徐庆刚
- 作品数：19 被引量：69H指数：6
- 供职机构：江苏大学生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省高校自然科学研究项目国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学化学工程更多>>
- 丙型肝炎病毒5个基因的正选择位点研究被引量：2
- 2012年
- 按照时间和亚型筛选丙型肝炎病毒5个主要基因(E1、E2、NS3、NS5A和NS5B)的正选择位点,并分析其变化规律。研究结果表明这些基因在总体上均受到纯化选择压力(平均ω<1),且大小依次是E2
- 王真真丁娜刘俊徐庆刚
- 关键词：丙型肝炎病毒
- 枯草杆菌重组水蛭素的分离纯化工艺研究(摘要)(英文)被引量：7
- 2009年
- [目的]优化枯草杆菌重组水蛭素的分离纯化工艺。[方法]通过系列预处理和初步层析和精细纯化试验。发酵液固液分离和预处理:大批的发酵液采用连续流离心,取上清液,滴加50%三氯乙酸,当pH值达到2.2～2.5时停止滴加,静置1 h,离心,取上清液,用饱和NaOH调pH值回中性。然后利用SYNDER-UF202型超滤装置进行超滤浓缩脱盐,先用孔径为0.1μm的滤膜芯进行微滤除大固粒,再用截留分子量为1 000 Da的超滤膜芯进行超滤浓缩,加蒸馏水重复超滤浓缩脱盐。然后在等电点pH 4.0左右进行6倍体积的乙醇沉淀浓缩。离子交换初步层析:最佳pH值8.0,以Tris-HCl缓冲体系为佳;强阴离子交换选用Q Sepharose F.F.介质;系统电导率6 ms/cm,水蛭素的最大上样量以每毫升介质240 ATU为佳,流速1 ml/min;优化工艺在强阴离子交换HiPrep 16/10Q上放大。Sephacryl S-100凝胶过滤柱纯化水蛭素:在一定流速范围内,流速对纯化效果影响不大,上样量可在10ml左右。[结果]优化的分离纯化路线为:大量发酵液→离心→三氯乙酸处理(91%回收率)→再离心→超滤浓缩脱盐(80%回收率)→乙醇沉淀浓缩(82%回收率)→强阴离子交换(90%回收率)→硫酸氨沉淀浓缩(90%回收率)→Sepharcyl S-100凝胶过滤(回收率93%)→纯品(总回收率=91%×80%×82%×90%×90%×93%=45%,纯度95.1%)。[结论]可为进一步工业化分离纯化水蛭素研究提供借鉴。
- 陈华友齐向辉耿旭徐庆刚
- 关键词：水蛭素枯草杆菌离子交换分离纯化
- 罗氏HIV-1定量检测引物SK145和SKCC1B的评估及优化
- 2014年
- 目的:评估罗氏HIV-1检测系统中引物SK145和SKCC1B对不同亚型HIV-1病毒定量检测的广谱性及准确性,并在此基础上对该引物进行优化。方法:下载并分析5个主要HIV-1流行亚型(B、C、A、01_AE、D)在引物SK145和SKCC1B扩增区段的对应序列,从各亚型筛选出所占比例最高的5条序列构建定量标准品。用梯度稀释的HIV-1各亚型标准品来评估引物SK145和SKCC1B的扩增效率。为改善引物SK145和SKCC1B对HIV-1不同亚型扩增的准确性和广谱性,我们重新设计了一对简并引物并分析其对不同亚型病毒的扩增效果。结果:引物SK145、SKCC1B对于B亚型病毒的扩增效果最好,而对非B亚型病毒的扩增效果并不理想,简并引物能显著改善对各亚型HIV-1病毒扩增的效果。结论:罗氏引物SK145和SKCC1B不适用于非B亚型HIV-1病毒载量的定量检测,而优化设计的简并引物能改善对各亚型HIV-1病毒的扩增效率,因而可用于中国等HIV-1多亚型共流行国家的HIV-1病毒载量检测。
- 樊路娟张春霞徐庆刚张驰宇
- 关键词：人类免疫缺陷病毒1型实时荧光定量PCR
- 新一代焦磷酸测序平台在HIV／AIDS研究中的应用
- 2013年
- Ⅰ型人类免疫缺陷病毒（ human immunodefi-ciency virus type 1， HIV-1）是引起全世界范围艾滋病（ AIDS）流行的最主要病原体。 HIV-1属逆转录病毒科，其基因组由两条相同的正链RNA构成。要完成自身的复制（增殖），必须经历由基因组RNA逆转录形成cDNA （ complementary DNA ）的过程，故每复制一代都会向基因组中引入一定频率的新的变异，从而导致了HIV-1在传播与进化过程中产生了众多亚型（ subtype ）及复杂的重组型（ circulating re-combinant form ，CRF），而它们之间又可发生共感染（ coinfection ）与超感染（ superinfection ）。再加之抗逆转录治疗过程中产生的各种抗药性突变准种，最终为AIDS的诊断、治疗及疫苗的研发带来了极大的障碍。因此准确分析各HIV-1亚型、重组型及抗药性准种的基因组序列，对于深入了解HIV-1的传播、进化特点和AIDS的有效诊断、防控甚至攻克，具有极其重要的意义。但与此同时，也对基因测序技术的通量、速度、准确度等提出了更高的要求。
- 郝伟明徐庆刚张春霞张驰宇
- 关键词：HIV焦磷酸测序逆转录病毒科
- 家蚕耐氟基因RAPD分子标记的筛选及其克隆(英文)被引量：5
- 2004年
- 以家蚕耐氟品种T6和高敏感品种 73 3新为材料 ,并构建其近等基因系 ,采用 3 0 0个随机引物进行RAPD扩增 ,获得了与家蚕耐氟性有关的一个分子标记S2 0 7,并在F2 代分离个体中得到验证 ,证明了此分子标记的可靠性 ,进而将此标记克隆进T载体pUCm T中 ,完成了测序 ,分析发现此序列是新的未有报道的序列。计划下一步将此RAPD标记转化成SCAR标记 ,建立分子标记辅助育种技术体系。
- 徐庆刚陈克平姚勤刘晓勇
- 关键词：RAPD分子标记克隆近等基因系耐氟性
- 宿主细胞对HIV-1复制的限制性被引量：2
- 2013年
- HIV-1感染的主要靶细胞是宿主的CD4+T淋巴细胞,使宿主的免疫机能下降。在HIV-1与宿主的长期进化中,它们之间逐渐形成了复杂的入侵与反入侵关系。人类已经进化出多种机制来抵制HIV-1的感染和复制。宿主细胞内的限制性因子是抑制HIV-1复制的主要机制之一,也是研究人员比较关注的一类机制。SAMHD1作为最新发现的一个限制性因子,成为一个研究热点。通过阐述SAMHD1,APOBEC3G/F,TRIM5α及Tetherin在HIV-1复制中的关键作用,了解宿主细胞对病毒感染的限制性,有助于理解宿主与病毒之间的抗衡关系,宿主抗病毒机制,为治疗HIV-1寻找新的靶点。
- 贾彦辉徐庆刚
- 关键词：APOBEC3GFTETHERIN
- 亚洲主要流行HIV-1 Gp120及其5个高变区多态性分析被引量：3
- 2013年
- HIV-1 Gp120及其5个高变区的多态性是HIV-1能够逃逸宿主免疫反应和耐药性的主要原因。下载了现有数据库中记载的包括B'、C、CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC 5种亚洲主要流行亚型和重组型的所有Gp120及其5个高变区序列,分析了HIV-1 Gp120及其5个高变区序列的长度多态性,糖基化位点数以及序列特征。结果显示,绝大部分的HIV-1 Gp120序列长度为496～515个氨基酸之间,这提示Gp120长度为496～515个氨基酸的HIV-1毒株可能是疫苗研究的理想毒株。比较5个高变区,V3区表现出了最低的长度多态性,几乎没有糖基化位点,表明受到较强的功能限制。不同亚型和重组型的V3区一致序列比较发现,所有的HIV-1亚型均表现为R5型。这提示阻断HIV-1病毒结合CCR5受体是治疗艾滋病的有效途径,R5型毒株可以作为艾滋病疫苗研究的理想毒株。另外,V1和V4区展现了很高的长度多态性,糖基化位点也较多;而V2和V5区的长度多态性和糖基化位点都较低。这些结果表明降低这4个高变区的多态性和糖基化位点数目可能解决HIV-1病毒对疫苗的逃逸,从而研究出真正有效的疫苗。
- 董万强姚能徐庆刚
- 关键词：HIV-1GP120高变区长度多态性
- 河豚4SNc-Tudor蛋白的鉴定及生物信息分析被引量：6
- 2010年
- [目的]对河豚4SNc-Tudor蛋白(SN4TDR)进行序列与结构相关的生物信息分析,为认识该蛋白结构与功能提供借鉴。[方法]应用双向电泳及基质辅助激光解吸离子化-飞行时间质谱(MALD I-TOFMS)技术,从河豚肝脏总蛋白中鉴定到河豚的4SNc-Tudor结构域蛋白。并对其进行生物信息学分析。[结果]首次从河豚肝脏总蛋白中鉴定到河豚的4SNc-Tudor结构域蛋白SN4TDR。河豚SN4TDR定位于细胞质,无信号肽,为非分泌蛋白,有多个磷酸化位点。蛋白SN4TDR存在α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲结构,有一个可能形成跨膜结构的片段。并用同源建模的方法,预测了河豚SN4TDR的三维结构模型。[结论]分析河豚SN4TDR基因及蛋白结构,有助于进一步研究该蛋白及其基因的分子和生物学功能。
- 徐庆刚陆健郑建洲陈华友陈克平
- 关键词：河豚MS
- 枯草杆菌重组水蛭素的分离纯化工艺研究被引量：7
- 2009年
- [目的]优化枯草杆菌重组水蛭素的分离纯化工艺。[方法]采用系列预处理、初步层析和精细纯化试验。[结果]优化的分离纯化工艺为:发酵液经离心、三氯乙酸处理、超滤浓缩脱盐,再上阴离子交换柱,或用乙醇处理后贮存,为离子交换备用。初步层析介质用阴离子交换QSepharoseF.F.,缓冲体系为Tris-HCl(pH值8.0),体系电导率为6.0mS/cm,上样量为240.0ATU/ml介质,产品纯度为70.2%,回收率达90.0%。用SephacrylSi-100凝胶过滤柱精细纯化水蛭素,在一定流速范围内,流速对纯化效果影响不大,上样量可为10.0ml,得到的纯品纯度可达95.1%,得率为93.0%,SDS-PAGE电泳为单一条带。[结论]可为进一步工业化分离纯化水蛭素研究提供借鉴。
- 陈华友齐向辉耿旭徐庆刚
- 关键词：水蛭素枯草杆菌离子交换分离纯化
- 家蚕耐氟机理研究被引量：6
- 2010年
- [目的]研究家蚕的耐氟机理。[方法]以耐氟家蚕品种T6和氟敏感家蚕品种733新为供试品种,采用酸浸提法测定蚕沙、饲料、全蚕体的氟含量。[结果]添氟和不添氟饲料的实测含氟量分别为413.3和56.5mg/kg。在添氟14d后,耐氟组家蚕品种T6个体粗大仍然健康;氟敏感家蚕品种733新个体很小,取食量显著下降,蚕沙量比对照组明显减少,表现出明显的氟中毒症状。添氟初期和表现症状的后期,氟敏感家蚕的蚕沙氟含量有所波动。从第8天开始,耐氟家蚕品种的蚕沙氟含量显著下降。氟敏感品种733新的排泄能力高于耐氟品种T6。耐氟和氟敏感家蚕的蚕沙平均氟含量与全蚕体内氟含量的和相近。[结论]家蚕体内可能有某种(类)氟过氧化物酶,使游离氟失去毒害作用。
- 徐庆刚陆健姚勤陈克平
- 关键词：家蚕蚕沙氟含量
