孔栋
- 作品数：4 被引量：15H指数：2
- 供职机构：西北农林科技大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家转基因植物研究与产业化专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析被引量：2
- 2007年
- MicroRNA(miRNA)是一类存在于动植物体内、长度为21￣25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现。为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体;其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3%和98.1%(30个人miRNA前体和1000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6%(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导。
- 金伟波孔栋应晓敏郭蔼光李伍举
- 关键词：拟南芥基因组MICRORNA
- 水稻MicroRNA的预测及实验验证被引量：8
- 2007年
- 根据已报道水稻pre-miRNA的序列与结构信息,利用支持向量机(support vector machine,SVM)方法在miRNA前体上预测成熟区,产生一个模型——mature-SVM.它预测水稻成熟区的敏感性和特异性分别为86.7%和100%;然后,用这个模型对从水稻基因组中筛选出的46501条pre-miRNA进行成熟链预测,此外再根据miRNA的作用原理用blast程序所进一步的筛选,得到了127条pre-miRNA及成熟miRNA;除去其中已知的21条,最后得到106条候选的新的水稻miRNA.从中随机挑取10条进行Northern验证,结果有4条miRNA得到确认.
- 金伟波李楠楠吴方丽孔栋郭蔼光
- 关键词：水稻MIRNA支持向量机NORTHERN印迹
- 计算识别水稻基因组中microRNA基因
- 2006年
- 一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。
- 金伟波吴方丽孔栋郭蔼光杨淑慎
- 关键词：水稻基因组MICRORNA
- 串叶松香草高效再生体系的建立与兔出血症病毒YL株外壳蛋白基因VP60对其遗传转化被引量：6
- 2007年
- 通过对串叶松香草(Silphium perfoliatumL.)不同激素浓度配比的诱导分化实验,建立了串叶松香草离体培养高效再生体系,结果表明MS+6-BA(2.0mg/L)+NAA0.1(mg/L)培养基可高效诱导愈伤组织和芽的分化,1/2MS+IBA(0.1mg/L)培养基可快速诱导根的生成,形成再生植株。构建了植物表达载体pBI121-VP60,利用根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导叶盘法转化串叶松香草以研究高效的串叶松香草转化体系,结果显示以农杆菌LBA4404为介导菌株、以叶片为转化外植体、3d预培养时间和3～4d共培养时间、400mg/L羧苄青霉素和40mg/L卡那霉素筛选浓度转化效果较好,并已筛选到两株拟转基因植株,为利用串叶松香草生产兔出血症病毒动物可食用疫苗建立了初步的技术基础。
- 李传山张婷婷宋书峰李维英孔栋郭蔼光
- 关键词：串叶松香草VP60基因根癌农杆菌
