张晓群
- 作品数：9 被引量：13H指数：2
- 供职机构：南京医科大学第二附属医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省卫生厅面上基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- miRNA-126＊靶基因预测及其相关信号通路的生物信息学分析被引量：6
- 2013年
- 目的通过对miRNA-126*进行靶基因预测及信号通路生物信息学分析,以期为miRNA-126*靶基因相关实验及其调控肺发育机制的深入研究奠定基础。方法首先利用microRNA(miRNA)芯片技术分别检测胎龄16 d、19 d和21 d胎鼠肺组织中miRNA-126*的表达水平,进而应用miRGen2.0数据库通过生物信息学方法预测其可能的靶基因,然后对其靶基因集合应用Cytoscape及其插件BiNGO进行功能富集分析(GO-analysis),最后应用DAVID数据库进行靶基因信号转导通路富集分析(KEGG Pathway analysis)。结果 miRNA-126*表达量在胎龄16 d、19 d和21 d 3组胎肺组织间逐渐上升。miRNA-126*预测靶基因共有422个,其靶基因集合功能富集于葡萄糖醛酸转移酶、糖代谢等分子功能,多细胞器官发育、发育进程等生物学过程及细胞分隔、细胞器界膜等细胞组分上。信号转导通路则显著富集于RNA降解信号通路,以及朊蛋白疾病信号通路中。结论本研究结果提示miRNA-126*参与了大鼠胎肺发育过程,为今后研究肺发育提供理论基础。
- 杨洋阚清张盼张晓群周晓光周晓玉
- 关键词：生物信息学肺发育
- 胎鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞生长状况及ABCA3表达变化的初步研究被引量：1
- 2012年
- 目的:观察原代培养胎鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞(typeⅡalveolar epithelial cell,AECⅡ)的生长状况及AECⅡ特异性蛋白ATP结合盒转运蛋白A3(ATP binding cassette transporter A3,ABCA3)的表达变化,为有关新生儿肺发育及肺部疾病的研究奠定一定基础。方法:采用胰酶联合胶原酶消化肺组织,差速离心及差速贴壁法纯化细胞;电子显微镜鉴定AECⅡ细胞;倒置相差显微镜观察不同时间点细胞生长状态;MTT法绘制细胞生长曲线;免疫荧光技术观察ABCA3动态表达变化。结果:电镜下观察到AECⅡ特征性板层小体,大小及数量不等,胞膜外缘分布有刺状微绒毛;MTT法测得铺板后第24、36、48、72、96、120 h的吸光度值分别为0.177±0.009,0.193±0.011,0.212±0.019,0.253±0.019,0.243±0.012,0.192±0.011。光学显微镜下细胞形态逐渐拉长,变扁平,细胞内颗粒逐渐减少。免疫荧光示ABCA3表达逐渐下降。结论:原代培养的胎鼠AECⅡ在培养早期生长状况最佳,ABCA3表达最丰富,故在早期(即培养72 h以内)进行肺发育疾病相关机制的研究较为理想。
- 张盼张晓群邱洁杨洋周晓玉周晓光
- 关键词：胎鼠原代培养细胞增殖
- 沉默表达miR-26a A549细胞株的构建
- 2013年
- 目的构建稳定沉默表达miR-26a的人肺腺癌细胞株（A549）。方法体外合成成熟的人miR．26a-5p（Hsa—miR-26a-5p）特异性互补序列，在片段两侧添加AgeI、EcoRI酶切位点，与经双酶切后的GV280载体连接，构建GV280-miR一26a—down慢病毒载体。应用DNA测序对此重组载体进行鉴定。将GV280-miR-26a．down慢病毒载体与病毒包装质粒pGC—LV载体、pHelper1．0载体和pHelper2．0载体共转染293T细胞，包装产生慢病毒。依据293T细胞绿色荧光蛋白的表达量确定病毒滴度。将沉默表达miR-26a的慢病毒转染A549细胞，嘌呤霉素筛选后获得稳定细胞株。应用Westernblot法检测miR-26a一个靶基因SMADl的表达情况，验证此细胞株的功能。结果经DNA测序鉴定，成功构建了GV280-miR-26a—down慢病毒载体。在293T细胞中将该载体包装成慢病毒，测定病毒滴度为2×10^12TU／L。重组慢病毒转染A549细胞的效率高达95％，用2．5mg／L嘌呤霉素筛选2周后几乎100％的A549细胞表达GFP。Westernblot结果显示miR-26a的靶基因SMADl的表达量在miR-26a沉默组比空载病毒组和空白对照组明显上调。结论成功构建了GV280．miR．26a—down慢病毒载体，并构建稳定沉默表达miR-26a的A549细胞株，为后续研究奠定了基础。
- 梁宏露张盼张晓群杨洋邱洁阚清周晓光周晓玉
- 关键词：A549细胞株慢病毒载体
- miRNA-26a对胎鼠Ⅱ型肺泡上皮细胞合成肺表面活性物质的影响及其机制研究
- 探讨miR-26a在肺表面活性物质合成中的作用以及潜在的作用机制。结果miR-26a腺病毒过表达载体感染AECII48h后，几乎95％的细胞均表达增强型绿色荧光蛋白，用RT-PCR法检测成熟miR-26a的表达水平，结果...
- 张晓群张盼杨洋邱洁周晓玉周晓光
- 关键词：肺泡上皮细胞表面活性物质基因表达
- 文献传递
- 大鼠正常胎肺发育过程中微小RNA的差异表达被引量：1
- 2013年
- 目的筛选参与胎肺发育过程的微小RNA（microRNA，miRNA）。方法取胎龄16、19和21d胎鼠肺组织，HE染色观察肺组织的形态学特点。采用miRCURY“核酸锁芯片技术筛选胎龄16、19和21d胎鼠肺组织的差异表达的miRNA（倍数差异〉1．0），分析对肺发育有重要意义的差异表达的miRNA在3个胎龄组间的表达趋势。结果（1）在形态学上，胎龄16d肺组织见原始支气管呈树枝状分布延伸，间质厚，毛细血管少见，未见肺泡结构存在；胎龄19d肺组织见初级肺泡，间质变薄，毛细血管数目增多；胎龄21d肺组织见肺泡间隔进一步增多，肺腺泡腔体极度扩张；（2）3组一共有202个差异表达的miRNA通过了倍数筛选（倍数差异〉1．0），其中有很多miRNA至今尚未检索到在任何肺部相关生理病理机制中有研究报道，如倍数差异较大的miRNA-3560（8．4211415，4．8889050），miRNA-126＊（7．5239524，1．5118160），miRNA-186＊（0．9803250，0．6884475），miRNA-466c＊（0．9772200，0．8772270），miRNA-195（13．5496290，0．9854888），miRNA-34a（12．4261330，0．6040662）和miRNA-466b-1＊（0．9931531，1．7328023）等。（3）几个与胎肺发育关系密切的miRNA在不同胎龄组的表达趋势：miRNA-466c＊及miRNA-186＊的芯片表达量在胎龄16～21d逐渐下调，而miRNA-195及miRNA-34a则在胎龄16～19d间表现出上调表达趋势，其中miRNA-195的表达量上调一直延续到胎龄21d；miRNA-3560、miRNA-466b-1＊、miRNA-126＊和miRNA—let-7b表达量则连续上调。在胎龄16～21d，miRNA-17—92簇成员的表达全部显示出下调趋势，let-7家族成员（除let-7i、let-7e外）的表达呈逐渐升高趋势。结论本研究新发现的miRNA可能在大鼠胎肺发育中发挥一定作用，有助于加深对胎肺发育生理学机制的理解，并为临床肺发育相关疾病的研究提供一定基础。
- 杨洋阚清邱洁浦潇丹张盼张晓群周晓玉
- 关键词：胚胎发育微RNAS
- miRNA-126/miRNA-126*在大鼠正常胎肺发育过程中的作用被引量：1
- 2012年
- 目的探讨miRNA-126/miRNA-126*在大鼠胎肺发育中的表达水平及其作用。方法 12只孕鼠随机分为3组,每组4只,3组仔鼠分别于胎龄16 d、19 d组和21 d时取出,运用苏木精-伊红染色在仔鼠胎肺发育的这3个关键时期对胎肺进行形态学观察,随后通过建立microRNA(miRNA)芯片,了解miRNA-126/miRNA-126*在3组仔鼠胎肺中的基本表达趋势,进而挑选出miRNA-126*并应用real-time PCR对其表达水平行进一步研究。结果 miRNA-126在3组芯片间表达无明显差异,而miRNA-126*随着肺发育进程表达量逐渐上升;采用real-time PCR对miRNA-126*表达进行进一步检测,结果亦显示miRNA-126*随着肺发育进程表达量逐渐上升,组间两两比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 miRNA-126*可能在大鼠胎肺发育中起着重要作用。
- 杨洋阚清邱洁浦晓丹张盼张晓群周晓玉
- 关键词：肺发育
- 胎鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞生长状况及ABCA3表达变化的初步研究
- 目的 观察原代培养胎鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞(type Ⅱ alveolar epithelial cell,AECII)的生长状况及AECII特异性蛋白ATP结合盒转运蛋白A3(ATPbinding cassette tra...
- 张盼张晓群邱洁杨洋周晓玉周晓光
- 关键词：胎鼠原代培养细胞增殖
- 沉默表达miR-26a A549细胞株的建立
- 梁宏露张盼张晓群杨洋邱洁阚清周晓光周晓玉
- 关键词：A549细胞慢病毒载体
- Hsa—miR-26a靶基因的预测及其在肺发育中的应用被引量：4
- 2013年
- 目的对hsa—miR-26a进行靶基因预测及相关生物信息学分析，为hsa—miR-26a靶基因的实验验证提供数据支持，并为深入研究hsa—miR-26a在肺发育中的生物学功能及调控机制奠定基础和提供理论依据。方法应用PubMed、Google等信息搜索工具查找miR-26a的所有研究；应用miRBase获取hsa—miR-26a的序列，并分析其序列保守性；利用miRNA靶标基因数据库miRGen2．0进行hsa—miR-26a的靶基因预测，选取PicTar和TargetScanS的交集并合并DIANALAB—TarBase6．0数据库的已验证靶标对靶基因进行功能富集分析（GO-analysis）及信号转导通路分析。结果已有研究提示hsa—miR-26a在肿瘤、细胞分化、器官发育、免疫系统等生物学过程具有重要作用。hsa—miR-26a在多物种间高度保守。miR-26a调控的靶基因生物学功能主要包括转录调控、蛋白质修饰、细胞增殖、凋亡、分化等基本生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上，靶基因存在于细胞各个组分中，包括细胞膜、细胞质、细胞核中；信号转导通路显著富集于Wnt信号通路，丝裂原活化蛋白激酶信号通路，转化生长因子一B信号通路，p53信号通路，细胞周期、黏附功能等信号通路以及前列腺癌、小细胞肺癌、直肠癌、肾癌、神经胶质瘤5个疾病通路中（P均〈0．05）。结论通过对hsa-miR-26a靶基因的生物信息学分析，为研究hsa-miR-26a在肺发育中的作用提供了功能与机制的线索。
- 张晓群张盼杨洋邱洁周晓玉周晓光
- 关键词：靶基因生物信息学肺发育
