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多尺度复杂生物网络的建模与分析: 网络生物学是一门融合了物理学、系统科学、计算机科学和生命科学的前沿交叉学科,它的主要目的就是系统地归类、分析、调控和优化内嵌在生命系统中的网络结构。在生物学和生态学中,关键的问题在于理解生命系统中的组件/(从DNA、代谢...; 闵勇; 关键词：代谢网络强韧性数据处理软件; 文献传递

面向大尺度生态系统氮通量计算的域本体构建被引量：1: 2012年; 目前,大尺度生态系统氮通量的计算主要依靠半经验模型(quasi-empirical mod-el),即在收集到的各类参数的基础上,利用经验公式来求解氮通量的大小。然而,在运用半经验模型的过程中遇到一些问题,其中包括:1)变量的缺失导致计算完备性无法保证;2)不确定性分析困难;3)数据无法规范共享。本体(ontology)是描述概念及概念间关系的语义模型,它可以统一和丰富对数据的描述从而促进数据的共享;而且,其推理机制和概念层次结构可以为半经验模型提供缺失变量下的自动推理与不确定性分析等功能。本文为氮通量半经验计算模型构建了域本体(nitrogen flux calculation ontology,NFCO),并提出了一个基于NFCO的自动推理和不确定性分析框架。NFCO及自动推理分析框架可以改善大尺度生态系统氮通量的计算质量,为建立大尺度生态系统氮循环数据库提供了基础。; 韩佳佳闵勇葛韩亮金小刚高波谷保静葛滢常杰; 关键词：生物地球化学循环数据共享

生态系统服务复杂关系研究的机遇、挑战与对策被引量：9: 2012年; 理解多种生态系统服务之间的相互影响已经成为可持续发展科学的热点与前沿.本文总结了多种生态系统服务间复杂关系的分析方法与模型研究的最新进展,分析了当前研究中的问题和难点,并提出了一种新的交叉学科研究路线,即利用来自基因调控研究的布尔网络模型为生态系统服务间的复杂互动提供建模和模拟分析平台.以食物生产系统的4项基本生态服务的关系为案例,设定1个基本情景和1个调控情景,分析4项生态系统服务的相互关系变化对系统功能的影响.结果表明,运用布尔网络模型可以在简单规则和少量数据的条件下,模拟多个生态服务之间非线性的复杂相互作用,并能为研究调控多种生态服务提供建议.本文是对基因调控网络模拟多生态系统服务间相互关系的能力和合理性的初步验证可为进一步开展该领域研究提供参考.; 闵勇常杰葛滢吴旭; 关键词：生态系统管理网络模型

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闵勇