朱艳菊
- 作品数：15 被引量：23H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金云南省科技计划项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 柯萨奇B组1型云南分离株MSH／KM9／2009全基因组序列分析被引量：1
- 2013年
- 对2009年分离自云南省昆明市脑膜脑炎儿童的1株柯萨奇B组1型病毒MSH-KM9-09,进行了全基因组的序列测定,并对其分子变异和进化特点进行了分析。采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerasechain reaction,RT-PCR),分段扩增覆盖病毒全长序列的8个重叠片段(未包括多聚腺苷酸尾),并进行序列测定和分析。CVB1MSH-KM9-09病毒株基因组全长7 384个核苷酸(nt),5'端和为3'端分别为741nt和94nt的非编码区,5'和3'非编码区间为一个6 549nt长的开放阅读框,编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白,编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中现有CVB1全基因组序列M16560、pmMC、Tucson B1和CVB1/Nm相比对,整个基因组的核苷酸同源性分别为80.9%、81.6%、80.5%和80%,氨基酸同源性分别为95.6%、95.8%、96.2%和95.6%。首次完成中国CVB1病毒全基因组核苷酸序列的测定,经核苷酸序列同源性比对和进化树分析,证实MSH/KM9/2009株属于CVB1基因型。
- 刘建生邵聪文潘玥朱艳菊邓新强廖宏玮刘雅灵马绍辉
- 关键词：同源性
- 人埃可病毒20型KM／EV20／2010分离株的全基因组序列分析
- 2015年
- 目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果KM／EV20／2010病毒株基因组全长7395bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为744nt和96nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6549rlt长的开放阅读框，编码一个含2183个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯-1株ECH020JVl-1原型株全基因组序列相比对，核苷酸同源性为80．1％，氨基酸同源性为96．7％；构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析，ECH020可分为6个基因型，中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型，其中KM／EV20／2010属于基因型Ⅳ，且6个基因型之间核苷酸的差异为9．4％-21．7％。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM／EV20／2010分离株与ECH020原型株JV-1遗传距离很远，未与原型株JV-1聚簇分布，而与ECH030病毒株遗传距离较近。分析发现KM／EV20／2010序列在非结构区可能存在重组。结论中国ECH020可分为6个基因型，KM／EV20／2010分离株属于Ⅳ基因型。
- 潘玥邵聪文王晓辉朱艳菊陈俊英陈伟马绍辉刘建生
- 关键词：埃可病毒全基因组
- 一株埃可病毒12型病毒分离鉴定及其VP1基因特征分析被引量：1
- 2013年
- 目的分离并鉴定2010年昆明市无菌性脑膜炎的病原埃可病毒12型（ECH012）病毒株F343／KM／2010，分析其VP1基因遗传特征，为病毒性脑炎的防控提供科学依据。方法采用RD细胞和Hep-2细胞对15份疑似无菌性脑膜炎患者粪便样品进行分离，经微量中和试验对该分离株进行鉴定，通过RT—PCR法扩增病毒VP1基因和测序，并采用MEGA5．05等软件进行进化树和同源性分析。结果9份样品出现细胞病变效应，其中F343／KM／2010分离株经微量中和试验定型为ECH012病毒；经RTPCR法扩增获得873bp的VP1基因，与国内外11株ECH012病毒分离株核苷酸和氨基酸的同源性为81．4％～92．8％和97．6％～99．3％，其中与国内分离株的核苷酸和氨基酸同源性为89．5％～92．8％和98．3%～99．5％。F343／KM／2010株与原型株Travis比较在氨基酸上有8个位点发生突变，而与中国株比较主要在第288位点上发生了突变。在进化树上与国内分离株属于同一个分支，而国外分离株分属其他两个不同的分支。结论F343／KM／2010分离株为肠道病毒ECHO12病毒，与中国其他分离株同属一个分支。
- 王丽春潘玥邵聪文朱艳菊周竞贤张云昆朱云马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57—09全基因序列分析被引量：1
- 2012年
- 目的对云南埃可病毒6型（Ech06）分离株KM57—09全基因序列进行分析和研究，了解其遗传特性。方法设计针对Ech06引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega5．05、RDP3和SimPlot3．5．1等生物学软件分析全基因序列。结果获得KM57—09全基因组核苷酸序列长度为7419bp，编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他Ech06参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％～80．2％和93．3％～94．4％，与原型株D’Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％和93．6％。在基因组各个区段上，Ech06KM57—09分离株的2C和3A区，与HN-2-E25核苷酸同源性最高，分别为86-3％和85．0％，而其5’UTR、VP4、3D和3’UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高，分别为91．7％、81．2％、89．7％和96．9％。在VP1区上，与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80．0％～96．0％和95．8％～99．0％，而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77．6％～96．0％和95．2％-99．0％。进化分析发现Ech06可分为5个分支，中国分离株分属C和E分支，其中KM57—09属于E分支，且5个分支之间核苷酸的差异为15．6％～23．3％。3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现KM57—09序列在非结构区可能存在重组。结论Ech06可分为5个基因型，KM57—09分离株属于E基因型；中国大陆曾存在不同Ech06株传播链的流行。
- 朱艳菊潘玥陈俊英马忠飞邓新强刘建生马绍辉
- 关键词：全基因组
- 一株引起病毒性脑炎的埃可病毒30型分离株的VP1基因序列特征分析被引量：2
- 2014年
- 目的分析2009年昆明市病毒性脑炎患儿粪便中分离获得的埃可病毒30型（Echovirus30,Echo30）分离株A363/KM/2009全长VP1基因序列特征。方法从疑似病毒性脑膜炎患儿粪便样本中分离Echo30,提取病毒RNA,采用RT-PCR法扩增病毒VP1基因,并进行测序。采用NCBI BLAST软件对所测定的序列进行数据库比对;采用Geneious软件对Echo30分离株全长VP1基因的核苷酸及氨基酸同源性进行分析;采用Mega 5.1软件对A363/KM/2009分离株进行VP1基因分析,并与20个参考株的VP1序列进行比较。结果分离株为A363/KM/2009,其VP1基因的核苷酸长度与其他Echo30一致,均为867 bp;与其他Echo30分离株核苷酸同源性在76.9%-95.7%之间,氨基酸同源性在88.7%-99.7%之间;与中国株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为84.5%-95.7%和96.9%-99.7%,其中与中国浙江分离株Echo30/zhejiang/10/4的同源性最高,为95.7%;与广西分离株GX10/15的同源性最低,为84.5%。氨基酸序列分析显示,与其他中国株包括脑脊液分离株相比,未见特异的突变位点;与国外分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.9%-86.3%和88.7%-97.3%;基因进化树分析显示,与其他中国株分属不同的两个分支,而与Echo30/zhejiang/10/4和Echo30/zhejiang/4/04（CSF）株亲缘关系较近。结论 A363/KM/2009分离株为肠道病毒Echo30,属于中国两个分支中的一支。
- 陈俊英潘玥吉玛张云昆朱云朱艳菊邵聪文马绍辉
- 关键词：病毒性脑炎埃可病毒30型VP1基因
- 一株鼻病毒A22型的分离鉴定及其VP1基因遗传特征分析
- 2014年
- 目的分析2011年昆明市手足口病患儿粪便中分离获得的人鼻病毒（human rhinovirus,HRV）A22型分离株KM4/2011全长VP1基因的遗传特征。方法采用KMB17细胞对手足口病患儿粪便样本中筛查出的1株HRV样品进行病毒分离,应用RT-PCR法扩增病毒VP1基因,并进行测序,采用BLAST软件对所测定的节段序列进行数据库比对;采用Geneious basic 5.6.5软件进行核苷酸和氨基酸同源性比对;采用Mega 5.05软件将HRV A22及部分HRV A、B和C群全长VP1基因构建系统进化树。结果分离株为KM4/2011,经扩增、测序和序列拼接获得长度为867 bp的VP1基因;KM4/2011株与其他HRV分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为48.1%-91.0%和38.2%-97.6%,其中与HRV A22分离株的核苷酸和氨基酸同源性较高,分别为90.8%-91.0%和97.3%-97.6%;基因进化树分析显示,KM4/2011株与HRV A22基因型属于同一个进化分枝。结论 KM4/2011分离株为HRV A22型,存在地域差异。
- 戴素萍潘玥邵聪文吉玛朱艳菊张云昆朱云马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 柯萨奇病毒B3 KM06／2009株全基因组测序及其序列分析
- 2014年
- 目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。
- 刘建生邵聪文潘玥陈俊英吉玛朱艳菊马绍辉
- 关键词：柯萨奇病毒B3全基因组
- 2010年云南省1株ECHO-9病毒全基因序列的遗传特性分析被引量：1
- 2013年
- 为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。
- 朱艳菊潘玥陈俊英刘雅灵施海晶廖宏玮孙强明马绍辉
- 关键词：全基因组
- 一株柯萨奇病毒B2分离株的VP1基因序列特征分析被引量：1
- 2015年
- 目的分析一株柯萨奇病毒（Coxsackievirus,CV）B2分离株（CVB2）全VP1基因序列特征。方法用RD细胞对10份HFMD疑似患儿的粪便标本进行病毒分离,利用RT-PCR法从分离的病毒中扩增VP1基因,并测序,采用NCBI BLAST、Mega 6.1和Geneious等软件进行序列分析,并构建系统进化树。结果从10份HFMD疑似患儿粪便中分离到一株CVB2,命名为509/YN/CHN/2010,其全长VP1基因的核苷酸长度与其他CVB2一致,均为846 bp。与中国其他分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.0%～95.3%和97.9%～98.9%,而与国外分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.1%～87.8%和97.9%～98.6%。在进化树上与其他中国分离株分属不同的两个分支,而与M10MG17亲缘关系较近。结论 509/YN/CHN/2010分离株为肠道病毒CVB2,为两个中国分支中的一支。
- 苏婷朱艳菊闫姗姗陈俊英杨舜乔潘玥陈伟邵聪文马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 2009年云南省 Echo30分离株 KM／A363／09全基因组序列分析被引量：1
- 2014年
- 目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。
- 白巍陈俊英潘玥朱艳菊邵聪文刘建生马绍辉
- 关键词：ECHO30全基因序列ECHOVIRUS
