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大肠癌转移相关基因表达调控的生物信息学分析被引量：5: 2013年; 大肠癌是常见的消化道恶性肿瘤,在中国呈逐年上升的趋势。对大肠癌发生发展转移的研究能够指导临床治疗,对研发新药也有着重要意义。本文通过对表达谱数据进行分析,通过表达谱差异数据进行功能富集,研究了大肠癌转移前的早期原发肿瘤的转录调控特点以及远隔器官转移后的大肠癌的转录调控特点,筛选出了部分能够受到多重调控并在转移后肿瘤组织中高表达的关键基因,通过对这些基因相互作用关系研究,构建出转移后关键基因相互作用调控网络,为大肠癌的治疗提供更多潜在靶点。; 齐鲁丁彦青; 关键词：大肠癌调控网络 MIRNA

大肠癌转移相关分子标签的筛选被引量：5: 2012年; 目的:筛选与转移相关的大肠癌分子标签。方法:本文通过对大肠癌表达谱数据进行分析,按照表达谱中大肠癌转移情况,组织学分化程度以及患者生存时间进行显著性分析,将与大肠癌转移相关的具有显著性意义的基因群进行聚类,通过主成分分析以及自组织映射的方法计算出差异表达基因中,起着主体分类作用的基因群。结果:筛选出与肿瘤组织分化程度以及患者生存时间相关的差异表达基因,进行功能富集,并筛选出了一批与大肠癌转移密切相关的重要基因,这些基因对大肠癌早期诊断,及时治疗,预后评估有着重要意义。结论:细胞代谢,趋化因子信号通路和细胞因子受体等分子事件与大肠癌分化程度密切相关,是否发生转移与大肠癌的预后生存期密切相关。; 齐鲁袁理吴萍冶亚平丁彦青; 关键词：大肠癌

HPV基因的进化分析被引量：2: 2012年; 目的:HPV有许多类型,其大致可分为高危型和低危型,高危型HPV感染是导致宫颈癌发生的首要原因,在HPV基因组中,E6基因是促进宫颈细胞癌变的关键基因,本文主要研究HPV中的E6基因在各种不同型别的HPV中的进化关系,并对E2基因碱基替换率进行分析,探讨高危型HPV与低危型HPV的区别。方法:本文对不同类型HPV E6氨基酸序列构建系统发生树,探讨识别高危型HPV可能的一致序列,对E6基因其中一处能导致恶性程度增加的突变进行分析。并对HPV16与其位于同一颗树的HPV35和HPV31计算相对碱基替换率。结果:高危型HPV均源自同一株病毒株的进化。各种HPV型别中,高危型HPV E6蛋白对应于HPV16 E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸更为保守,HPV中除E2以外的其他基因的非同义替换率均小于同义替换率。结论:HPV E6蛋白对应于HPV16 E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸能更好地实现HPV E6蛋白的致癌作用。HPV基因中除E2以外的基因在进化过程中都较为保守,是HPV增殖生长的关键基因,而E2部分区域非同义替换率大于同义替换率,说明E2这部分区域的突变能够更好的促进HPV的增殖和生长。; 齐鲁袁理吴萍冶亚平丁彦青; 关键词：HPV E6 系统发生树宫颈癌

CREB5在大肠癌转移中的调控机制被引量：1: 2014年; 大肠癌转移过程中所涉及的细胞信号调控网络非常复杂,寻找调控网络中的关键调控点对阐明大肠癌转移机制以及寻找药物治疗靶点均具有重要意义。研究表明,CREB5(cAMP responsive element binding protein 5)可能为大肠癌转移相关信号调控网络中的关键基因。文章基于大肠癌表达谱数据,根据CREB5基因表达值的大小对大肠癌的相关分子事件进行了富集分析,发现这些分子事件与肿瘤转移密切相关。根据CREB5能够和c-Jun结合成为异二聚体的特点,联合分析转录因子AP-1结合位点的富集情况,筛选出在CREB5基因高表达组中表达上调、具有AP-1结合位点、且属于癌症通路的基因16个,这些基因所构成的分子网络与细胞迁移功能类相关度最高。细胞迁移功能类主要由5个基因——CSF1R、MMP9、PDGFRB、FIGF和IL6所构成,因此CREB5可能是通过调控这5个关键基因进而促进大肠癌的转移。; 齐鲁丁彦青; 关键词：大肠癌生物信息学

大肠癌患者生存相关基因的筛选与网络调控分析被引量：4: 2014年; 本研究筛选了与大肠癌患者生存期相关的关键基因,以探索这些基因所参与的信号调控网络.在前期研究中,通过对大肠癌相关表达谱数据GSE17538使用显著性分析软件SAM3.01对大肠癌患者生存期相关的基因进行筛选,得到了与大肠癌患者生存期相关的基因235个.对这235个基因进行以下筛选和分析:首先对235个基因进行转录因子结合位点富集分析,筛选含有转录因子结合位点数目大于7个的基因,再将这些基因与大肠癌上调基因集取交集,最后将筛选出的基因进行生存分析及网络调控分析,明确这些基因与大肠癌患者生存期的关系及在大肠癌细胞信号调控网络中所参与的信号网络.通过上述分析筛选出的与大肠癌患者生存期相关,受转录因子调控较多,且在大肠癌中表达上调的基因有6个,分别为STX2,PODXL,KLK6,GRB10,EHBP1和CREB5.这些基因所参与的信号调控网络与大肠癌转移相关信号通路相关.大肠癌患者生存期与大肠癌转移密切相关,生存期相关的6个基因通过调控大肠癌转移相关信号通路影响患者的生存期.; 齐鲁丁彦青; 关键词：生存期大肠癌转录因子生物信息学

吩噻嗪类药物潜在抗肿瘤作用机制研究被引量：1: 2013年; 通过对3种吩噻嗪类药物进行分析,探讨3种吩噻嗪类药物潜在抗肿瘤的作用机制.首先通过预测能够与氯丙嗪、氟奋乃静和三氟拉嗪相互作用的靶蛋白,然后对3种药物的靶蛋白取交集,对交集蛋白进行细胞信号通路富集和相关疾病富集,提取属于肿瘤的富集类,进而通过蛋白相互作用网络调控分析,阐明这些靶蛋白在肿瘤中的作用机制,从而明确吩噻嗪类药物潜在抗肿瘤的作用机制.细胞信号通路富集和相关疾病富集结果均显示,得分最高的类别为肿瘤,在属于肿瘤类别的靶蛋白中,包含有Wnt,MAPK,维甲酸受体等信号通路成员.并且与靶蛋白相关的细胞信号级联传递过程中,MAPK8能够间接作用于靶蛋白CDK2,IGF1R,GSK3B,RARA,FGFR2和MAPK10进而影响肿瘤细胞的分裂与增殖.因此,吩噻嗪类药物可能具有潜在的抗肿瘤作用,其与肿瘤相关的靶蛋白在细胞信号级联转导过程中发挥着关键作用.; 齐鲁丁彦青; 关键词：吩噻嗪抗肿瘤生物信息学靶蛋白

TIAM1基因与大肠癌上皮间质转化的相关性及其相关miRNA的生物信息学分析被引量：1: 2013年; 目的:对TIAM1基因进行生物信息学分析,探讨TIAM1基因在大肠癌细胞中的生物学功能及其在细胞信号网络中的作用。方法:通过miRNA预测工具预测与TIAM1相互作用的miRNA,通过TIAM1基因敲除的大肠癌细胞株SW480表达谱数据分析与TIAM1基因缺失相关的miRNA。综合2种分析,挑选出最可能与TIAM1相关的miRNA。预测此miRNA的靶基因,并对靶基因进行通路富集,富集结果与TIAM1相互作用蛋白通路富集结果进行比较。将TIAM1缺失的SW480表达谱数据比野生型SW480表达谱数据中对数比大于1的基因集进行通路富集。对TIAM1相互作用蛋白网络中的蛋白进行通路富集。对TIAM1间接作用于上皮间质转化(epithelial mesenchymal transition,EMT)标志物E-cadherin和Vimentin的中间传递蛋白进行通路富集。结果:直接预测与间接预测均表明miRNA hsa-mir-340最可能与TIAM1相互作用,通过通路富集结果的比较也发现hsa-mir-340功能上与TIAM1协同。对TIAM1缺失的SW480表达谱数据分析发现,TIAM1缺失后P53信号通路、DNA损伤的应答反应、Toll样受体信号通路等表达上调,表明TIAM1缺失可能与抑瘤作用增强相关。对TIAM1相互作用蛋白的通路富集可以发现TIAM1相互作用蛋白参与了细胞黏附、细胞骨架重构、细胞增殖与生长等信号通路,与肿瘤的发生发展密切相关。对TIAM1与EMT标志物E-cadherin和Vimentin的中间传递蛋白分析发现其主要由转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)受体、雄激素受体、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路的成员构成。说明这些信号通路可能与TIAM1促进大肠癌EMT的发生相关。结论:预测hsa-mir-340能够调控TIAM1的表达,TIAM1的缺失可能导致抑瘤作用增强,TIAM1相互作用蛋白与肿瘤的转移密切相关。TIAM1可能通过TGF-β受体、雄激素受体、NF-κB、MAPK等信号通路影响EMT; 付静齐鲁丁彦青; 关键词：TIAM1 大肠癌生物信息学

应用生物信息学筛选大肠癌转移相关小分子化合物被引量：2: 2013年; 目的筛选并分析与大肠癌转移相关的小分子化合物。方法首先通过大肠癌早期转移组织表达谱数据与正常大肠组织数据进行统计学比较,筛选出差异表达基因,再通过差异表达基因与小分子的对应模式筛选出与大肠癌早期转移相关的小分子化合物,最后通过分析小分子化合物的靶蛋白在大肠癌疾病类中的富集情况,筛选靶蛋白中与大肠癌相关的部分靶蛋白,结合大肠癌表达谱的表达情况以及小分子化合物与靶蛋白的结合情况筛选最相关的靶蛋白并进行网络调控情况分析。结果通过小分子化合物的富集分析,tanespimycin得分最高,并且其靶蛋白在大肠癌疾病类中富集程度最高,说明tanespimycin与大肠癌关系密切;综合表达情况以及分子结合强度,明确与大肠癌相关的靶蛋白CHEK1、AURKA、GSTP1、NQO1可能为tanespimycin对大肠癌转移治疗作用中的关键蛋白,并且这4个靶蛋白构成的网络参与了与药物代谢相关的生物进程,进一步说明其与tanespimycin的关系。结论 tanespimycin可能是能够抑制大肠癌早期转移的小分子化合物,其主要通过与其相互作用的靶蛋白CHEK1、AURKA、GSTP1、NQO1调控大肠癌转移相关的信号网络。; 齐鲁丁彦青; 关键词：大肠癌基因靶蛋白

肺癌基因异常表达与化疗药物的相关性分析被引量：3: 2014年; 目的通过肺癌基因表达谱分析与肺癌相关的化疗药物,探讨化疗药物与肺癌基因表达异常的相关性。方法首先通过统计学方法比较肺癌组织以及正常肺组织的表达谱数据,筛选出这两类组织的差异表达基因。明确肺癌组织基因的异常表达情况。然后通过差异表达基因与药物的关联分析,筛选肺癌组织中上调的差异表达基因所对应的化疗药物,最后筛选能够与多个化疗药物均相对应的基因,对这些基因进行网络调控分析,明确这些基因间的可能调控关系。结果筛选出在肺癌组织中表达上调的异常表达基因共397个,对应的常用化疗药物有6种,其中TOP2A、MAD2L1、BIRC5这三种基因对应着多个化疗药物,且MAD2L1可能通过P53直接或间接调控TOP2A和BIRC5的生物学功能。结论肺癌组织中表达上调的基因TOP2A,MAD2L1,BIRC5与肺癌的化疗效果可能有一定相关性,MAD2L1可能影响TOP2A,BIRC5的生物学功能。; 齐鲁丁彦青; 关键词：肺癌生物信息学化疗药物

格林Gs环保试剂制备的组织样本与常规试剂制备的组织样本提取DNA荧光定量PCR效果比较: 用GS标本系装试剂列套，制作的石蜡切片提取DNA。进行实时荧光定PCR技术扩增、结果分析，并与常规组织固定，脱水，包埋作的石蜡切片进行比较。结果没有大的差别。格林GS标本推出的组织固定脱水系列套装试剂能较好保存病理组织中...; 张进华李显筝齐鲁; 关键词：肿瘤病理学 DNA提取荧光定量PCR

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