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家畜离散性状遗传分析方法比较研究: 2008年; 采用广义线性方法(GLMM)、阈性状法(TM)和常规线性方法(LM)对不同参数组合下离散性状的遗传力及准确度进行了估计,模拟研究的性状为单阈值二项分类性状,试验设计为全同胞-半同胞混合家系。研究结果表明,在遗传力的估计准确度方面,GLMM方法具有较大的优势,LM方法估计遗传力的效果较差,离真值的偏差也较大;不同参数组合下,GLMM方法的遗传力估计结果普遍高于线性方法。另外,性状遗传力真值和性状表型发生率对估计遗传力及其准确度也有明显的影响。; 殷宗俊张勤丁向东王春考周杰

一种用于一般系谱的零重组单倍型推断方法被引量：1: 2007年; 大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用基因型数据通过单倍型推断获取单倍型是当前首选方法.针对一般系谱和紧密连锁的SNP标记,本研究提出了一种快速和准确的单倍型推断方法.该方法通过3步6条规则,利用亲子关系确定有序基因型,逐步剔除多余的单倍型,最后通过最大似然法确定单倍型组合.利用模拟数据验证在不同系谱大小、不同标记数目和不同标记基因型缺失率等参数组合条件下单倍型推断方法的效率和准确性,并与PEDPHASE程序作比较.结果表明我们的方法的运行速度和准确性都优于PEDPHASE.本方法的运行速度比PEDPHASE快10～15倍,准确性高4%～10%.同时结果还说明了本方法的准确性几乎不受系谱大小、标记数目和标记基因型缺失率的影响.; 王春考王志鹏邱小田张勤

利用中国荷斯坦牛定位BTA6上影响产奶性状的QTLs被引量：4: 2005年; 为了精细定位牛6号常染色体上55.7cM范围内影响产奶量的QTL,对26个父系半同胞的中国荷斯坦奶牛家系进行了14个微卫星标记的检测,涉及到的女儿牛达2356头.统计分析采用线性回归和方差组分分析两种方法,包括单QTL和双QTL检测.单QTL的线性回归分析发现,作用产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳脂率的QTL均定位于标记BMS470附近,而影响乳蛋白率的QTL则临近标记BMS2460.方差组分法进一步验证了前者有关3个量性状的结论,只是将影响乳脂量的QTL定到了标记BMS1242位置.对于这些QTL置信区间的估计,线性回归法的结果普遍偏大,约在31～53cM的长度范围内,而方差组分法的只有4～5cM.进行双QTL检测时,两种方法均揭示出分别有2个QTL同时存在并制约着3个量性状的表型变化,不过估计出来的QTL位置有所不同.; 陈慧勇张勤张沅王春考舒娟梅瑰阴层层胡芳徐晶晶公维嘉李何君邱小田; 关键词：中国荷斯坦牛产奶性状 QTLS 微卫星标记中国荷斯坦奶牛 QTL检测

离散性状QTL区间定位的最大似然方法被引量：1: 2005年; 采用最大似然区间定位法对阈模型与一般线性模型的QTL定位效率进行了比较,并对影响离散性状QTL检测效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力和表型发生率)进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明:在QTL参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有较大的优势,对离散性状QTL定位的效率明显高于LM(LinearModel)方法,定位的准确性也较高。另外,性状遗传力、QTL效应的大小和性状表型发生率对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力和表型发生率的提高,随着QTL效应的增大,QTL定位的效率也进一步提高。; 殷宗俊张勤陈宏权张纪刚丁向东王春考; 关键词：QTL定位最大似然法

鸡lmbr1基因单核苷酸多态与生长及屠体性状的关联性被引量：7: 2006年; Lmbr1基因是脊椎动物肢体发育的关键候选基因,该基因对畜禽生长及屠体性状的影响尚未见报道．本研究以lmbr1基因作为控制鸡生长及屠体性状的候选基因,以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡杂交产生的F2资源鸡群为实验群体．采用单链构象多态性(SSCP)结合测序方法在外显子16检测到T／C和G／A突变各一,在内含子5检测到一个A／C突变．在亲代检测到突变位点后,进一步进行F2代鸡群的基因型检测．方差分析结果显示鸡lmbr1基因外显子16的T／C多态与全净膛率、肌胃率、胫爪率和胫围显著相关,内含子5的A／C多态与胫爪率、肝脏比率和头颈重显著相关,但两个位点都与其他生长及屠体性状的相关不显著．研究结果表明,鸡lmbr1基因应是控制这些生长及屠体性状的主效基因或与控制这些性状的主效基因紧密连锁．; 黄艳群杜晓惠邓学梅邱祥聘王春考陈文李宁吴常信; 关键词：单核苷酸多态性屠体性状

标记辅助导入中不同背景选择方法的比较被引量：8: 2006年; 模拟比较了随机选择、标记值选择及BLUP选择3种背景选择方法在标记辅助导入(利用标记辅助将供体群中的一个有利QTL等位基因导入到受体群中)的选择效果。前景选择是借助与目标基因连锁的两侧标记对目标基因进行间接选择。研究结果表明,在背景选择中,利用标记值选择能使受体基因组很快得到恢复,2个世代的回交就能恢复90%以上,4个世代的回交就能完全恢复。利用BLUP选择虽然不能使受体基因组迅速全部恢复,但能使特定的背景性状得到最大的遗传进展。; 白俊艳张勤丁向东王春考殷宗俊王志鹏; 关键词：标记辅助导入

用于一般系谱的单倍型推断方法: 大量SNP标记的出现，使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法。以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型。通过实验手段获取单倍型成本较高，利用基因型数据通过单倍型推断获取单倍型是当前首...; 王春考; 关键词：系谱 SNP标记; 文献传递

QTL基因型值对标记辅助导入的影响被引量：2: 2006年; 在标记辅助导入QTL的过程中,利用指数法进行背景选择。研究结果表明基因型值的大小对于导入QTL的频率和两个背景QTL的频率以及受体遗传背景的恢复影响很小,对于两个背景性状来说,基因型值较大时要比较小时获得更大的遗传进展。对于前景性状来说,在横交阶段,基因型值较大时要比较小时获得更大的遗传进展;而在回交阶段,结果正好相反。; 白俊艳张勤丁向东王春考贾小平王志鹏殷宗俊; 关键词：标记辅助导入

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王春考