黄林
- 作品数：79 被引量：104H指数：5
- 供职机构：西南民族大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金四川省应用基础研究计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程医药卫生更多>>
- 藏系绵羊KRT26基因的克隆测序和组织表达分析被引量：1
- 2015年
- 为了克隆藏系绵羊KRT26基因序列,并研究其组织表达谱,试验从藏系绵羊皮肤中提取总RNA,用RT-PCR技术克隆KRT26基因,并进行了氨基酸序列测定和荧光定量PCR分析。结果表明:获得了1 407 bp的编码区序列,该序列与绵羊KRT26基因的预测序列仅有1个碱基差异,推导的氨基酸序列相同,与牛、人、小鼠KRT26的氨基酸序列相似性依次为94.44%、79.44%和73.32%。KRT26基因在藏系绵羊的心脏、肝脏、脾脏、肾脏、脂肪、皮肤中均有不同程度表达,但在皮肤的表达量远远高于其他组织,表现出极高的组织特异性。
- 李彩霞黄林王永付伟任亮林亚秋郑玉才
- 关键词：藏系绵羊基因克隆组织表达谱
- 建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析被引量：6
- 2020年
- 试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。
- 周凡莉黄卫平金素钰杨世忠黄林饶开晴郑玉才
- 关键词：建昌马D-LOOP系统进化
- 牦牛和雄性不育犏牛睾丸蛋白磷酸酶甲酯酶-1表达水平的比较被引量：1
- 2016年
- 为了阐明牦牛杂交后代雄性不育的分子机制,进一步验证蛋白磷酸酶甲酯酶-1(PPME1)在牦牛和杂交雄性不育犏牛睾丸中的表达差异,试验提取健康成年牦牛(n=9)和雄性不育犏牛(n=7)睾丸组织总蛋白,以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)为内参,采用Western-blot技术检测PPME1蛋白在牦牛和犏牛睾丸组织中的相对表达水平。结果表明:PPME1在牦牛睾丸组织中的表达水平显著高于犏牛(P<0.05)。说明PPME1在犏牛睾丸中的低表达可能与其雄性不育存在关联。
- 屈兵兵白文林黄林金素钰付伟郑玉才
- 关键词：牦牛犏牛蛋白磷酸酶2A
- 齐兴肉兔和伊拉兔MC4R、GHR基因SNP的检测
- 2019年
- 为了探索兔黑素皮质素受体-4(MC4R)、生长激素受体(GHR)基因的部分单核苷酸多态性(SNP)及其与不同兔品种生长速度之间的关联,试验采用Chelex 100从齐兴肉兔和伊拉兔(n=60)血中快速提取基因组DNA,用PCR扩增MC4R、GHR基因部分片段并直接测序.结果发现:两品种兔GHR基因检测出1个SNP位点g.63343609 T>G,为同义突变,该位点仅检测到G等位基因;MC4R基因检测出5个SNP且均为同义突变,各个位点的基因型频率在齐兴肉兔和伊拉兔之间存在不同程度的差异.推测MC4R基因的单核苷酸多态性可能与兔的生长速度有关联.
- 刘兰俞成浩邝良德黄林金素钰杜倩男周凡莉郑玉才
- 关键词：MC4RGHR单核苷酸多态性
- 牦牛和雄性不育犏牛睾丸组织microRNA及其表达差异
- <正>牦牛(Bos grunniens)与普通牛(Bos taurus)的种间杂交后代(犏牛)雄性不育的分子机制,一直是牦牛研究中的难点科学问题。本研究通过高通量测序技术,比较牦牛和犏牛睾丸中microRNA(nliRN...
- 李彩霞黄林付伟任亮金素钰林亚秋郑玉才
- 文献传递
- 牦牛和犏牛睾丸SAMD12基因的克隆测序及其mRNA水平比较被引量：1
- 2016年
- SAMD12是新近发现的SAM结构域家族成员.为进一步探究犏牛雄性不育的分子机制,实验从健康成年牦牛(n=10)和雄性不育犏牛(n=7)睾丸组织中提取总RNA,利用常规基因克隆技术,对牦牛SAMD12基因进行克隆测序,并采用实时荧光定量PCR技术,比较牦牛和犏牛睾丸中SAMD12基因mRNA水平.结果本实验克隆获得了牦牛SAMD12基因的3种变异体,分别命名为v715、v779和v852.v715与普通牛5号变异体完全对应;v779含SAM结构域但与普通牛序列存在一些差异,可能是SAMD12基因的新变异体类型;v852无结构域部分可能不表现活性.定量PCR结果显示:SAMD12基因在牦牛和犏牛睾丸中均有表达,但表达量差异不显著,推测其表达水平与犏牛雄性不育无直接关系.
- 杨乐黄林金素钰雷杰雯郑玉才
- 关键词：牦牛犏牛睾丸
- 毛细管电泳分析牦牛肉中肌苷酸含量方法的优化
- 2014年
- 为提高毛细管电泳(CE)测定牦牛肉中肌苷酸(IMP)含量的效率,用高氯酸法提取3岁公牦牛(n=8)背最长肌中的IMP,然后用短毛细管柱(有效长度30 cm)检测IMP含量.结果表明,短毛细管柱与长毛细管柱(有效长度50 cm)相比,测定的IMP含量十分接近,而且短柱获得的峰形更尖锐,检出时间缩短到3.5 min,在IMP浓度为10μg/ml^160μg/ml范围内具有良好的线性关系(R2=0.9974);通过精密度、加标回收率测定,以及IMP与其他几种核苷酸一磷酸的分离,均显示短毛细管柱对IMP的分离定量与长毛细管柱相近.建立了一种快速、低成本检测牦牛肉中IMP含量的方法.
- 任亮于淼黄林王鹏非金素钰郑玉才
- 关键词：牦牛毛细管电泳肌苷酸
- 犏牛体外受精胚胎的发育转录组分析被引量：2
- 2018年
- 本研究旨在探讨犏牛早期胚胎发育调控机制,为提高犏牛胚胎体外生产效率提供理论基础。以娟珊牛精子体外受精(IVF)牦牛卵母细胞获得的2-、4-、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个阶段的杂种胚胎分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增、构建测序文库,应用RNA-Seq技术进行高通量测序分析。对HiSeqTM2500测序所得的Raw Reads进行数据过滤后,得到5个发育阶段的犏牛早期胚胎的Clean Reads为47 791 850~63 332 216条,有80.00%~91.13%比对上参考基因的序列。4-细胞期表达的基因数最多(15 400),而桑椹胚表达的基因数最少(9 604)。以log2ratio≥1,Q-value<0.05为阈值,获得2-~4-细胞、4-~8-细胞、8-细胞~桑椹胚及桑椹胚~囊胚4个发育阶段的差异表达基因(DEGs)分别为3 690、6 332、8 965和10 298个。GO分析表明,4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3大类67个二级条目。KEGG分析表明,牦牛早期胚胎发育过程中DEGs富集的主要通路有剪接体(Spliceosome)、神经活性配体-受体互作(Neuroactive ligand-receptor interaction)、细胞因子及其受体相互作用(Cytokine-cytokine receptor interactions)、泛素介导的蛋白水解(Ubiquitin mediated proteolysis)、RNA转运(RNA transport)等通路。本研究利用RNA-Seq技术对犏牛体外受精胚胎在发育不同阶段转录组进行了分析,获得了众多差异基因和有关通路的富集,为完善犏牛胚胎体外生产技术提供了理论基础。
- 字向东刘霜夏威熊显荣黄林张正帆李志雄李键钟金城王利朱江江
- 关键词：犏牛体外受精胚胎转录组RNA-SEQ
- 藏系绵羊MSX2和HOXA4基因的克隆与序列分析
- 2014年
- 对藏系绵羊的同源异型基因家族的两个成员(MSX2和HOXA4基因)进行克隆测序,为其功能分析奠定基础。从藏系绵羊皮肤中提取总RNA,采用常规的基因克隆方法,获得了MSX2和HOXA4基因编码区序列,长度分别为804 bp和552 bp。序列比对显示,MSX2基因与预测的绵羊序列存在多个碱基差异;藏系绵羊HOXA4基因与预测的山羊序列间只有1个碱基差异,但与绵羊的预测序列差异大。
- 付伟任亮王永李彩霞黄林林亚秋郑玉才
- 关键词：藏系绵羊毛囊
- 两个藏系绵羊类群细胞色素氧化酶Ⅰ基因序列多态性及系统进化分析被引量：4
- 2014年
- 为了从分子水平研究藏系绵羊贾洛类群和红原类群的遗传多样性和系统进化，试验采用PCR和测序方法对贾洛类群、红原类群、新疆细毛羊共25个样品的线粒体细胞色素氧化酶I（COI）基因全序列进行分析。结果表明：3个绵羊品种（类群）的COI基因序列全长为1545bp，共定义11种单倍型，单倍型多样性为0．464—0．806，核苷酸多样性为0．00227～0．00461，红原类群的遗传多样性比贾洛类群和新疆细毛羊丰富。25只个体的系统发育树呈现3个明显分支，支持绵羊有3个独立母系起源的观点；红原类群和新疆细毛羊为3个支系，贾洛类群为2个支系。3个群体间的分子系统发育树显示，红原类群与贾洛类群聚在一起，新疆细毛羊为相对独立的一支。说明COI基因可以用于分析绵羊品种间或不同类群间的系统进化。
- 高杰徐亚欧黄林金素钰林亚秋郑玉才
- 关键词：藏系绵羊系统进化
