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用生物信息技术初步分析杂交水稻的抗病基因: 2002年; 目的 :通过对水稻全基因组序列信息的分析 ,全局地、宏观地了解各种植物抗病相关基因在水稻中的同源情况 ,发现水稻的抗病相关基因。方法 :利用各种基因预测软件 ,以多种植物的数据库 ,特别是单子叶植物的数据和EST数据库为训练集 ,进行基因的预测。收集各个公用数据库中各种植物抗病相关基因的蛋白序列 ,包括抗病基因 (R基因 )和抗病基因信号传导途径相关基因 ,将它们与水稻基因组数据库比对 ,并进行保守区分析。结果与结论 :发现水稻的抗病相关基因具有较为特殊的R基因类型和独特的信号传导与调控系统 ,这些特性与单子叶和双子叶植物的系统发生有关 ,为加快水稻抗病性研究。; 胡咏武谭军钟兰; 关键词：生物信息技术杂交水稻抗病基因基因组

籼稻细胞色素P450超基因家族成员及其EST证据被引量：5: 2002年; 将预测的籼稻基因同289个已知的拟南芥细胞色素P450基因进行蛋白质序列比对,在籼稻(Oryza sativa L.ssp.indica)工作框架草图中找到了528个可能的细胞色素P450基因,初步认定上述籼稻P450基因来自于已在拟南芥中确定的40个P450基因家族.比较拟南芥和籼稻的细胞色素P450s在基因家族中的分布,发现这两种植物P450基因的家族分布规律总体相似,但也有不同,例如:CYP71,CYP72,CYP76,CYP89,CYP94,CYP709等家族的成员在籼稻中远远多于拟南芥的;CYP705家族的成员在籼稻中没有,但在拟南芥中却多达33个.另外,发现籼稻CYP71和CYP81家族的成员在基因组中成串联重复排列,它们可能是进化过程中基因复制的结果.进一步将这些籼稻P450基因的DNA序列同籼稻表达序列标签(expression sequence tags,ESTs)进行核酸序列比对,为263个可能的籼稻P450s找到了ESTs的证据,说明这些基因在转录水平上确实有所表达.; 钟兰李松岗王凯谭军李蔚; 关键词：籼稻 EST 表达序列标签蛋白质序列核酸序列

家猪基因组随机读序的分析: 通过全基因组鸟枪法测序,获得190万条平均有效读长491bp、有效总读长939.4Mb的家猪随机读序.根据家猪基因组大小的估计值3109Mb,其序列覆盖度为0.3X.为预测人类基因组中的新编码区,我们摸索了一套寻找新编码...; 钟兰; 关键词：RNA基因

家猪基因组含有大量保守非编码区(英文)被引量：1: 2003年; 用 190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组 ,除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区 ,得到大量含有保守非编码区的家猪序列。 11 0 5 %的家猪读序含有“猪人”保守的非编码区序列 ,3 13%的家猪读序含有“猪鼠”保守的非编码区片段 ,1 86 %的家猪读序包含“猪人鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外 ,很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。; 钟兰李蔚李蔚; 关键词：非编码RNA基因

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钟兰