- 胃癌转移相关miRNA的筛选及生物信息学分析被引量：8
- 2014年
- 目的:筛选与胃癌转移相关的微小RNA(microRNA,miRNA,miR),并进行生物信息学分析。方法:应用miRNA芯片对胃癌低转移细胞株(RF-1和MKN28)和高转移细胞株(RF-48、NCI-N87和KATOⅢ)进行miRNA差异表达谱分析,筛选差异表达的miRNA;应用实时荧光定量-PCR法对差异表达的miR-192、miR-215和miR-194进行验证,应用miRfocus在线数据库对筛选获得的miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215进行靶基因预测及其信号转导通路进行分析。结果:与低转移细胞株比较,高转移细胞株中miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215的表达水平明显上调,miR-105、miR-767、miR-149、miR-205、miR-30a、miR-30d、miR-365、miR-193b、miR-326、miR-100、miR-30b、miR-125b和miR-584的表达水平明显下调。实时荧光定量-PCR法对miR-192、miR-215和miR-194的表达进行验证,结果显示与miRNA芯片检测结果一致;生物信息学分析结果显示,miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215及其靶基因参与肿瘤的发生、转移、细胞周期及范可尼贫血等通路。结论:胃癌高转移细胞中miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215的上调可能与胃癌的发生和转移等有关。
- 张小静黄伟玲高燕黄勇张媛简千贺冯先玲侯刚强范新民金哲
- 关键词：微RNAS微阵列分析肿瘤转移计算生物学
- miRNA-210在胃癌转移细胞株中的表达及功能预测
- 2015年
- 目的:筛选胃癌(gastric cancer,GC)转移相关的差异表达微小RNA(micro RNA,miR NA),探讨miR NA-210与GC转移的可能机制.方法:应用mi RNA表达谱芯片筛选GC高转移细胞株RF48及低转移细胞株RF1的差异表达mi RNAs,RT-PCR检测mi RNA-210在7种GC细胞株中的表达情况,利用mi RWalk软件获得mi RNA-210的靶基因,通过David在线软件(包括GO分析及KEGG通路预测)分析mi R-210靶基因的可能生物学功能.结果:与RF1相比,mi RNA芯片在RF48细胞中共筛选出21个表达上调和15个表达下调的mi RNA,其中mi RNA-210在高转移细胞株RF48中的表达增高;RT-PCR结果显示m i R N A-210在高转移G C细胞株中表达增高(P<0.05);mi RWalk共获得155个mi RNA-210靶基因;GO分析及KEGG pathway分析得到miR NA-210靶基因功能,这些靶基因参与了肿瘤的发生、发展及转移.结论:利用mi RNA芯片技术获得了GC转移相关mi RNA表达谱;mi RNA-210的异常表达可能与GC的转移有关,为GC转移的早期诊断及发现新的治疗靶点奠定了基础.
- 张小静冯先玲黄勇高燕曹子一黄伟玲张媛简千贺钟锦成杨梦婷范新民金哲
- 关键词：微阵列分析肿瘤转移计算生物学
