梁瑜
- 作品数：1 被引量：9H指数：1
- 供职机构：大连海洋大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：辽宁省科学技术计划项目辽宁省海洋与渔业厅科研计划项目公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测被引量：9
- 2011年
- 利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083～0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7～0.615 4和0.155 4～0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。
- 李宏俊梁瑜邢坤苏浩高祥刚隋立军赫崇波
- 关键词：紫贻贝单核苷酸多态性表达序列标签熔解曲线
