丛林林
- 作品数：6 被引量：68H指数：4
- 供职机构：辽宁师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金留学人员科技活动项目择优资助经费国家908专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析被引量：27
- 2008年
- 采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(V.moseri)线粒体基因组的全部基因序列,并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列,用蛙、鸡、牛做外群,采用NJ和MP法,重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率,估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明,从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析,这些基因的系统发育信息大致分为好(16SrRNA、ND2、ND4、12SrRNA、ND6、ND5)、中(Cytb、COII、COIII、ND1、COI)和差(ND3、ND4L、ATP6、ATP8)3个组。在目阶元,当用核苷酸序列分析时,12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好,COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等,而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时,ND4和ND5最好,ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等,ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元,当用核苷酸序列时,12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好;用氨基酸序列时,Cytb和ND2最好。在属阶元,所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息,而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。
- 陈姝君赫崇波木云雷刘卫东周遵春高祥刚丛林林
- 关键词：圆斑星鲽条斑星鲽硬骨鱼系统发育
- 条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析被引量：5
- 2007年
- 采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。
- 丛林林宋广军木云雷陈姝君葛陇利高祥刚赫崇波
- 关键词：圆斑星鲽条斑星鲽RRNARRNA
- 文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP分析被引量：23
- 2008年
- 应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体，2个养殖群体）150个个体进行扩增，共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％，总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634；群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248，群体间的遗传距离为0．0394～0．1609，群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体，辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示，辽宁庄河野生群体单独成为一支，辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起，辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起，但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示，所有个体基本是随机交叉聚类，不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明，文蛤群体94．04%的变异来源于群体内，群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明，文蛤群体内遗传多样性非常丰富，群体间相似性较大，且存在较强的基因交流。[中国水产科学，2008，15（2）：215-221]
- 赫崇波丛林林葛陇利刘卫东周遵春高祥刚
- 关键词：文蛤AFLP
- 大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性16S rDNA分析被引量：3
- 2008年
- 通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW 017)2个站点夏季海水的细菌16S rDNA文库,利用16S rDNA序列比对法,对大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性进行了分析。试验结果表明,这2个海域的细菌主要为非培养细菌。每个海区分别随机选取了200个克隆进行酶切谱型分析和序列测定,共得到104个不同的DNA序列,其中大连湾51个序列,分别属于13种(属);辽东湾53个序列,分别属于13种(属)。有6种菌为这2个海区所共有,这2个海区各自有不同的优势菌,且均未检测到致病菌,研究结果表明大连湾和辽东湾海水细菌具有丰富的多样性。
- 赫崇波丛林林高祥刚仲禾姜北邓欢
- 关键词：RDNA多样性
- 辽宁海域细菌多样性及刺参养殖水域细菌组成研究
- 通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW017)两个站点夏季海水的细菌16S rRNA文库及辽东湾和海参养殖池塘秋季海水的细菌16S rRNA文库，利用16S rRNA序列比对法，对四个站点海水细菌多样性进行了分...
- 丛林林
- 关键词：细菌多样性
- 文献传递
- 利用mtDNA控制区序列分析斑点叉尾鮰的遗传多样性被引量：11
- 2007年
- 利用m tDNA控制区序列对1984、1997年引进的斑点叉尾鮰群体遗传多态性进行了分析。通过PCR产物测序法,测定了40尾斑点叉尾鮰线粒体DNA的一段包括部分Cytb基因、tRNAThr、tRNAPro、D-loop控制区和部分tRNAThe长度为1256 bp的核苷酸序列,经过比对分析得到7个序列单元型。7个单元型中共有13个碱基转换位点,全部发生在控制区,其序列相似度平均为99.58%。群体总的序列单元型多态性比例为17.5%,其中1997年群体的单元型多态性比例为35%,是1984年群体单元型多态性比例(15.0%)的2倍多。初步表明1984年引进的群体遗传多样性较低。
- 葛陇利赫崇波高祥刚陈姝君丛林林曹洁
- 关键词：斑点叉尾鮰线粒体DNA
