基因的利用奠定了基础。; 陈飞尹欢梁英海蔡斌; 关键词：苹果钙依赖型蛋白激酶进化历史基因复制

葡萄全基因组SSR分析和数据库构建被引量：18: 2009年; 利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80 065(69.9%)对SSR引物。另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr。; 蔡斌李成慧姚泉洪周军陶建敏章镇; 关键词：SSR 欧亚种葡萄基因组数据库

葡萄NAC转录因子家族全基因组分析被引量：2: 2013年; 利用葡萄全基因组数据,以生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄NAC基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等分析.结果表明：葡萄基因组中共存在71个葡萄NAC基因,命名为VvNAC01～VvNAC71.71个NAC基因以非随机的方式分布在19条染色体上.系谱分析表明：这些NAC基因归属于10个亚家族,分别以Ⅰ～X标记.同一亚家族中成员具有相似的模体组成.共线性分析表明,亚家族V （TIP）的3个成员可能来源于形成葡萄物种的古代六倍化事件,而第16号染色体上的TIP发生了串联复制,形成了TIP的簇群.分析公共数据库中葡萄的基因芯片数据后表明,亚家族Ⅷ和Ⅸ对非生物胁迫有响应.; 李成慧蔡斌; 关键词：葡萄基因家族 NAC 系谱分析

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