邓海君
- 作品数：8 被引量：6H指数：2
- 供职机构：重庆医科大学检验医学院感染性疾病分子生物学教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：重庆市自然科学基金国家自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因特性分析被引量：2
- 2010年
- 目的通过分析2009-11—02～12—04期间北京市6例甲型H1N1流感重症患者咽拭子中病毒的血凝素、神经氨酸酶基因特性，了解其基因进化特点，以期对下一步甲型H1N1流感的防控和重症的治疗提供理论依据。方法使用实时荧光PCR方法，检测重症患者样本为甲型H1N1流感病毒阳性样本，利用测序引物扩增血凝素、神经氨酸酶基因，测定核苷酸序列，利用生物信息软件拼接序列；分析重要基因位点，对其进行基因进化、耐药性分析。结果6件测定样本血凝素、神经氨酸酶基因与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）核苷酸、氨基酸的同源性分别为99．2％及99．5％，有8个血凝素基因的氨基酸发生替换，为65、100、145、185、216、220、338及391位，其中145位位于抗原决定簇A区，220位位于抗原决定簇D区，同时是受体结合位点的后壁；有5个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换，为59、106、232、248及365位，其中106、232、248位位于酶活性区域；未发生神经氨酸酶基因275位H→Y的替换。结论北京市甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）高度同源，部分血凝素基因、神经氨酸酶基因有氨基酸替换，但其作用不清。所有测定样本未发生对达菲类药物的耐药性突变。
- 石伟先卢桂兰陈维军刘建荣张兰荣邓海君吴伟力李洁王全意黄芳
- 关键词：重症血凝素神经氨酸酶基因特性
- 儿童与成人慢性乙型肝炎患者乙型肝炎病毒Core基因区准种特征及正选择压力差异分析被引量：2
- 2015年
- 儿童与成人慢性乙型肝炎患者的临床特征差异明显。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)病毒准种特征与其致病特性紧密相连,HBV病毒Core基因区富含免疫表位,该区域的准种特征直接反映病毒变异与病毒应对宿主免疫压力间的动态过程。文章通过扩增170名儿童慢性乙型肝炎患者及121名成人慢性乙型肝炎患者病毒Core基因区,按照病毒基因型以及病毒e抗原(Hepatitis B virus e antigen,HBe Ag)状态进行分组,使用序列复杂度、多样性、非同义突变率(Non-synonymous substitution ratio,d N)、同义突变率(Synonymous substitution ratios,d S)等指标衡量不同组别之间的病毒准种特征;使用不同模型计算不同组别中受到正选择压力的位点,进一步结合HBV Core基因区免疫表位信息,进行正选择位点的定位分析。结果发现,儿童乙型肝炎病毒患者体内病毒Core基因区序列复杂性和多样性低于成人患者,且前者Core基因区正选择位点个数显著低于后者,这说明儿童慢性乙型肝炎患者体内病毒受到的选择压力低于成人患者。在儿童及成人慢性感染病人组中,HBe Ag阳性病人体内病毒受到的选择压力低于HBe Ag阴性病人。儿童及成人慢性感染患者体内病毒存在13个正选择位点,大多数正选择位点位于已知的抗原表位上。本研究从分子进化角度揭示了儿童与成人慢性乙型肝炎病例体内病毒Core基因区序列准种差异,为两类病人显著不同的临床表征提供了群体遗传学的解释。
- 邓海君黄勇黄爱龙龙泉鑫
- 关键词：乙型肝炎病毒
- 从离体血清中分析HBV DNA整合事件的系统及方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种从离体血清样本中分析HBV DNA整合事件的系统及方法，系统包括数据过滤模块、高质量序列拼接模块、序列比对模块、整合事件鉴定模块和整合事件注释分析模块；所述整合事件鉴定模块用于根据所述...
- 黄爱龙陈娟龙泉鑫邓海君
- 麻疹病毒CC47疫苗测序分析及与其他A基因型病毒株比较
- 2010年
- 对长春-47(CC47)麻疹病毒减毒活疫苗即CC47疫苗进行测序分析,并与其他A基因型病毒株进行了比较。通过RT-PCR法扩增了6个编码基因,用双脱氧链终止法对产物进行自动测序。对结果进行比较分析发现,CC47疫苗有13个特有的氨基酸改变分别位于N,P和L蛋白,可以看做是该疫苗株的"疫苗标签"。通过构建系统发生树,分析了11株麻疹病毒的亲缘关系。本研究完善了CC47疫苗基因组信息,提供了对麻疹流行进行监测和对病毒减毒基因学基础进行进一步研究的潜在目标。
- 王静宇吴伟立姜君邓海君白春杰陈唯军
- 关键词：麻疹病毒测序分析减毒
- HBV病毒S基因及C基因突变研究
- 目的:研究乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus, HBV）疫苗免疫保护失败的儿童患者体内病毒表面抗原基因（Surface gene），其a决定簇(a determinant)和主要亲水区（Major Hydr...
- 邓海君
- 关键词：乙型肝炎病毒免疫保护抗原基因
- 重庆地区乙肝疫苗免疫无效儿童病毒基因组表面抗原区变异研究被引量：2
- 2016年
- 目的 :探讨重庆地区乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)疫苗免疫失败儿童患者体内病毒表面抗原(surface gene)基因主要亲水区(major hydrophilic region,MHR)及a决定簇变异情况。方法:收集乙型肝炎病毒疫苗免疫保护失败患儿及未接种疫苗的乙型肝炎病毒感染患儿血清样本,通过扩增HBV S基因并测序,与相应基因型的标准序列进行比对分析。结果:243例免疫保护失败患儿体内病毒a决定簇突变检出率明显高于20例未经疫苗免疫组患儿(31.7%vs.10.0%,P=0.044);免疫失败组儿童体内病毒MHR突变率数值也高于未接种组儿童,在统计学上差异不显著(49.8%vs.30.0%,P=0.106)。在疫苗免疫失败儿童病例中,MHR和a决定簇突变发生与病毒低水平复制相关:突变组患儿DNA滴度均明显低于无突变组患儿(log106.9±1.8vs.log107.7±1.8,P=0.000;log107.1±1.6 vs.log107.6±1.9,P=0.000)。免疫失败儿童病例中,MHR突变组儿童谷丙转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)数值也明显高于未突变组(67.1±58.8 vs.56.5±51.8,P=0.018)。在243例疫苗免疫保护失败儿童体内病毒MHR区域中共检出145个变异氨基酸,热点变异类型主要包括I110L(6例)、K122R(15例)、T126A(18例)、I126T(14例)、M133L(7例)、G145R(6例)及Y161F(12例)等。进一步分析各类型突变与临床表型间差异,发现含G145R及Y161F突变病例体内血清病毒DNA水平明显低于无突变组(log106.8±1.1 vs.log107.5±1.8,P=0.048;log105.0±2.6 vs.log107.3±1.8,P=0.000)。结论:疫苗免疫保护失败儿童病例体内病毒a决定簇及MHR具有较高的突变率,且该区段的突变与病毒较低的复制水平及及较高的ALT相关。
- 邓海君黄勇龙泉鑫黄爱龙
- 关键词：病毒变异
- 从离体血清中分析HBV DNA整合事件的系统及方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种从离体血清样本中分析HBV DNA整合事件的系统及方法，系统包括数据过滤模块、高质量序列拼接模块、序列比对模块、整合事件鉴定模块和整合事件注释分析模块；所述整合事件鉴定模块用于根据所述...
- 黄爱龙陈娟龙泉鑫邓海君
- 文献传递
- 肝癌细胞株-乙型肝炎病毒DNA整合事件的高通量靶向捕获测序分析
- 2024年
- 目的 采用探针捕获和高通量测序技术研究HepG2.2.15与HepAD38 2个乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)肝癌细胞系中病毒DNA在宿主基因组中的整合位点特征。方法 提取HepG2.2.15与HepAD38细胞基因组DNA,采用探针捕获和高通量测序策略对2个肝癌细胞株中整合的HBV DNA进行捕获测序,使用Trimmomatic、BBAP、BWA(Burrows-Wheeler Aligner)等生物信息学软件进行数据分析;最后通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)及克隆测序对病毒DNA整合特征进行验证。结果 利用探针捕获和高通量测序技术分别在HepG2.2.15与HepAD38细胞系中检测出12、7个HBV DNA整合事件,随机分布在chr1、chr2、chr7、chr9、chr16、chr17、chr19、chrX染色体上,整合位点上下游基因出现频率较高的有DPP7、TRIM56、GPC3等。结论 成功建立基于探针捕获和高通量测序技术检测HBV DNA在宿主基因组上的整合片段的方法,HepG2.2.15与HepAD38细胞系中HBV整合事件在染色体上随机发生,大部分整合位点发生在HBV基因组上的X基因区域。
- 羊泽锐邓海君胡源
- 关键词：乙型肝炎病毒高通量测序克隆测序
