陈楠生
- 作品数：27 被引量：98H指数：6
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院战略性先导科技专项山东省自然科学基金中国科学院院长基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学环境科学与工程天文地球更多>>
- 中国新记录定鞭藻物种冠状棕囊藻的遗传进化分析
- 2023年
- 棕囊藻属(Phaeocystis)分类学上位于定鞭藻门(Haptophyta)定鞭藻纲(Haptophyceae)棕囊藻目(Phaeocystales)棕囊藻科(Phaeocystaceae)。迄今在我国海域仅分离鉴定到一种棕囊藻属物种,即自1997年以来在我国海域频繁形成有害藻华的球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。作者从中国南海分离到一个单细胞鞭毛类株系CNS01077,结合形态特征观察及基于18S rDNA序列的系统发育分析,将其鉴定为冠状棕囊藻(Phaeocystis rex)。这是该棕囊藻物种在我国海域的首次报道。该研究构建了该物种的首个叶绿体基因组序列和首个线粒体基因组序列。与球形棕囊藻和南极棕囊藻的细胞器基因组比较分析发现冠状棕囊藻的细胞器基因组发生了显著的结构重排和序列变异。该物种在我国海域的发现及细胞器基因组的构建,将为棕囊藻的生物多样性组成和地理分布研究提供支撑。
- 宋会银宋会银张梦佳陈楠生
- 关键词：棕囊藻系统发育
- 有害藻华的宏条形码分析:机会与挑战被引量：11
- 2020年
- 宏条形码分析(metabarcoding analysis)是通过对野外样本的分子标记(即条形码)进行PCR扩增、测序,并利用测序结果分析野外样本物种组成、物种相对丰度,及其时空动态变化。这项在近20年里逐步发展起来的分子技术,得益于DNA测序技术的快速发展,包括测序通量的提升和测序成本的降低,以及生物信息学分析方法的快速开发。基于可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)分析方法,特别是最近的扩增子序列变异(amplicon sequence variants,ASVs)方法的开发,极大促进了宏条形码分析的应用。在世界及我国的海洋生态领域,宏条形码分析的应用还处于起步阶段。随着分析方法的日趋成熟,可适用于不同应用领域的分子标记不断增加,以及参考数据库的不断完善,宏条形码分析将释放出广阔的应用潜力。可以预期,宏条形码分析将在系统分析我国近岸海域有害藻华物种(及其他浮游生物物种)的组成和相对丰度中起关键作用,通过发现新物种,辨别隐存种,跟踪物种的生物地理学,进而帮助解析有害藻华暴发机理。
- 陈楠生
- 关键词：分子标记生物地理学
- 中国对虾摄食行为的化学感觉生理学研究──Ⅱ.中国对虾进食过程中的化学感觉被引量：4
- 1996年
- 中国对虾成体的进食行为受接触化学感觉的调控，接触化学感觉的主要 作用是对食物进行选择。引起中国对虾进食行为的化学物质主要是一些小分子量 的可溶化合物，如氨基酸、有机酸等，天然食物的匀浆也有较强的效果。在浓度为 １０－４ｍｏｌ／Ｌ时．引起中国对虾进食行为较强的化学物质包括天冬氨酸、谷氨酰胺， 精氨酸和赖氨酸等。接触化学感受器主要位于组成前口腔的感觉刚毛里。还研究 了ｐＨ对中国对虾进食敏感性的影响，发现酸性刺激物（低ＰＨ的自然海水）能有效 地引起对虾的进食行为．而碱性刺激物不能引起对虾的进食行为。
- 陈楠生
- 关键词：中国对虾化学感觉摄食行为生理学
- 美国正在抓住发展海水养殖业的契机
- 1994年
- 樊云真陈楠生
- 关键词：养殖业鲱鱼
- 甲壳动物化学感觉研究进展被引量：5
- 1992年
- 本文从甲壳动物化学受体的形态、动物个体的行为反应以及化学感觉神经元的电生理三方面综述了甲壳动物化学感觉研究近20年的进展。水生动物,如甲壳动物特别是底栖甲壳动物,主要依赖化学感受器获得其生存环境的信息,从而表现出摄食、逃避捕食者、觅偶、交配、洄游等各种不同的行为反应。早期的研究主要是直观的行为观察和化学感受器的形态描述,内容偏重于动物的摄食习性和化学感受器的结构及其分布。随后电生理方法和电镜技术的引入,使化学感觉生理学的研究深入到细胞水平,发现了受体细胞的一些特性,如低自发放电频率、低阈值、调制、适应和去适应、范围分级等。另外,还提出了甲壳动物化学受体对化学信号的两种基本编码方式,即单线编码模式和交叉神经元模式。
- 陈楠生孙海宝
- 关键词：甲壳动物化学感觉化学感受器
- 中国对虾摄食行为的化学感觉生理学研究
- 陈楠生
- 山东近海赤潮物种多样性研究进展被引量：1
- 2023年
- 山东近海浮游植物多样性很高,其中包括很多能够引发赤潮的赤潮物种。在气候变化和人类活动的双重影响下,山东近海赤潮事件的规模越来越大,赤潮暴发频率也越来越高,给生态环境及人类健康带来负面影响,从而引起越来越大的关注。为系统了解山东近海的赤潮物种多样性,评估潜在的赤潮暴发事件,对过去84年间(1936~2019年)完成的以山东近海浮游植物为研究对象的生态研究项目进行了全面的文献检索,并对文献报道的结果进行了整理和分析。这些生态研究项目基本都采用了基于形态特征的方法对浮游植物进行了物种鉴定。对检索到的119个生态研究项目的鉴定结果汇总得到659种浮游植物,其中包括155种赤潮物种,以硅藻(78种)和甲藻(67种)为主,还包括棕鞭藻(5种)、定鞭藻(2种)、隐藻(1种)、未定类的三深碎裂藻(Ebria tripartite)和红色中缢虫(Mesodinium rubrum)。鉴定频率最高的赤潮物种包括中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、旋链角毛藻(Chaetoceros curvisetus)、尖刺伪菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens)、夜光藻(Noctiluca scintillans)和短角弯角藻(Eucampia zodiacus)。由于这些调查研究采用的基于形态特征的物种鉴定方法,对细胞尺寸较小、形态特征不显著以及固定过程中不稳定的物种往往做不到准确鉴定,且形态学鉴定还受到研究者经验的影响,因此,这些鉴定结果不能全部代表甚至可能严重低估了山东近海的赤潮物种多样性。在该文统计的155个赤潮物种中,只有118个物种的18S rDNA V4区序列得到解析,从而可以在宏条形码分析中可以得到鉴定。未来的研究应该将形态学方法与分子学方法结合起来,并且解析所有赤潮物种的分子标记(包括18S rDNA V4)序列,从而更好地跟踪山东近海的赤潮物种多样性及其时空动态分布,为赤潮预警预报提供依据。
- 陈楠生丁翔翔崔宗梅
- 关键词：生物多样性浮游植物
- 青岛近海球形棕囊藻的宏条形码分析
- 2023年
- 自1997年球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)赤潮首次在我国南海海域暴发以来,该赤潮在我国南海和渤海的多个海域频繁暴发,表明球形棕囊藻在我国海域的分布比较广泛。尽管如此,在此之前开展的分类和生态调查研究均未发现我国海域球形棕囊藻的存在。近年来基于分子标记扩增和高通量测序的宏条形码分析检测到了球形棕囊藻,显示出宏条形码分析对球形棕囊藻鉴定的优势。然而,由于包括球形棕囊藻在内的定鞭藻的18S rDNA序列具有较高的G(Guanine,鸟嘌呤)C(Cytosine,胞嘧啶)含量等特点,导致针对球形棕囊藻的宏条形码分析结果在很大程度上依赖分子标记的选择或PCR扩增引物的选择。以青岛栈桥海域样本为研究对象,评估了扩增通用分子标记18S rDNA V4的两套常用PCR引物(即Stoeck引物和Song引物)对球形棕囊藻的宏条形码分析结果的影响,并利用Song引物对青岛近海2021年冬季突发性球形棕囊藻赤潮样本开展了宏条形码分析。分析发现不同引物对定鞭藻门物种的分析结果具有显著影响。利用Stoeck引物的宏条形码分析没有获得任何对应的定鞭藻的ASV(amplicon sequence variant,扩增子序列变异);与此相比,利用Song引物的宏条形码分析鉴定了76个定鞭藻ASVs,说明Song引物能够有效扩增定鞭藻的18SrDNAV4序列。利用Song引物对青岛栈桥海域2021年9月逐日样本展开的宏条形码分析发现了两个注释为球形棕囊藻的ASVs(ASV_2和ASV_6),表明青岛栈桥海域不仅存在球形棕囊藻,而且具有一定的遗传多样性。利用Song引物对青岛近海2021年冬季突发性球形棕囊藻赤潮样本的宏条形码分析也发现了ASV_2和ASV_6,并且发现这两种ASVs的相对丰度显示出不同的时间变化过程,表明它们代表了不同的球形棕囊藻株系。其中ASV_2代表的球形棕囊藻株系随着西海岸赤潮暴发呈现出先增加后减少的趋势,相对丰度较高,而AS
- 王一奇丁翔翔宋会银宋会银
- 关键词：球形棕囊藻赤潮分子标记PCR引物
- 中国海域赤潮物种多样性被引量：1
- 2023年
- 遍布全球的赤潮问题近几十年来在我国海域愈演愈烈,成为我国海域最突出的生态灾害之一,严重威胁人类健康、生态安全和社会经济发展。随着研究的深入,我国海域越来越多的赤潮物种及隐存种得到鉴定,分类地位也经过不断修订,但是这些信息零散,不利于研究者系统认识和跟踪研究我国海洋赤潮物种。为此,文章整理了国内外赤潮物种研究资料,并参照联合国教科文组织全球有害藻华物种分类参考名单(2021年版,仅包括有毒赤潮物种)内容,完成了赤潮物种统计,共收录了341个赤潮物种,既包括有毒赤潮物种,也包括无毒赤潮物种。在这341个赤潮物种中,大部分(215种)在中国海域也得到鉴定,其中76个物种在所有主要海域都得到鉴定。近年来,基于通用分子标记(比如18S rDNA序列)的宏条形码分析被广泛应用于针对赤潮物种的鉴定和研究,成为研究赤潮物种组成及其时空动态变化的重要手段。然而,这341个赤潮物种中近30%的物种其18SrDNA序列尚未得到解析,严重限制了宏条形码方法的充分应用,是推行宏条形码分析中的重要瓶颈。全面构建赤潮物种分子标记可以促进宏条形码分析方法作为新一代海域生态调查分析技术,更好地将其应用于解析我国海域赤潮物种的多样性及时空动态变化特征,把赤潮研究推向一个新台阶。
- 陈楠生张梦佳刘淑雅崔宗梅
- 关键词：生物多样性分子标记
- 海洋生物多样性中心形成与演变机制的比较基因组研究进展
- 2021年
- 在大气圈、水圈、岩石圈和生物圈等多圈层相互作用下,全球范围内海洋生物多样性中心的地理位置、物种组成结构和优势度都呈动态变化。迄今,海洋生物多样性中心的形成与演变机制在生态、遗传和分子等层面正逐步得到解析。在生态层面,学界涌现出了物种形成中心、物种汇聚中心、物种重叠中心和物种保存中心等重要科学假说,解析了生物多样性分布格局的重塑以及生物多样性中心的形成机理;其中,地质和洋流等是生物多样性分布格局形成的重要制约因素,从而形成了类似华莱士区这样具有特殊生物多样性的区域。在遗传层面,物种种内或种间频繁的基因交流和适应性辐射可以促进生物间不同基因型和表型的重新组合,衍生出更高更复杂的生物多样性水平,进而加速了生物多样性中心的形成。在分子层面,染色体进化、基因组多倍化、超级基因形成、基因复制、基因渗入、水平基因转移、遗传通路的进化和调控元件的进化等分子调控与进化机制可以引发新性状的形成和物种的多样化,从而推动生物多样性中心的形成。本文重点介绍了比较基因组学方法在揭示海洋生物多样性形成与演变的分子生物学机理方面的研究进展。对于海洋生物多样性中心形成和演变机制的深入了解,不仅可以提高我们对生物多样性动态变化理论的认知,亦可以促进海洋生物多样性保护和资源利用手段的改进和提高。
- 陈楠生
- 关键词：比较基因组学基因家族基因渗入
