孙铮
- 作品数：3 被引量：17H指数：1
- 供职机构：山东农业大学植物保护学院更多>>
- 发文基金：科技基础性工作专项国家基础科学人才培养基金国家自然科学基金更多>>
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- Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析
- 我们主要检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式,并推测影响其密码子组成的因素。我们选择了478条蛋白编码基因作为研究对象,它们的GC含量比较低,约0.282至0....
- 孙铮马亮MURPHY Robert W.张宪省黄大卫
- 关键词：密码子使用
- 文献传递
- 佩妃延腹小蜂属榕小蜂CYP6家族进化分析
- 2008年
- 采用PCR方法获得了佩妃延腹小蜂属Philotrypesis榕小蜂9条CYP6基因片段:CYP6CK1,CYP6AQ2,CYP6AQ3,CYP6AS20,CYP6AS21,CYP6AS22,CYP6AS23,CYP6AS24和CYP6AS25。这些基因序列都包含编码蛋白疏水螺旋区Ⅰ和血红素结合域的区域。使用MEGA4.0构建基因树,用PAML4.0检测选择压力。结果表明:榕小蜂的CYP6AS,CYP6AQ,CYP6CK基因亚家族的扩张可能是在自然选择下通过基因复制方式完成的。基于最大似然法的位点特异性模型对蛋白编码序列选择压力检测发现:榕小蜂CYP6AS亚家族的基因接受净化选择,在氨基酸序列上表现出较高的保守性。
- 刘英万东光孙铮肖金花黄大卫
- 关键词：细胞色素P450基因复制
- Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析被引量：17
- 2009年
- 本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式，并推测影响其密码子组成的因素．选择了478条蛋白编码基因作为研究对象，它们的GC含量比较低，约0．282～0．432．本研究结果显示，关联突变（context-dependent mutation）是影响W.pipientis wMel基因组密码子组成的主要因素．同时，Nc—Plot曲线显示，基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性（nucleotide composition bias）的影响．对应分析的结果显示，基因长度（R=0．123，P〈0．01）和基因表达水平（R=-0．312，P〈0．01）也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用．因此，关联突变、核苷酸组成、基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性．Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性，而且现在已有报道说明它们有共同的起源，但仍需进一步验证．
- 孙铮马亮MURPHY Robert张宪省黄大卫
- 关键词：PIPIENTIS密码子使用
