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基于高通量数据的植物非编码转录组生物信息学研究: 陈铭孟一君邵朝纲陈迪俊吴平; 针对植物小分子RNA序列及功能分析所取得的主要研究成果和学术意义，主要包括以下几个方面：1)全基因组分析和大规模预测植物sRNA特征和植物siRNAs产生区NATs课题组收集了来自26种被子植物(其中包含16种双子叶植物...; 关键词：; 关键词：基因表达

结合基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法: 本发明公开了一种基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法。它包括如下步骤：1)收集植物microRNA和基因组数据；2)处理植物microRNA数据；3)使用miRU预测植物microRNA的靶位点...; 陈铭孟一君苟凌峰陈迪俊白琳黄冬林克里斯汀·克鲁卡斯; 文献传递

基于Web的水稻芯片数据注释和分析平台被引量：1: 2009年; 国际水稻基因组测序计划(IEGSP)顺利完成,水稻基因的研究也进入了后基因组研究阶段.水稻基因芯片数据注释分析是一项重要的功能基因组学研究内容,它为理解水稻基因的生物学意义提供了帮助.本研究开发了一个基于Web的水稻基因芯片数据注释和分析平台(Rice Chip),它比同类的注释数据库更加全面快捷.本平台共由5个功能模块组成:Bio Chip模块为水稻基因表达数据提供快速检索和高级检索,可依次按照Probe Set ID,Locus ID,Analysis Name等字段进行检索;Bio Anno模块整合多个生物学数据库,为水稻基因提供基因功能、蛋白质结构、生物代谢途径以及转录调控等方面的注释信息;BioSeq模块则收集水稻基因组的序列信息,支持对水稻基因与芯片探针的序列查询;BioView模块是系统图形可视化的核心模块,提供友好的访问界面与结果输出,方便研究人员使用;BioAnaly模块结合R/Bioconductor统计分析工具提供高通量芯片数据的在线分析.本系统从不同的方面依次提供了数据检索、基因注释、序列分析、数据可视化和数据分析等功能,其数据收集的全面性与功能分析的强大性在同类水稻基因芯片数据注释和分析平台中都较突出.; 陈迪俊张帆吴超李霞陈铭; 关键词：水稻基因芯片功能基因组

结合基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法: 本发明公开了一种基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法。它包括如下步骤：1)收集植物microRNA和基因组数据；2)处理植物microRNA数据；3)使用miRU预测植物microRNA的靶位点...; 陈铭孟一君苟凌峰陈迪俊白琳黄冬林克里斯汀·克鲁卡斯

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陈迪俊