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从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系被引量：27: 2006年; 基于Cyt b基因全长序列,对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cyt b基因序列富含碱基A和T,A+T平均含量为56.7%,密码子第3位点核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚,该位点上G的含量最低,为3.5%,而A的含量最高,为44.6%,核苷酸组成偏差指数为0.45.在47个个体1 140 bp的序列中检测到30个变异位点,约占核苷酸总数的2.63%,密码子第3位点的突变率(76.7%)远高于第1位点(16.7%)和第2位点(6.6%),第2位点的非同义替代率(100%)远高于第1位点(40%)和第3位点(4.3%).定义了15种单倍型.将10个品种作为一个大的种群分析时,发现中国黄牛Cyt b基因具有较高的单倍型多样性(Hd=0.783±0.046)和一定程度的核苷酸多样性(Pi=0.00828±0.00030),这与中国黄牛地理分布广、种群庞大和起源复杂有关系.基于Kimura 2-parameter距离采用UPGMA法构建的10个黄牛品种分子系统树中将47个个体分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛主要起源于瘤牛和普通牛.北方牛受普通牛的影响较大,南方牛受瘤牛的影响较大,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异,因而它们分别和北方牛和南方牛之间的亲缘关系远近程度也存在差异.不同品种之间的亲缘关系差异可能与它们的地理分布差异具有一定的关系.; 蔡欣陈宏雷初朝王珊张志清薛恺王新庄; 关键词：黄牛 CYT B基因遗传多态性系统进化

中国黄牛mtDNA D-loop遗传多样性及起源被引量：14: 2007年; Complete mitochondrial D-loop sequences of 140 samples obtained from 15 Chinese local cattle breeds were analyzed.The result showed 67 different haplotypes with 113 polymorphic sites.The haplotype diversity and nucleotide diversity were 0.608-1.000 and 0.002-0.028,respectively,indicating abundant genetic diversity in Chinese cattle.The constructed Neighbor-Joining(NJ) tree revealed that there were two maternal origins of Bos taurus and Bos indicus in Chinese cattle.Among them,the Bos taurus lineage had rich mtDNA genetic diversity,while Bos indicus lineage had poor mtDNA genetic diversity,respectively.It can be concluded that the cattle in Northern China originated from the Bos taurus lineage,while the cattle in Central China and Southern China originated from Bos taurus and Bos indicus lineages.In our study,two mtDNA haplotypes belonging to African cattle were detected,thus providing molecular evidence for an African lineage in Chinese cattle.; 房兴堂周艳陈宏蔡欣方南洙; 关键词：中国黄牛 MTDNA D-LOOP 单倍型

10个中国黄牛品种Cyt b基因全序列分析与起源进化研究: 基于Cytb基因全长序列对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cytb基因序列富含碱基A和T,平均含量为56.7﹪,密码子第3位点的核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚,该位点上G的含量最低,为...; 陈宏蔡欣雷初朝党瑞华王珊于娇张志清王新庄; 关键词：黄牛遗传多态性系统进化; 文献传递

川渝黔地区山羊起源于A和B两母系遗传谱系被引量：3: 2012年; 本研究旨在从DNA水平揭示四川、重庆和贵州地区山羊的母系起源和群体遗传特征.通过对川渝黔地区13个山羊品种(类群)共152个体或序列mtDNA D-loop高变区HVI片段(481 bp)变异的分析,结合13个山羊参考序列(分属于A、B、C、D、F和G单倍群)构建系统进化树和单倍型网络分析以及不同单倍群群体扩张分析,结果表明:152只山羊mtDNA DloopHVI序列被类聚为A和B两个单倍群,其中单倍群B又分化为B1和B2两亚单倍群.从2种单倍群的地理分布特征可以发现,北川白山羊和阿坝藏山羊全部属于单倍群A,而其他山羊品种中单倍群A和B具有不同的分布频率.归并于A和B两个谱系的山羊并没有历经种群扩张.结果提示,川渝黔地区山羊可能起源于A和B两母系遗传谱系,而谱系B虽然分化为B1和B2两支系,但均未历经种群扩张.; 蔡欣泽让东科苟兴能董绍森刘畅王雪; 关键词：山羊母系起源

中国3个牛种cyt b基因多态性及其系统发育研究被引量：14: 2007年; 基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A+T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序列具有较丰富的核苷酸多样性(Pi=0.016 84),水牛的核苷酸多样性相对贫乏(Pi=0.003 51),牦牛的核苷酸多样性介于二者之间(Pi=0.012 28)。中国黄牛与牦牛和欧洲野牛之间的亲缘关系相对较近,而与水牛间的亲缘关系则相对较远,黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源;中国牦牛和斑腾牛以及羯牛的亲缘关系相对较近;中国水牛和沼泽型水牛具有较近的亲缘关系,也可能有2个或者2个以上的母系起源。; 蔡欣陈宏雷初朝胡沈荣苏利红; 关键词：中国黄牛中国牦牛中国水牛 CYT

牛MyoG基因启动子序列的克隆与分析: 肌细胞生成素(MyoG)基因在肌细胞的生成过程中起着中心调控作用.根据GenBank中已公布的人、猪和小鼠的MyoG基因的5'侧翼和部分第一外显子序列设计同源PCR引物,通过touchdownPCR技术从牛基因组DNA中...; 王珊陈宏蔡欣; 关键词：启动子序列肌细胞生成素基因分子克隆; 文献传递

牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系分析被引量：7: 2014年; 为分析牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系,从5个麦洼牦牛个体基因组DNA扩增克隆SRY基因,同时从GenBank检索家牛属物种及野牛的SRY基因序列,分析家牛属物种在SRY基因的多态性及其SRY蛋白中HMG-box区域基因序列的变异特征,并基于SRY基因序列构建家牛属物种间的父系系统进化树及其网络中介图,分析进化关系。家牛属物种编码SRY蛋白N、C两端氨基酸(HMG-box侧翼)基因序列的错义突变率(0.57)显著低于编码HMGbox区域基因序列的错义突变率(0.69),推测家牛属物种间在SRY基因进化过程中的正选择同时作用于编码HMG-box及其侧翼区的基因序列;相对水牛和牦牛,欧洲野牛与黄牛的亲缘关系更近,此结果从父系侧面支持现存的黄牛牛种由已经灭绝的野牛或原牛驯化而来的观点;牦牛可能有2个或多个父系祖先;非洲水牛和江河水牛与其他牛种之间在SRY基因存在较多变异导致明显的分歧进化,也支持可划分为沼泽型和江河型2个亚种的论断。所以,家牛属物种间在SRY基因具有特殊的变异特征,物种间的父系进化关系分析结果支持前人论断。; 蔡欣赵芳芳孙磊; 关键词：牦牛

牦牛MT-Ⅰ/-Ⅱ cDNA分子克隆及其蛋白质结构分析被引量：6: 2005年; 利用基因特异引物YMTSP1和YMTSP2,通过RT-PCR从牦牛肝脏组织RNA中克隆出了牦牛 MT-Ⅰ(Genbank Accession No:AY513744)和MT-Ⅱ(Genbank Accession No:AY513745)基因编码区全长。将牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ cDNA序列在CBI上进行同源性搜索发现,牦牛MT-Ⅰ/-Ⅱ编码区序列在不同哺乳动物中相当保守。牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ编码的MT-Ⅰ和MT-Ⅱ蛋白分别由61个氨基酸组成,其具有保守的短肽结构如:C-X-C,C-C-X-C-C,C-X-X-C等,其决定MT蛋白分子的整个三维结构,在分子进化上十分保守。同时对牦牛MT的疏水性和跨膜区分析表明,牦牛MT蛋白可能不存在跨膜区,也不存在信号肽,是1种非分泌蛋白。并通过同源比较模建,预测和构建了牦牛 MT-Ⅰ和MT-Ⅱ蛋白的分子空间结构,表明牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ由α-和β-两个结构域组成,在α-结构域含有5个Cys短肽结构,β-结构域有4个Cys短肽结构,且2个结构域由保守的三肽序列KKS 相连。; 马彬云任宏伟吴建平徐明旭张利平向云贺鹏飞蔡欣; 关键词：蛋白质结构分析牦牛 CDNA序列基因编码区跨膜区 MT

POU1F1基因的遗传变异对南阳牛生长发育性状的影响(英文)被引量：12: 2006年; 利用PCR-RFLP技术首次研究了南阳牛群体100个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明,南阳牛群体POU1F1基因座的451 bp的PCR产物被限制性酶HinfⅠ消化后表现多态性,它们的等位基因A／B频率为:0．465／0．535,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时,南阳牛群体POU1F1-HinfⅠ基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明:南阳牛群体内BB与AB基因型个体在初生重、断奶前平均日增重、六月龄体重、体斜长和胸围以及十二月龄的体重、体高、体斜长和胸围指标上有显著差异,且BB>AB(P<0．05);群体内BB型个体在十二月龄体重指标上显著高于群体的AA型个体,即BB>AA(P<0．05),在其他各年龄段的各项体重和体尺指标上同样呈现出B等位基因高于A等位基因的一种趋势。初步认为BB基因型为优势基因型,相应地B为优势等位基因,对选择有正向效应,提示POU1F1基因的B等位基因可能与高生长发育性状有关。; 薛恺陈宏王珊蔡欣刘波张存芳雷初朝王新庄王轶敏牛晖; 关键词：南阳牛 PCR-RFLP POU1F1基因多态性生长发育性状

牦牛基因组串联重复序列(AC)n/(GT)n的分离被引量：1: 2012年; 采用Dynal磁珠-生物素标记的(AC)12探针和牦牛基因组MboⅠ酶切片段杂交,富集牦牛基因组(AC)n/(GT)n串联重复序列并构建基因文库,阳性克隆率达到61.1%。通过对176个阳性克隆的测序获得含有(AC)n/(GT)n重复的序列92条,其中连续型重复序列40条(占43.48%),间断型41条(占44.57%),复合型11条(占11.96%)。从92条序列中又筛选出重复次数大于10次的(AC)n/(GT)n序列59条。相对连续型重复序列,牦牛基因组中间断型重复序列所占比率并没有显著上升,可以推测牦牛自身基因组DNA损伤修复能力的适应性进化水平较高,足以承受高海拔地区强紫外线导致的基因组核苷酸替换突变等自然选择压力。本研究从牦牛基因组分离的全新(AC)n/(GT)n重复序列将在牦牛品种/类群内遗传结构分析、品种/类群之间遗传关系研究以及牦牛个体/群体生产或适应性性状的分子标记研究等方面具有重要应用价值。; 蔡欣泽让东科张修月贾小东岳碧松; 关键词：牦牛

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蔡欣

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